هجرت مسلمانان به حبشه و غرانیق
در سال ۶۱۵ میلادی (۸ ق.ه.)، برخی از پیروان محمد به حبشه هجرت کردند و تحت پشتیبانی نَجاشی، پادشاه مسیحی حبشه، آن جا ساکن شدند.
ابن سعد به دو هجرت مجزا اشاره میکند. به گفته وی اکثر مهاجرین گروه اول پیش از هجرت مسلمانان به مدینه به مکه بازگشتند در حالی که گروه دوم در بازگشت مستقیماً به مدینه رفتند. ابن هشام و طبری اما از یک مهاجرت (از مکه به حبشه) سخن می‌‌گویند.
این روایات مؤید این مساله هستند که آزار و اذیت شدن مسلمانان در مکه نقش بزرگی در تصمیم محمد مبنی بر پیشنهاد مهاجرت به حبشه داشته است. گرچه مونتگومری وات نشان میدهد که سناریوی مهاجرت به حبشه خیلی پیچیده تر از آنی بوده است که در متون قدیمی تاریخی آمده. او نتیجه میگیرد که دلایلی همچون اشتغال به تجارت -جهت رقابت احتمالی با خانواده‌های تاجر مکه- و یا وجود نوعی تفرقه بین گروه‌هایی از تازه مسلمانان در مهاجرت به حبشه نقش داشته است. بر اساس نامه معروف عروه (مندرج در طبری) اکثر مهاجران پس از قویتر شدن اسلام -به دنبال اضافه شدن عمر و حمزه به مسلمانان- به شهر خود باز گشتند. در عین حال داستانی کاملا متفاوت در مورد دلیل بازگشت مهاجران حبشه به مکه بیان شده است. این داستان که با نام «غرانیق» شناخته شده‌است در تاریخ طبری،تفسیر طبری، طبقات ابن سعد و اسباب التنزیل واقدی با سندهای مفرد نقل شده‌است. اما در سیره ابن هشام و (احتمالا) در سیره ابن اسحاق نقل نشده است. بر پایه این روایت، محمد هنگام خواندن سوره نجم، دو آیه را که شیطان به وی القا کرده بود خواند و وجود سه خدای مکه — که دختران الله خوانده می‌شدند — را پذیرفت، آنها را ستایش کرد، و شفاعتشان را وارد دانست. اخبار این ماجرا به مسلمانانی که به حبشه هجرت کرده بودند رسیده و برخی از آنها قصد بازگشت به مکه را کردند. این روایت‌ها ذکر می‌کنند که پس از فروآمدن جبرییل بر محمد و آگاه ساختن او، وی این آیه‌ها را پس گرفت. نوشته‌های دانشمندان اسلامی از قرن چهارم اسلامی به بعد شدیداً درستی ِ تاریخی این روایت را زیر پرسش بردند. مونتگومری وات این حادثه را به اندازه‌ای شگفت انگیز میداند که نمی‌تواند آن را به عنوان اختراع محض بپذیرد. او به استناد قرآن (حج، آیه ۵۲) بر این باور است که دست کم در وحی در یک مورد شیطان چیزی به او افکند. در مقابل دانشنامه اسلام دلیل وات را ناکافی میداند و مینویسد "داستان غرانیق در شکل فعلی آن به گونه ای که توسط طبری، واقدی و ابن سعد نقل شده تحت عنوان واقعیت تاریخی به دلایل مختلف قابل پذیرش نیست." این دانشنامه اما امکان وجود برخی حقایق تاریخی پشت این داستان را منتفی نمی‌‌داند.
تقریباً همگی مسلمانان سراسر سده‌ها، این داستان را ساختگی دانسته و رد می‌کردند. بیش تر مسلمانان دوران معاصر تا پیش از انتشار رمان جنجالی «آیات شیطانی» در دهه ۱۹۸۰ میلادی به دست سلمان رشدی در این مورد، از این ماجرا آگاهی ای نداشتند.
سال‌های پایانی در مکه
در سال ۶۱۷ میلادی (۶ ق.ه.)، رهبران مخزوم و بنو عبد شمس، دو خاندان مهم قریش، خاندان بنی هاشم (رقیب تجاریشان) را تحت محاصره اجتماعی و اقتصادی قرار دادند. به گفتهٔ آلفورد ولش در دانشنامه اسلام، ممکن است که آن بخش از داستان که در آن بنی هاشم مجبور شده به شهر خودشان(شعب ابیطالب) رفته و از تجارت و ازدواج با آنها خودداری کند اغراق شده باشد و قرآن برخلاف سیره‌های پیامبر دربارهٔ این داستان سکوت کرده‌است. هدف این بود که بنی هاشم را تحت فشار قرار دهند تا دست از نگهبانی از جان محمد بردارد. این محاصره سه سال به طول انجامید اما در پایان شکست خورد زیرا هدفش را برآورده نمی‌کرد.
در سال ۶۱۹ میلادی (۴ ق.ه.) هم خدیجه همسر محمد و هم عمویش ابوطالب، درگذشتند. با درگذشت ابوطالب (که رهبری خاندان بنی هاشم را به دست داشت)، رهبری این خاندان به ابولهب که دشمن دیرینه محمد بود، سپرده شد. علاوه بر این اگرچه محمد در سال‌های پایانی هنوز پیروان اندکی به دست می‌آورد، اما در کل تلاش‌های او در مکه شکست خورده بودند. محمد برای یافتن یک پشتیبان و دعوت به اسلام، به طائف (از شهرهای معروف عربستان در نزدیکی مکه) رفت اما تلاش او با شکست روبه‌رو شد و مورد حمله و آزار مردم آن شهر نیز قرار گرفت. بنابراین ناچار به بازگشت به مکه شد و با کمک یکی از اهالی مکه به نام «مطعم ابن عدی» و پشتیبانی قبیله بنی نوفل، امکان ورود دوباره او به زادگاهش در شرایطی امن، فراهم آمد.
اسراء و معراج
محمد در ۲ یا ۳ سال پیش از هجرت به مدینه، بر پایهٔ منابع اسلامی و به باور بیشتر مسلمانان، در یک شب به سفری به نام معراج، از مسجدالاقصی به آسمان رفت. مسلمانان در ۲۷ رجب «لیلةالاسراء و المعراج» را جشن میگیرند. بنا به نظر بیشتر مفسران قرآن، آیه‌های آغازین سوره اسراء به معراج اشاره دارند. روایت‌ها و حدیث‌ها نیز اطلاعات و داده‌هایی از معراج دراختیار میگذارند. معراج به طور گسترده‌ای در ادبیات عربی، ادبیات اندونزیایی، کشورهای غرب و شرق آفریقا و مینیاتورهای ایرانی (که به «معراج‌نامه» معروفند) بهکار رفته‌است.
هجرت و زمینه‌های آن
بیعت عقبه اول و عقبه دوم
در عربستان افراد ِ بسیاری به قصد بازرگانی و یا به جا آوردن حج به مکه سفر می‌کردند. محمد از این موقعیت استفاده کرد و بخت خود را برای یافتن خانه‌ای تازه برای خود و پیروانش آزمود. پس از چندین گفتگوی ِ ناموفق، در صحبت با شماری از اهالی یثرب (که بعدها مدینه خوانده شد) امیدی یافت. جمعیت عرب یثرب به این جهت که گروهی از یهودیان در آن شهر زندگی می‌کردند، با یکتاپرستی تا اندازه‌ای آشنا بودند. گروهی از اهل یثرب که به مکه آمده بودند با محمد پیمانی بستند که به «پیمان عقبه اول» شهرت یافت.
محمد پس از پیمان اول مصعب بن عمیر را به یثرب فرستاد تا برای آنها قرآن بخواند و اسلام را بیاموزد. این چنین در مدینه کسانی، تقریباً از همگی قبیله‌ها، به آیین اسلام گرویدند تا آن جا که در سال بعد ۷۵ مسلمان از مدینه برای حج و دیدار محمد به مکه آمدند. آنها او را به صورت پنهانی و در شب دیدار کرده و با او پیمانی بستند که به «پیمان دوم عقبه»، یا «پیمان جنگ» شهرت یافت.
در پیمان عقبه دوم محمد پس از دعوت به اسلام، بیعتش با فرستادگان یثرب را مشروط به این کرد که آنان همان‌طور که از زنان و فرزندانشان پشتیبانی کنند، از او نیز پشتیبانی کنند. آن چه محمد به آنان گفت این بود: «خون من خون شماست، حرمت من حرمت شما. از شمایم و شما نیز از من هستید. با هرکه بجنگید می‌جنگم و با آنکه دوستی کنید، در صلح و آرامش خواهم بود.» به همین دلیل بیعت دوم به «بیعة الحرب» مشهور گردید. در این بیعت ۷۳ مرد و زن حضور داشتند که دوازده تن از آنان از بزرگان مدینه بودند، نه تن از بزرگان خزرج و سه تن از بزرگان خاندان اوس. پس از پیمان عقبه، محمد پیروانش در مکه را تشویق به مهاجرت به یثرب کرد. مانند واقعه هجرت به حبشه، قریش تلاش کرد تا از بیرون رفتن یاران محمد از مکه جلوگیری کند؛ اما این تلاش‌ها ناموفق بود و تقریباً همگی مسلمانان موفق به ترک مکه شدند.
هجرت به مدینه
هیاتی دربردارندهٔ دوازده تن از بزرگان خاندان‌های مهم مدینه، از محمد دعوت کردند تا به عنوان یک ناشناس (بیطرف؟) برای عرب‌ها و یهودیان که تا پیش از سال ۶۲۰ میلادی (۲ ق.ه.) نزدیک به صد سال درگیر ِ جنگ‌های داخلی بودند و کشت و کشتارهای پی در پی و عدم توافق در پرداخت خون‌بهای کشته‌شدگان داشتند، داوری کند؛ به ویژه پس از جنگ بُعاث که همگی قبیله‌های یثرب (مدینه) در آن شرکت داشتند، این امر را برای ایشان آشکار ساخته بود که مفهوم‌های قبیله‌ای مانند «قصاص» دیگر قابل انجام نیست مگر این که کسی صلاحیت‌دار در بخش‌های دارای اختلاف داوری کند. نمایندگان فرستاده شده از مدینه، از سوی خود و مردم شهر یثرب متعهد شدند تا محمد را در جامعه خویش بپذیرند و از او در برابر خطرهای جانی، مانند خود، نگهبانی کنند.
بر پایهٔ روایت‌های اسلامی، قریش از بیرون رفتن مسلمانان از مکه آگاه شد و برای کشتن محمد نقشه‌ای را به اجرا گذاشت. محمد به کمک علی که در بستر وی خوابید، کسانی که نگهبانش بودند را گمراه کرد و پنهانی به همراه ابوبکر از شهر بیرون رفت. به این سان در سال ۶۲۲ میلادی (۱ ه.ق.) (برابر با سال سیزدهم پس از آغاز دعوت خود) محمد به مدینه، که یک واحه (آبادی) کشاورزی ِ بزرگ بود، هجرت کرد و همراهان وی که با او از مکه به مدینه مهاجرت کردند به مهاجران شهرت یافتند و مردم یثرب که پیامبر و مهاجران را یاری رسانده بودند، انصار نامیده شدند. بعدها (در زمان خلیفه دوم) این هجرت، مبدای تاریخ مسلمانان شد. مدینه تا پیش از هجرت محمد «یثرب» نامیده می‌شد و پس از این هجرت «مدینةالنبی» یا به‌اختصار «مدینه» (برگرفته از مدینةالنبی یا المدینةالمنورة) خوانده شد.
محمد در مدینه
بنیان‌نهادن ساختار سیاسی اجتماعی نو
برای حل شکایت‌های دراز مدت قبیله‌های گوناگون ِ از هم، یکی از نخستین کارهای محمد در مدینه مکتوب‌کردن سندی بود که به «میثاق مدینه» شهرت یافت. این موافقت‌نامه، «فرمی از اتحاد یا فدراسیون» را میان ۸ قبیله مدینه و مهاجران مسلمان از مکه برقرار میکند که در آن حقوق و وظیفه‌های هر شهروند و چگونگی رابطه‌های میان گروه‌های گوناگون (دربردارندهٔ گروه مسلمانان و دیگر گروه‌ها به ویژه یهودیان و دیگر اهل کتاب) مشخص شده بود. این پیمان مفهوم ساختار اجتماعی امت را به عنوان اجتماعی یکسان از مومنان تعریف میکند که دربردارندهٔ یهودیان نیز می‌شد؛ اما غیریکتاپرستان مدینه را دربرنمی گرفت. پیمان مدینه به یهودیان مدینه در ازای وفاداری سیاسی به مسلمانان، حق استقلال فرهنگی و مذهبی می‌داد. ساختار اجتماعی که در قانون اساسی مدینه تعریف شده بود، امت، ظاهری مذهبی داشت اما ملاحظه‌های عملی نیز در آن انجام شده بود و به شکل گسترده‌ای قانون‌های قدیمی قبیله‌ای عرب‌ها را نگه می‌داشت. پیمان مدینه قبیله‌ها را مسئول رفتار اعضایشان می‌دانست.
پیکارها با مکه
متعاقب مهاجرت مسلمانان به مدینه، اهالی مکه اموال آنها را مصادره کردند. به دلیل اینکه مهاجرین در مدینه از نظر اقتصادی تحت فشار بودند و هیچ شغل خالی برای آنها نبود که مشغول به کار شوند، آنها جهت ارتزاق، شروع به یورش به کاروان‌های اهل مکه کردند. این حرکت باعث شروع جنگ مسلح بین اهل مکه و مدینه شد. محمد آیات ۳۹–۴۰ سوره حج را ایراد کرد که در آنها اجازه استفاده از نیروی نظامی صادر می‌شود.
بعدها محمد تصمیم به حمله به یکی از کاروان‌های مکه گرفت، سپس اهل مکه سپاهی فراهم آوردند ولی شکست خوردند. (غزوه بدر) یک سال بعد قریش در جنگی مسلمانان را شکست داد و محمد زخمی شد ولی چون قریش خود را به اندازه کافی قوی نمی‌دید، تا مدینه پیشروی نکردند و عقب‌نشینی کردند. (غزوه احد) در آوریل ۶۲۷ میلادی (۵ ه.ق.) قریش با ۱۰٬۰۰۰ تن به مدینه حمله کرد؛ اما به سبب وجود خندق گرد مدینه، سپاه قریش پس از ۴۰ روز (به روایت دیگر دو هفته) ناامید شد و عقب‌نشینی کرد. (غزوه احزاب) در خلال این جنگ‌ها، بعلت همدستی سه قبیله از یهودیان با مشرکان با وجود تعهد قبلی مبنی بر عدم خیانت، بین مسلمانان و این سه قبیله اختلاف و درگیری پیش آمد. دو قبیله بنی‌قینقاع و بنی نضیر تبعید و قبیله بنی قریظه حذف شد.
صلح حدیبیه
اگرچه محمد قبلاً آیاتی که دستور انجام حج را می‌دادند را تحویل داده بود (سوره بقره آیات ۱۹۶–۲۱۰)، مسلمانان آن را به خاطر دشمنی قریش انجام نداده بودند. در ماه شوال ۶۲۸ میلادی(۶ ه.ق.)، محمد با ۱۴۰۰ تن از پیروانش جهت انجام عمره به سمت مکه رفتند. قریش با شنیدن نزدیک‌شدن مسلمان به مکه، ۲۰۰ سوار را فرستاد که آنها را متوقف کنند. محمد با طی مسیر صعب‌العبورتری آنها را دور زد و به حدیبیه، در حومه شهر مکه رسید. مذاکرات با مکه شروع شد و فرستادگانی بین دو طرف ردوبدل شد. درنهایت پیمان صلحی به مدت ۱۰ سال بین دو طرف منعقد شد. نتیجه قرارداد این بود که مکه، جامعه مسلمانان مدینه را از نظر سیاسی و مذهبی به رسمیت می‌شناخت. مفاد اصلی قرارداد این بود که طرفین دشمنی‌ها را کنار بگذارند، محمد سال بعد برای حج به مکه بیاید، اگر کسی از اهل مکه به مدینه رفت به مکه بازگردانده شود ولی نه بالعکس، و قبایل آزاد خواهند بود که با محمد یا با قریش در پیمان باشند.
سال‌های پایانی
فتح مکه
صلح حدیبیه تا ۲ سال پایدار بود. فسخ شدن صلح حدیبیه از آنجا شروع می‌شود که محمد پیمان صلحی با یکی از زیرشاخه‌های قبیله بنی‌خزاعه بسته بود. قبیله بنی‌خزاعه روابط دوستانه‌ای با محمد داشت در حالی که دشمنش قبیله بنی‌بکر با مکیان اتحاد داشت. خاندانی از بنی‌بکر شبانه به بنی‌خزاعه یورش می‌برند و تعدادی از آنها را می‌کشند. اهل مکه متحدانشان (بنی‌بکر) را با فراهم کردن اسلحه کمک کرده بودند، و طبق برخی از منابع تعداد کمی از اهل مکه هم در جنگ شرکت کرده بودند. پس از این واقعه، محمد پیغامی به مکه فرستاد و در آن سه شرط را مشخص کرده بود و از اهل مکه می‌خواست یکی را بپذیرند. شروط این بود که اهالی مکه خون‌بهای کسانی که از قبیله بنی‌خزاعه کشته شده‌اند را بدهد، یا اتحادشان با بنی‌بکر را برهم بزنند، یا پیمان حدیبیه را منسوخ اعلام کنند.
پاسخ مکه این بود که آنها فقط شرط آخر را می‌پذیرند. اما کمی بعد به اشتباه خود پی بردند و ابوسفیان را فرستادند که پیمان حدیبیه را احیا کند؛ ولی محمد درخواستشان را نپذیرفت و نیروهای خود را برای جنگ با مکه آماده کرد. در سال ۶۳۰ میلادی (۸ ه.ق.) با نیروی بسیار زیادی که گفته می‌شود ۱۰٬۰۰۰ نفر بودند به سمت مکه حرکت کرد و با حداقل کشته کنترل مکه را به دست گرفت. محمّد بخشش عمومی برای تمامی رفتارهای گذشته و توهین‌ها به اهل مکه داد، به جز ده زن و مرد که او را مورد تمسخر قرار داده بودند و در شعرها و آوازهایشان به او ناسزا گفته بودند. او برخی از این افراد را نیز بعداً بخشید. اکثر اهل مکه مسلمان شدند و محمد متعاقباً نسبت به شکستن تمامی بت‌های درون کعبه و جز آن، اقدام کرد.
فتح عربستان
چندی پس از فتح مکه، محمد متوجهٔ تهدید نظامی از سوی قبایل هوازن که در حال جمع‌آوری لشکری بزرگ بودند شد. هوازن دشمنان قدیمی قریش بودند. قبیله ثقیف که در شهر طائف زندگی می‌کردند نیز به دلیل نزول وجه قریش، سیاستی ضد مکه‌ای اتخاذ کرده بودند. محمد هر دو این قبایل را در غزوہ حنین شکست داد.
در همان سال، محمد به سمت تبوک، در شمال عربستان، لشکرکشی کرد. دلیل این امر شکست قبلی او در جنگ موته و همچنین گزارش‌هایی مبنی بر برخورد دشمنانه با مسلمین بود. اگرچه درگیری‌ای در تبوک رخ نداد، ولی برخی از شیخ‌های قبایل آن ناحیه خود را تابع او کردند. یک سال پس از جنگ تبوک، قبیلهٔ ثقیف نمایندگانی به مدینه فرستادند تا خود را تسلیم محمد کرده و اسلام را بپذیرند. خیلی از بادیه‌نشینان نیز جهت امن بودن از حملات محمد و همچنین بهره‌بردن از غنایم جنگی به اسلام گرویدند. البته بادیه‌نشینان آدابی مغایر با آداب اسلام داشتند و می‌خواستند که استقلال، کد اخلاقی و سنن اجدادی خود را حفظ کنند. بنابراین محمّد فقط از آنها طلب پیمان نظامی و سیاسی کرد که بر اساس آن بادیه‌نشینان حاکمیت مدینه را پذیرفته، به مسلمانان یا متحدان آنها حمله نمی‌کنند، و زکات، مالیات اسلامی، را پرداخت می‌کنند.
حجةالوداع
در پایان سال دهم (۶۳۲ میلادی) پس از هجرت، محمّد آخرین حج و اولین حج کامل را انجام داد و از این طریق تمام جزئیات مراسم حج را به پیروانش توضیح داد. طی این واقعه (حجةالوداع و تعلیم اعمال حج) رخ داد،
در بازگشت به مدینه و در بین راه، محمد به صورت ناگهانی به مدت سه روز در محلی به نام غدیر خم توقف کرد و با جمع‌کردن حجاج خطبه‌ای خواند و در آن جمله «هر که من مولای اویم پس علی مولای اوست» را با بلندکردن دست علی در برابر جمعیت گفت. واژهٔ «مولا» در عربی به دو معنای «دوست» و «رهبر» است.
تفاسیر شیعه قرآن مائده ۳ را به انتصاب علی (به عنوان جانشین محمّد) در این قضیه نسبت می‌دهند. در صورتی که اهل سنت معتقدند که عده‌ای از تقسیم غنایم در اردوکشی به یمن که توسط علی انجام شده ناراضی بودند و محمد در پاسخ به آنها علی را دوست خویش معرفی کرد تا ناخشنودی آنان را فرونشاند.
درگذشت
محمد چند ماه پس از حجةالوداع مریض شد و چند روزی از سردرد و ضعف رنج برد. در روز دوشنبه‌ای که محمد سخت بیمار بود (که در همان روز هم درگذشت) و نمی‌توانست از خانه بیرون رود، ابوبکر با مسلمانان نماز خواند. از محمد روایت شده که در حال وخامت بیماری مرگ، عزرائیل بر او وارد شد و برای گرفتن روحش اجازه خواست و گفت این تنها موردی بوده و خواهد بود که برای قبض روح کسی اجازه گرفته است. محمد سرانجام در روز دوشنبه ۲۸ صفر سال ۱۱ هجری برابر با ۸ ژوئن ۶۳۲، در ۶۳ سالگی درگذشت. پس از درگذشت محمد ابوبکر وارد مسجد شد و ابتدا آیه‌ای از قرآن را با این مضمون خواند:«محمد نیست مگر فرستاده‌ای که پیش از او فرستادگان آمده و رفتند؛ پس آیا اگر او بمیرد و یا کشته شود به سوی گذشتگانتان بازخواهید گشت؟ و هر کس بازگردد به خدا آسیبی نمی‌زند و خدا سپاس‌گزاران را پاداش میدهد.»آل‌عمران ۱۴۴ سپس گفت: «ای مردم، هر کس محمد را می‌پرستید، پس همانا محمد مرده‌است و هر کس خدای محمّد را می‌پرستید، بداند که او زنده‌ای است که هرگز نمی‌میرد.» او را در منزل عایشه دفن کردند. مسجدی که بعدها به محل دفنش افزوده شد، به زیارتگاه مسلمانان تبدیل شد.. نقل است که چون محمد درگذشت، اهل بیت شروع به گریه و زاری کردند. میان مردم اضطراب و تشویش به راه افتاد. برخی مانند عثمان پسر عفان از سخن گفتن باز ماندند و عده‌ای مانند عمر بن خطاب نیز مردن او را باور نداشتند.
پسایند
محمد قبایل مختلف عرب را با ایجاد امت اسلامی در سال‌های آخر عمرش متحد ساخت. با درگذشت او، اختلافات راجع به جانشینی او در گرفت. عمر بن خطاب، یکی از صحابه مهم محمد، ابوبکر را به عنوان جانشین در سقیفه نامزد کرد و بقیه حمایت خود را افزودند و ابوبکر به عنوان اولین خلیفه مسلمین انتخاب شد. برخی از صحابه همچون علی و سلمان و ابوذر برای مدتی از بیعت با ابوبکر امتناع کردند.
فوری‌ترین کار ابوبکر رسیدگی به شورش‌های قبایل عرب در جنگ‌هایی که مورخین مسلمان بعدی نام «جنگ‌های ارتداد» بر آن نهادند، بود. کار فوری دیگر لشکرکشی به سمت امپراتوری روم شرقی (بیزانس) به دلیل شکست پیشین مسلمانان بود. پس از ابوبکر، به ترتیب عمر بن خطاب، عثمان بن عفان و علی بن ابیطالب به خلافت رسیدند که به خلفای راشدین مشهورند. پس از آنان حکومت به بنی امیه و سپس به بنی عباس رسید. عبدالرحمان سوم و جانشینانش در آندلس، فاطمیان، حفصیان و مرینیان نیز خود را جانشین محمد می‌دانستند. سلاطین عثمانی هیچگاه رسماً خلیفه نبودند. تنها عبدالمجید دوم از ۱۹۲۲ تا ۱۹۲۴ خود را خلیفه تمامی مسلمانان خواند.
میراث
اصلاحات
به گفتهٔ مورخ ویلیام مونتگمری وات، برای محمد مذهب موضوعی شخصی و انفرادی نبود بلکه «پاسخ کلی شخصیت او به وضعیتی بود که او خود را در آن می‌یافت. او نه تنها به جنبه‌های مذهبی و نظری شرایط موجود، بلکه به وضعیت اقتصادی، اجتماعی، و فشارهای سیاسی که بر مکه در زمان او حاکم بود، پاسخ می‌داد.» به گفتهٔ برنارد لوئیس، دو روایت سیاسی مهم در اسلام موجود است: در اولی به محمد به عنوان زمامدار در مدینه نگاه شده و در دیگری به او به عنوان یک شورشگر در مکه. لوئیس اسلام را نوعی انقلاب میداند که جوامعی که به آنها وارد شد را تا حد زیادی تغییر داد.
مورخانی مانند وات، رابینسون و اسپوزیتو، توافق نظر دارند که اصلاحات اجتماعی اسلام جامعه عرب موجود را در حوزه‌هایی همچون امنیت اجتماعی، ساختار خانواده، برده‌داری، حقوق زنان، کودکان و اقلیت‌های قومی بهبود بخشید. به گفتهٔ لوئیس، «اسلام از همان ابتدا اختلافات طبقاتی و مزیت‌های طبقه اشرافی را رد کرد و روشی را برگزید که در آن ورود به شغل‌های مختلف برای افراد مستعد باز بود.»
سنت
سنت حاوی اعمال و گفته‌هایی است که به محمد نسبت داده شده و از مسائلی مانند عقاید و آداب مذهبی، بهداشت شخصی و دفن مردگان گرفته تا سؤالات فلسفی مانند عشق میان انسان‌ها و خدا را شامل می‌شود. مسلمانان به محمد به عنوان الگو می‌نگرند و سنت او تأثیر زیادی در فرهنگ اسلامی گذاشته‌است. بسیاری از آداب مذهبی مانند نماز روزانه، روزه، حج سالیانه در سنت یافت می‌شود ولی در ظاهر قرآن یافت نمی‌شوند.
همسران و فرزندان
همسران
زندگی محمد معمولاً به دو دوره تقسیم می‌شود: قبل از هجرت در مکه، و پس از هجرت. گفته می‌شود محمد سیزده زن یا کنیز داشته‌است (نسبت به وضعیت برخی به عنوان زن یا کنیز توافق وجود ندارد) در هنگام درگذشت محمد، نه نفر از همسرانش در قید حیات بودند. ازدواج‌های محمد با اهداف گوناگونی انجام می‌شد: بعضی تصمیم شخصی، بعضی به دلیل بیوه‌بودن زن، و بعضی به دلایل سیاسی، مانند ایجاد و یا حفظ اتحاد قبیله‌ها.
یکی از اشکال‌هایی که در غرب به پیامبر اسلام گرفته می‌شد تعدد زوجات او بوده‌است که آن را ناشی از شهوت‌پرستی می‌دانستند که از پیامبر الهی به دور است. مسلمانان با نگرشی تاریخی و عقلانی، تمام ازدواج‌های او را در آن فضای تاریخی ارزیابی و توجیه می‌کنند. به گفتهٔ برخی منابع، در فرهنگ عربستان دوران محمد، ازدواج فقط یک تصمیم شخصی برای اهداف شخصی نبود، بلکه عموماً وابسته به نیازهای درون قبیله‌ای یا بین قبیله‌ای جهت تشکیل متحدین بود. به عقیده جان اسپوزیتو، ازدواج مجدد برای بیوه‌ها در فرهنگ عرب که بر روی باکره‌بودن دختر تأکید می‌کرد، مشکل بود.
در سن ۲۵ سالگی محمد با خدیجه که سنی بین ۴۰ تا ۴۵ سال داشت، ازدواج کرد. این ازدواج، زندگی مشترک موفقی بود که ۲۵ سال دوام یافت. محمّد از طرق مختلف بر خدیجه تکیه می‌کرد و تا زمانی که او زنده بود، همسر دیگری اختیار نکرد.
خدیجه در ۶۵ سالگی درگذشت. چندی پس از مرگ خدیجه خوله بنت حکیم به محمد پیشنهادکرد که با سوده و یا با عایشه ازدواج کند. گفته شده که محمد از خوله خواست که مقدمات ازدواج او با هر دو را فراهم کند. عایشه که در آن زمان در نامزدی پسری از مشرکان به نام جبیر بن مطعم بود، اما ابوبکر نامزدی او را به هم زد تا با محمد ازدواج کند. گرچه برخی منابع اولیه عایشه را هنگام ازدواج با محمد کودک ذکرکرده‌اند، اما بررسی‌های تاریخی امروزی با این روایات ناسازگار است، و در بررسی منابع معتبر، عایشه هنگام ازدواج زنی جوان در حدود ۲۰ سالگی بوده‌است. سوده نیز بیوه‌ای ۳۵ ساله بود.
حفصه دختر عمر بن خطاب بود که شوهر اولش در جنگ بدر کشته شد. پس از بیوه‌شدن حفصهٔ ۲۰ ساله که ۳۵ سال از محمد کوچک‌تر بود، محمد وی را به عقد خود در آورد.
زینب بنت خزیمه (ام‌المساکین) بیوه عبیده بود و کمی پس از ازدواج با محمد در ۳۱ سالگی درگذشت.
ام سلمه بیوه ابوسلمه بود.
زینب بنت جحش زن طلاق‌گرفتهٔ زید (فرزندخواندهٔ محمد) بود.
جویریه دختر رئیس قبیله بنی‌مصطلق بود.
ام حبیبه بیوه عبید و دختر ابوسفیان (رهبر اهالی مکه و مخالف پیامبر) بود و از طریق شخص سومی با محمد ازدواج کرد.
صفیه از اسیران یهودی در جنگ خیبر بود که شوهرش پس از جنگ خیبر اعدام شده بود. ازدواج صفیه با محمد به زودی — یا در خیبر و یا در مسیر بازگشت به مدینه — صورت پذیرفت.
میمونه نیز بیوه بود و در ۵۱ سالگی با محمد ازدواج کرد.
ماریه را فرمانروای مصر به محمد هدیه داده بود و کنیز محمد بود.
ریحانه بانوی یهودی اسیرشده‌ای از قبیله بنی‌قریظه بود که سیره‌نویسان در مورد همسر یا کنیز بودنش اختلاف نظر دارند. ریحانه که سهم محمد از غنائم بنی‌قریظه بود هنگامی که به نکاح یا کنیزی محمد (۵۸ ساله) در آمد ۲۰ سال می‌داشت.
فرزندان
خدیجه چهار دختر (ام کلثوم، رقیه، زینب، فاطمه) و دو یا سه پسر (قاسم، عبدالله یا طاهر) برای محمد آورد که دو پسر او در کودکی درگذشتند. دو دختر اول با عثمان و فاطمه با علی ازدواج کردند. ام‌کلثوم و رقیه پیش از محمد درگذشتند. ماریه نیز پسری به نام ابراهیم آورد که در دو سالگی درگذشت.
دامادها
عتبه و عتیبه فرزندان ابولهب، عثمان بن عفان، علی ابن ابیطالب و ابوالعاص بن ربیع، دامادهای پیامبر اسلام بوده‌اند.
دیدگاه‌ها
در فرهنگ اسلامی
برخلاف ادیان مسیحیت و بودایی، که عمده هنرهای مذهبی آنان شمایلی است، هنرهای اسلامی به طور اکید، غیر شمایلی بوده و مسلمانان از به تصویر کشیدن خداوند و محمد، منع شده‌اند. اما این بدان معنا نیست که محمد در هنرهای اسلامی به اشکال دیگری حضور ندارد، اسامی او، به خصوص نام «محمد»، به صورت خوشنویسی در همه‌جای دنیای اسلام و به‌خصوص در مساجد باشکوه امپراتوری عثمانی، به‌چشم می‌خورد. همچنین مینیاتورهای پارسی، ترکی و مغولی بسیاری با سبکهای خاص، وجود دارد که پیکر محمد در آنها ترسیم گشته اما صورت او اغلب مخفی یا محو و در هاله‌ای از نور ترسیم گردیده‌است.
به صورت تاریخی میان مسلمانان اختلاف نظر در مورد انجام گناه کبیره یا صغیره توسط محمد، ماهیت آن در صورت پذیرش خطاپذیری، در دوران قبل و یا بعد از تبلیغش وجود داشته‌است. به عنوان مثال حنبلیها معتقد بوده‌اند که محمد تنها عصمت در انتقال وحی داشته ولی خود از گناه مصون نبوده‌است. متکلمان شیعه هشام بن حکم، شیخ صدوق، شیخ مفید، سید مرتضی نظرات مختلفی درباره جزئیات عصمت پیامبران داشته‌اند (عصمت در تشیع را ببینید). دیدگاه رسمی شیعیان امروزی دیدگاه سید مرتضی است. پال والکر، مورخ غربی، معتقد است که «قرائت لفظی» از متن قرآن (مثلاً فتح ۲) و احادیث آزادانه به محمد گناه و خطا نسبت میدهد و همچنین معتقد است که مسلمانان اولیه نیز ظاهراً چنین برداشتی داشته‌اند. والکر معتقد است که دیدگاه خطاناپذیر بودن از محمد ابتدا توسط شیعیان به محمد منتسب شده‌است.
در دین اسلام
محمد در باورهای اسلامی مقدس‌ترین و واجب‌الاحترام‌ترین شخصیت در تاریخ اسلام به شمار می‌رود.
در سایر ادیان
محمد در نزد بهائیان یکی از پیامبران خدا، در نزد گورو نانک (بنیانگذار آئین سیک) نماینده برهمن (خدای برتر هندوها)، و نزد مورمون‌ها دریافت کننده نور خدا و حقایق اخلاقی می‌باشد.
به نوشته محمود طالقانی، روحانی شیعه، مسلمانان معتقد به ذکر نام و مشخصات محمد پیامبر اسلام در کتاب‌های پیش از خود هستند در حالی که یهودیان و مسیحیان چنین موضوعی را نمی‌پذیرند. همچنین وی سبب هجرت اقوامی از یهود را به سرزمین حجاز و سکونت در دهکدهٔ گمنام و بی‌نشان یثرب (مدینه کنونی)، همین پیش‌بینی‌ها و پیش‌گویی‌ها میداند. او قرآن بقره ۸۹ را درباره امید و انتظار اولیه و سپس کفر اهل کتاب به محمد و دین جدید وی دانسته‌است.
در فرهنگ غرب
در قرون وسطی، محمد در تصور عمومی غربیان بت یا خدایی پنداشته می‌شد که توسط مسلمانان پرستیده می‌شود. پس از اصلاحات پروتستانی تصور غرب از محمد تغییر کرد، و در نگاه عمومی آنان به شخص متقلب، مکار و خودخواهی تبدیل شد. نوشته‌های غربی از قرن ۱۸ به بعد تحلیل‌های تاریخی‌تری از محمد ارائه می‌کردند که عموماً ادعای پیامبری او را رد می‌کرد. این نوشته‌ها آغشته به فلسفه غربی و تأثیر پذیرفته از الهیاتی بود که نویسندگان این اثرها به آنها اعتقاد داشتند. بسیاری از این مطالعات بر پایه تحقیقات تاریخی زیادی بنا می‌شدند و توجه بیشتری به عوامل انسانی، تاریخی، اقتصادی و سیاسی در مقایسه با عوامل مذهبی، الهی یا روحانی داشتند. تنها در نیمه دوم قرن بیستم میلادی، نویسندگان غربی آگاهی بیشتری از اهمیت واقعیت‌های مذهبی و روحی که در زندگی بنیان‌گذاران مذاهب عمدهٔ دنیا وجود دارد به دست آوردند و موفق به ترکیب پژوهش دقیق (آنگونه که در غرب فهمیده می‌شود) به همراه یکدلی با موضوعی که آن را بررسی می‌کنند شدند. به گفتهٔ ویلیام مونتگمری وات و ریچارد بل، نویسنده‌های معاصر عموماً این نظر را که محمد عمداً پیروانش را فریب داده‌است رد می‌کنند و معتقد به صداقت کامل و حسن نیت او هستند. در نظر مونتگمری وات صداقت کامل البته لزوماً درستی را ایجاب نمی‌کند: «محمد ممکن است آنچه در ضمیر ناخودآگاهش بوده‌است را با وحی الهی اشتباه گرفته باشد». به گفتهٔ آلفورد ولش دلیل تأثیر زیاد محمد و موفقیت او اعتقاد خدشه‌ناپذیر او به مأموریتش بود. به باور ویلیام مونتگمری وات تحمل مشقت‌ها جهت رسیدن به هدفش، زمانی که هیچ توجیه عقلانی برای امیدواری وجود نداشت، صداقت محمد را نشان میدهد و فرض عدم صداقت محمد درک ظهور و توسعه اسلام را ناممکن می‌سازد.
نقد
از زمان اعلام پیامبری محمد تا امروز، وی در معرض انواع نقد در موضوعات گوناگون بوده‌است.
برخی از مسائل امروزین
مسلمانان دنیا، همواره در گفتار و نوشتار با القاب و احترام از محمد یاد می‌کنند و مخالف نمایاندن هرگونه تصویر مشخصی از چهرهٔ محمد هستند تا مبادا آن تصویر، موجب توهین و بی‌احترامی گردد. موج جدیدی از اعتراضات عمومی مسلمانان و واکنش‌های رسمی دولت‌های اسلامی، با چاپ کاریکارتورهایی از محمد در غرب آغاز گردید. خاورشناس آرتور جفری طی مقاله‌ای به این نکته اشاره میکند که متداول‌ترین رنجشی که مسیحیان — بیشتر نابخردانه — در دل مسلمانان نشانده‌اند از آن ناشی می‌شود که آنان از درک حرمت بسیار والایی که مسلمانان برای پیامبر خود قائلند، مطلقاً ناتوانند. آنه‌ماری شیمل همچنین در مقدمه کتاب خود دلیل حذف تصاویر نسخه انگلیسی نسبت به نسخه آلمانی کتاب خود را چنین شرح میدهد: «با آنکه آن تصاویر مربوط به آثار دوره میانه اسلام است، اما نمایاندن شمایل پیامبر، خاطر مسلمانان روزگار ما را رنجه می‌نماید، مگر آنکه به توصیف لفظی باشد.»
در سال ۲۰۰۵ چاپ کاریکاتورهای محمد در روزنامه غیر دولتی یولاندز پستن، که در واقع سه عدد از این کاریکاتورها در دانمارک چاپ نشده بودند، واکنش‌های تندی را در میان مسلمانان به دنبال داشت. تظاهرکنندگان در هندوستان و پاکستان پرچم دانمارک را به آتش کشیدند، چندین کلیسای مسیحیان را آتش زدند، در خیابان‌ها با قمه تعدادی از مسیحیان را مورد حمله قرار دادند و یک مسیحی را داخل تیوپ لاستیکی پر از نفت قرار داده و به آتش کشیدند. در پی این اقدامات از دولت دانمارک خواسته شد که بابت چاپ کاریکاتورها در روزنامه یولاندز پوستن عذرخواهی کند اما دولت دانمارک با اشاره به اصل آزادی بیان در دانمارک حاضر به عذرخواهی نشد. در آمریکا، نروژ، آلمان و فرانسه به نشان همبستگی با ییلاندز-پُستن کاریکاتورها را چاپ کردند. در پی آن سفارت خانه‌های دانمارک مورد حمله قرار گرفتند، کالاهای دانمارکی تحریم شدند و در پی به آتش کشیدن کنسولگری ایتالیا در بنغاری ۹ نفر کشته شدند.
علی بن ابیطالب
علی بن ابیطالب (به عربی: علي بن أبي طالب؛ ۱۳ رجب ۳۰ عام‌الفیل – ۲۱ رمضان ۴۰ هجری) امام اول تمامی شاخه‌های مذهب شیعه، خلیفهٔ چهارم از خلفای راشدین اهل سنت، و پسرعمو و داماد محمد، پیامبر اسلام، است. پدرش ابوطالب و مادرش فاطمه بنت اسد است و او همسر فاطمهٔ زهرا و پدر حسن، حسین، و زینب است. وی از سال ۳۵ تا ۴۰ هجری کمتر از پنج سال به عنوان خلیفه بر خلافت اسلامی جز شام حکومت کرد. او در میان طیف وسیعی از مسلمانان از جایگاه برجسته‌ای برخوردار است به دلیل آنکه اهل سنت او را جزء خلفای راشدین و از صحابهٔ نزدیک پیامبر اسلام می‌دانند و تمامی شاخه‌های مذهب شیعه او را امام می‌دانند.
در کودکی به دلیل بدهکارشدن پدرش، محمد سرپرستی او را بر عهده گرفت. پس از دعوت محمد، علی در سن حدوداً ۹ تا ۱۱ سالگی از اولین ایمان‌آوردندگان به اسلام گشت؛ دعوت او را در یوم الدار قبول کرد و محمد او را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید. گفته می‌شود در شب لیلة المبیت به هجرت محمد کمک کرد و محمد پس از مهاجرت به مدینه و ایجاد پیمان برادری بین مسلمانان، او را به عنوان برادر خویش انتخاب کرد او در مدینه در اغلب جنگ‌ها پرچم‌دار سپاه اسلام بود و به دلاوری مشهور گشت.
مسئلهٔ حق وی در خلافت پس از محمد منجر به شکاف اصلی میان مسلمانان و تقسیم آنان به دو گروه شیعه و سنی شد. محمد در بازگشت از حجةالوداع در غدیر خم جملهٔ «هر که من ولی او هستم، این علی ولی او است» را به زبان آورد؛ اما مقصود این عبارت مورد اختلاف شیعه و سنی قرار گرفت. شیعیان بر این اساس معتقد به نصب امامت و خلافت در خصوص علی شدند و اهل سنت آن را به معنای دوستی و محبت علی تفسیر می‌کنند. پس از مرگ محمد، زمانی که علی مشغول کفن و دفن وی بود، جمعی از مسلمانان در سقیفهٔ بنی‌ساعده گرد هم آمدند و بعد از مشورت با یکدیگر دربارهٔ انتخاب جانشین او، سرانجام با ابوبکر به عنوان خلیفه بیعت کردند. علی بن ابیطالب در ابتدا از بیعت با ابوبکر سرباز زد؛ ولی سرانجام پس از شش ماه با ابوبکر بیعت کرد. علی در دوران خلافت سه خلیفهٔ اول در جنگ‌ها شرکت نکرد و جز در مورد انتخاب خلیفهٔ سوم فعالیت سیاسی نداشت. البته هر گاه خلفای سه‌گانه می‌خواستند، در امور دینی، قضایی، و سیاسی به آنها مشورت می‌داد.
پس از کشته‌شدن عثمان، او به عنوان چهارمین خلیفهٔ مسلمانان برگزیده شد. دوران خلافت وی با جنگ‌های داخلی میان مسلمانان و شورش‌هایی نظیر شورش ایرانیان همزمان بود. علی با دو نیروی مخالف مجزا مواجه شد: گروهی به رهبری عایشه، طلحه، و زبیر در مکه که خواهان برگزاری شورا برای تعیین خلافت بودند و گروهی دیگر به رهبری معاویه در شام که انتقام خون عثمان را خواستار بودند. چهار ماه پس از خلافت، علی در جمل گروه اول را شکست داد اما سرانجام جنگ صفین با معاویه بی‌نتیجه بود و به حکمیت بر ضد علی تمام شد. سپس در سال ۳۸ هجری با خوارج که از قبول حکمیت توسط علی ناراضی بودند، در نهروان جنگید و آنان را شکست داد. او سرانجام در مسجد کوفه به ضرب شمشیر یکی از خوارج به نام ابن ملجم مرادی کشته شد، در خارج شهر کوفه دفن شد، و بعدها حرم او و شهر نجف پیرامون مدفن او ساخته شدند.
علی‌رغم تأثیر اختلاف‌های مذهبی در تاریخ‌نگاری مسلمانان، منابع توافق دارند که علی شخصیتی عمیقاً مذهبی و سرسپرده به اسلام و حکومت عادلانه مطابق با قرآن و سنت بود. وی سخت‌گیرانه وظایف مذهبی را مراعات می‌کرد و از متاع دنیوی دوری می‌جست. برخی نویسندگان وی را فاقد مهارت و انعطاف‌پذیری سیاسی می‌دانند. به نوشتهٔ مادلونگ خودداری او از مشارکت در بازی جدید فریبکاری سیاسی و فرصت‌طلبی هوشمندانه که در زمان خلافت وی در دولت اسلامی ریشه دوانده بود، هرچند وی را از کامیابی در زندگی محروم ساخت، اما سبب شد در نظر ستایشگرانش به عنوان نمونه‌ای از تقوای اسلام نخستین و فاسدنشده و همچنین فتوت عربی پیش از اسلام جلوه‌گر شود. تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده‌است و نویسندگان عرب‌زبان به فصاحت بی‌نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. چندین کتاب به احادیث، خطبه‌ها، و دعاهای روایت‌شده از وی اختصاص یافته‌است که معروف‌ترین آن نهج البلاغه می‌باشد. همچنین اشعار و نوشته‌های متعدد به زبان‌های مختلف در مدح و بیان جایگاه علی بخشی از ادبیات و فرهنگ دینی ملل مسلمان را تشکیل میدهد.
تاریخ‌نگاری
دربارهٔ زندگانی علی گزارش‌های فراوانی در متون تاریخی آمده‌است؛ چنانکه مورخان اسلامی پس از محمد، بیشترین حجم مطلب را به زندگی او اختصاص داده‌اند. از این جهت که شخصیت علی برای مسلمانان (اعم از شیعه و سنی) دارای اهمیت مذهبی، سیاسی، فقهی و روحانی است، زندگی او به طرق مختلف تحلیل و تفسیر شده و اسناد تاریخی موجود نیز تحت تأثیر ملاحظات فرقه‌ای قرار گرفته‌است.
منابع تاریخی دست اول در خصوص زندگی علی قرآن، حدیث و همچنین نوشته‌های تاریخ‌نگاری اولیهٔ مسلمانان است. منابع دست دوم شامل کتاب‌های تاریخی نوشته‌شده توسط مسلمانان سنی و شیعه و نیز مسیحیان عرب و هندوهای ساکن در خاورمیانه و آسیا و شمار اندکی از تاریخ‌نگاران نوین غربی است. هرچند بسیاری از منابع اولیهٔ اسلامی تا حدی نسبت به علی رنگ تعصب — در برخی موارد مثبت و در برخی موارد منفی — به خود گرفته‌است
دانشمندان غربی پیشین، غالباً به روایات و گزارش‌های گرد آمده در دوره‌های بعد از اسلام متمایل بودند که شیعه و سنی با توجه به مواضع مذهبی‌شان بیشتر به روایت آنها علاقه داشته‌اند. برخی محققان بر این باورند که این روایات ساختگی هستند. این دیدگاه سبب شده که بسیاری از روایات قطعی نیز به علت متواتر بودنشان در دوره‌های بعد از اسلام، جعلی تلقی شوند. لئون کائتانی گزارش‌های تاریخی منسوب به ابن‌عباس و عایشه را عمدتاً ساختگی می‌پندارد؛ در حالی که روایات بدون سند گزارش‌شده توسط تاریخ‌نویسان اولیه مانند ابن اسحاق را معتبر میداند. ویلفرد مادلونگ این دیدگاه را که تنها روایت‌شدن در «منابع اولیه» را ملاک درستی روایات بدانیم و بخش اعظمی از روایات را به بهانهٔ اینکه بعدها توسط شیعه و سنی نقل شده‌اند جعلی تلقی کنیم، رد کرده‌است. به گفتهٔ وی، این دیدگاه کائتانی بی‌اساس است. مادلونگ و برخی از مورخان، روایات نقل‌شده در دوره‌های بعد را به خودی خود رد نمی‌کنند؛ بلکه ملاک آنها برای درستی این روایات، سازگار بودن آنها با دیگر حوادث روایت شده‌است.
هنگامی که کتابت بین مسلمانان رواج یافت، جزوه و مقالات متعددی بین سال‌های ۷۵۰ و ۹۵۰ میلادی نوشته شد. به گفتهٔ رابینسون، حداقل ۲۱ گزارش مجزا دربارهٔ نبرد صفین نوشته شده‌است. ابومخنف، یکی از مورخان مشهور این دوره بود که سعی کرد تمام روایات شفاهی را جمع‌آوری کند. مورخان قرن ۹ و ۱۰ میلادی روایات در دسترس را جمع‌آوری، انتخاب و مرتب کردند. با این حال، بسیاری از این کتاب‌ها و مقالات امروز در دست نیست؛ به جز مواردی که بعداً در آثاری مانند تاریخ الرسل و الملوک محمد بن جریر طبری مورد استفاده قرار گرفته‌اند.
نام‌ها و عناوین
نام‌ها و عناوین مختلفی در سنت اسلامی به علی نسبت داده شده‌است که برخی از آنها بیانگر ویژگی‌های شخصی او و برخی مشتق‌شده از قسمت‌های خاصی از زندگی اوست. برخی از این عناوین عبارت‌اند از: ابوالحسن، ابوتراب، مرتضی، اسدالله (شیر خدا)، حیدر (شیر) و به طور خاص در میان شیعه: امیرالمؤمنین و مولی‌المتقین. به عنوان مثال، لقب ابوتراب لحظه‌ای را به یاد می‌آورد که محمد وارد مسجدی شد و دید علی در آنجا که پر از خاک است، خوابیده‌است و محمد به وی گفت ای ابوتراب، برخیز. لئورا وچا ولیری در باب لقب ابوتراب بر این باور است که احتمالاً توسط دشمنان علی به وی داده شده و روایاتی ساختگی در سده‌های بعد به وجود آمده‌است که به این لقب جلوهٔ افتخارآمیز داده شود. شیعیان دوازده‌امامی لقب امیرالمؤمنین را منحصر به علی می‌دانند. و با توجه به احادیثی، این لقب را اعطاشده از طرف خداوند به علی می‌دانند که بنابر برخی گزارش‌های تاریخی شیعی توسط پیامبر اسلام به او در غدیر خم ابلاغ‌شده و از همگان خواسته‌شده تا با لقب امیرالمومنین بر او سلام گویند.
تولد و دودمان
بر طبق منابع تاریخی قدیمی‌تر، علی در روز سیزدهم رجب و حدود سال ۶۰۰ میلادی در مکه متولد شد. پدر وی ابوطالب، رئیس قبیله بنی هاشم، و مادرش فاطمه بنت اسد است. منابع زیادی خصوصاً منابع شیعه نوشته‌اند که وی تنها کسی است که در خانهٔ کعبه به دنیا آمد. علی از طرف پدر و مادر با محمد خویشاوند است. وقتی پدر محمد درگذشت، ابوطالب که عموی محمد بود، قیم وی شد. وقتی که مادر محمد درگذشت، فاطمه بنت اسد نقش مادر را برایش داشت. روبرت گلیو مینویسد مسلمان بودن یا نبودن ابوطالب مورد بحث و مناقشه است و وی نمونهٔ خوبی در بحث‌های دین‌شناسی پیرامون وضعیت افراد پرهیزگار درگذشته قبل از رسالت محمد است. فاطمه بنت اسد آشکارا اسلام آورد و مورد توجه محمد بود و گفته می‌شود اولین کسی است که ولایت علی را به رسمیت شناخت.
حیات محمد
در مکه
کودکی
زمانی که علی ۶ ساله بود، پدرش، ابوطالب که ریاست بنی‌هاشم را بر عهده داشت، دچار مشکل مالی گردید. محمد که خود در کودکی تحت سرپرستی ابوطالب قرار گرفته بود و در این زمان سنش از ۳۰ سال گذشته بود، برای سبک‌کردن بار عائلهٔ وی به او پیشنهاد کرد که سرپرستی علی را او بر عهده بگیرد. ابوطالب پذیرفت و علی از کودکی در خانهٔ محمد، تحت نظر او قرار گرفت.
اسلام‌آوردن
هنگامی که محمد اعلام دریافت وحی الهی نمود، علی که در آن زمان ۱۰ ساله بود به او ایمان آورد و مسلمان شد.
به گفتهٔ مورخانی چون ابن اسحاق و ابن حزم و محققانی چون جان اسپوزیتو علی اولین مردی بود که اسلام آورد. دانشنامهٔ بریتانیک و جان اسپوزیتو، علی را دومین فرد مسلمان بعد از خدیجه می‌دانند. طبری روایت‌های مختلفی را که هر کدام علی، ابوبکر و زید پسر حارثه را اولین فرد مذکر اسلام‌آورنده معرفی می‌کنند نقل میکند و تصمیم نهایی در مورد هویت اولین فرد را به خواننده وا می‌گذارد. طبق برخی منابع (ابن سعد، طبقات الکبری؛ طبری، تاریخ الرسل و الملوک) ابوبکر اولین مردی بود که مسلمان شد. این در حالی است که همین ادعا برای علی و زید بن حارثه هم وجود دارد.
به گفتهٔ لئورا وچا ولیری علی جزء اولین ایمان‌آورندگان بود، چه نفر دوم (پس از خدیجه) چه نفر سوم (پس از خدیجه و ابوبکر) که مورد جدال شیعه و سنی است.
از اسلام‌آوردن تا هجرت
دعوت محمد به اسلام در مکه ۱۳ سال به طول انجامید که از این ۱۳ سال، ۳ سال به طور مخفیانه بود. در پایان این ۳ سال و در ابتدای دعوت علنی، محمد ۴۰ تن از خویشان و بستگان خود از بنی‌هاشم را به میهمانی دعوت کرد. مطابق با روایت تاریخ طبری، ابن اثیر و ابوالفداء، محمد در این میهمانی از خویشانش پرسید چه کسی حاضر است او را در این کار یاری کند و اعلام کرد هر کس او را یاری کند، برادر، وصی و جانشین او خواهد بود. اما هیچ‌یک از بستگانش پاسخ مثبت نداد مگر علی. پیامبر در پاسخ به علی سکوت کرد و برای بار دوم و سوم این درخواست را تکرار نمود که باز تنها علی پاسخ مثبت داد. پس از بار سوم، پیامبر علی را برادر، وصی و جانشین خود خواند در حالی که در آن زمان، علی نوجوانی ۱۳ یا ۱۴ ساله بیش نبود و این کار پیامبر باعث تمسخر او در میان خویشاوندانش و طعنه به ابیطالب، پدر علی، شد که در آن مجلس حضور داشت. بدین ترتیب، پیامبر وی را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید. محمدحسین طباطبایی در تفسیر المیزان در خصوص شأن نزول آیهٔ انذار (آیهٔ ۲۱۴ سورهٔ شعراء) احادیث مرتبط با این واقعه را بیان کرده‌است.
در این دوران (۶۱۰ تا ۶۲۲ میلادی) که محمد نخستین وحی‌های خود را دریافت می‌کرد، علی به همراه زید بن حارثه، پسرخواندهٔ محمد؛ ابوبکر، از بزرگان قبیله قریش؛ و خدیجه از یاران وفادار محمد بودند. او کمک کرد که هستهٔ اولین جامعهٔ اسلامی شکل بگیرد. در این سال‌ها، وی بیشتر وقت خود را صرف تأمین مایحتاج مؤمنان در مکه به‌خصوص فقرایشان از طریق تقسیم دارایی خود میانشان و کمک در امور روزمرهٔ آنها می‌کرد.
مهاجرت به مدینه
منابع شیعی و سنی تصدیق می‌کنند که حوادث رخ‌داده در سال ۶۲۲ میلادی، مهمترین بخش از زندگی محمد را تشکیل میدهد. محمد که می‌دانست دشمنانش در حال کشیدن نقشه برای قتل وی بودند، از علی خواست که به جای وی در بسترش بخوابد. شبی که محمد از مکه به مدینه هجرت کرد، علی جان خود را به خطر انداخت و در بستر محمد خوابید.محمد به همراه ابوبکر مخفیانه مکه را ترک کرد و چندین روز بعد به یثرب، که زین پس مدینه نامیده شد، رسید و این هجرت، مبدأ تقویم هجری گردید. وقتی دشمنان با خنجرهای آخته وارد خانهٔ محمد شدند، از دیدن علی بسیار شگفت‌زده شدند و به وی آسیبی نرساندند. بنا بر تفسیر سید محمدحسین طباطبایی در المیزان، آیهٔ ۲۰۷ سورهٔ بقره به این امر اشاره دارد: «از مردم کسانی هستند که جان خود را در راه جلب رضایت خداوند تقدیم می‌دارند و خداوند به بندگان خود رئوف است». علی در انتظار فرمان جدید، چند روز دیگر در کنار خانوادهٔ محمد ماند. محمد از علی خواست که اموالی را که قبلاً مردم به وی به امانت داده بودند به صاحبانش باز گرداند و علی این کار را انجام داد. پس از انجام این کار، علی مکه را به مقصد مدینه ترک کرد. به دستور محمد، علی به قبا در حومهٔ شهر مدینه رفت. طبق برخی منابع، علی یکی از اولین کسانی از مهاجرین بود که به مدینه رفت. در این زمان وی ۲۲ یا ۲۳ سال داشت.
در مدینه
ازدواج با فاطمه
مدت کمی پس از رفتن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش، فاطمهٔ زهرا، را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد. ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است. زیرا به عنوان ازدواجی میان مهمترین شخصیت‌های مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریباً هر روز به دیدار دخترش می‌رفت، با این ازدواج به علی نزدیک‌تر شد و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از مرگ فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد. خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیهٔ تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است.
مأموریت‌های مهم
علی در این دوران از سوی محمد، چندین مأموریت مهم را عهده‌دار شد. محمد وی را به عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب کرد. نقش علی در تدوین نسخهٔ مکتوب قرآن، یکی از مهمترین مشارکت‌های وی در اسلام محسوب می‌گردد. پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به عنوان برادر خویش برگزید. علی در سال ۹ هجری، نویسندهٔ متن صلح حدیبیه بود. در سال ۶۳۰ میلادی، سال قبل از فتح مکه، هنگامی که ابوبکر حج را رهبری می‌کرد، محمد سورهٔ «برائت از مشرکان (توبه)» ر توسط علی به مکیان ابلاغ کرد. یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد. علی کسی بود که برای شکستن بت‌های درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد. همچنین علی مأموریت یافت تا کشمکش‌ها را حل و فصل و شورش‌های قبائل گوناگون را سرکوب کند.
در جنگ‌ها
علی به جز جنگ تبوک در تمام غزوه‌ها شرکت داشت. او معمولاً علم‌دار سپاه محمد بود و در دو غزوه (خیبر در سال ششم هجری و یمان به سال ده هجری) فرمانده سپاه اسلام بود. شجاعت علی در سفرهای نظامی به افسانه مبدل گشت. وی به همراه حمزه، ابودجانه و زبیر به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال ۵ هجری، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیلهٔ بنی‌قریظه نظارت نمود. او قاطعانه در جنگ‌های احد مصادف با ۶۲۵ میلادی و حنین مصادف با ۶۳۰ میلادی از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر را به شجاعت وی نسبت می‌دهند. علی در آهنین و سنگین خیبر را به عنوان سپر خود به کار برد، طبق روایتی، جبرئیل به رزم علی و شمشیرش ذوالفقار که از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت «جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد». علی با جنگجوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی‌طلحه جنگید. طلحه مدام رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید شکست میدهد. وقتی طلحه از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولاً با کلمات دیگری همراه می‌شود، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.
فتح مکه
در سال ۶۳۰ میلادی مردم مکه تسلیم شدند و محمد مکه را فتح کرد. وی از علی خواست تا ضمانت کند که این پیروزی بدون خون‌ریزی خواهد بود چرا که محمد مسلمانان فاتح را از انتقام‌گیری از مکیان مغلوب منع کرده بود. محمد به وی دستور داد تا کعبه را بت‌های دوران جاهلیت پاک کند.
غدیر خم
هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ۶۳۲ میلادی باز می‌گشت، خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد (کلمهٔ مولا مرتبط است با ولایت (به کسر واو) یا وَلایت (به فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبهٔ معنوی و قدرت معنی میدهد) باید او را نیز به عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. در مقابل اهل سنت این بیان را تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و نیز اظهار خواسته‌اش که علی به عنوان پسرعمو و فرزندخوانده‌اش جانشین او در مسئولیت‌های خانوادگی‌اش پس از مرگ شود.
به گفتهٔ دکاکه در دانشنامهٔ ایرانیکا، اولین منبع تاریخی که به غدیر خم اشاره میکند یعقوبی، مورخ شیعه در نیمهٔ دوم قرن سوم هجری، است و اولین آثار ادبی قابل تاریخ‌گذاری بجامانده، مجموعهٔ اشعاری از نویسندگان شیعه در قرن دوم هجری است. نکتهٔ قابل توجه این است که در میان دلایلی که علی در کتاب نهج البلاغه برای بر حق بودنش ذکر میکند، اشاره‌ای به غدیر خم نیست. اما چنین به نظر می‌رسد که از حدود قرن دوم هجری حدیث غدیر خم به عنوان یکی از دلایل مهم برای اثبات بر حق بودن علی بر جانشینی محمد به کار رفته‌است. بنا بر پژوهش دکاکه، حدیث غدیر خم در برخی از منابع شیعه و برخی از منابع سنی آمده اما نقل یا عدم نقل آن بر مبنای دسته‌بندی مذهبی نبوده‌است. طبق بررسی وی این حدیث از سدهٔ نخست در میان مسلمانان مطرح بوده اما در زمان سه خلیفهٔ نخست در اختلافات مذهبی و یا سیاسی میان هواداران و مخالفان علی به آن چندان استناد نمی‌شده‌است. در زمان جنگ‌های میان مسلمانان در دوران خلافت علی، این حدیث دارای اهمیت مذهبی به خصوص در رابطه با موضوع ولایت شد و حامیان علی در تثبیت مشروعیت وی به آن استناد کردند. به گفتهٔ مادلونگ در همین دوران، علی در کوفه با استناد به این واقعه بر برتری جایگاه خود بر خلفای پیشین تأکید کرد. این حدیث در برخی منابع تاریخی اهل سنت نظیر سیرهٔ ابن هشام، تاریخ طبری و طبقات ابن سعد نیامده، اما در انساب الاشراف بلاذری ذکر شده‌است. بیشترین نقل این روایت به مسند احمد بن حنبل مربوط می‌شود. از مورخان و محدثان متأخر اهل سنت، ابن عساکر و ابن کثیر حدیث را نقل کرده‌اند. از منابع شیعهٔ دورهٔ امویان، هاشمیات کمیت بن زید اسدی و کتاب سلیم بن قیس هلالی حدیث را آورده‌اند. حال آنکه در منابع حدیثی شیعه که از قرن سوم به بعد گردآوری شده‌اند نظیر اصول کافی چندان به آن پرداخته نشده‌است و صرفاً برای تثبیت نظریهٔ شیعی نصب امام توسط نص آن را ذکر کرده‌اند. همچنین منابع تاریخی مایل به شیعه در سده‌های نخست چندان به غدیر نپرداخته‌اند. مسعودی در مروج الذهب اصلاً آن را ذکر نکرده و یعقوبی فقط گزارش مختصری از آن آورده‌است. بنا بر تحلیل دکاکه این واقعه بیشتر در آن دسته از منابع تاریخی آمده‌است که مربوط به دورهٔ امویان می‌شود و یا بر منابع این دوره اتکا دارد و در دوره عباسیان از توجه به آن کاسته شده‌است.
از مرگ محمد تا خلافت
جانشینی محمد
پس از مرگ محمد، در حالی که علی، عباس و دو پسرش، فضل و قثم، و دو بردهٔ آزادشدهٔ پیامبر، زید و شغران، به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابهٔ محمد، مشغول خاکسپاری‌اش بودند، گروهی از صحابه در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجهٔ این بحث و جدل‌ها، انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد بود. انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نامهای ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آنها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آنها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد.
هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سر باز زد. دانشنامهٔ بریتانیکا مینویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام‌شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد. دانشنامهٔ ایرانیکا مینویسد که علی و بنی‌هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
به گفتهٔ مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، و نیز به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، شخصاً به‌شدت معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشی‌هایی که توسط ابوبکر و عمر پایه‌ریزی شده بود، از دیدگاه علی بی‌مورد تلقی می‌شد. او به ابوبکر گفته بود که علت تأخیر در بیعت وفاداریش با ابوبکر به عنوان خلیفهٔ مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بوده‌است. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت می‌کرد نیز ترک نکرد. او که معتقد بود جانشین بر حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد همه از او روی گردانده‌اند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعهٔ مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا می‌کردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمی‌دانست، بلکه آن را «وظیفهٔ» خود قلمداد می‌کرد. هر چند عباس، عموی محمد، و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعهٔ اسلامی را در کنترل خاندان بنی‌هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد. اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعداً در نامه به معاویه نوشت که علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده‌است.
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموماً یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفته‌اند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شده‌اند. یکی از مورخانی که از این سنت رایج جدا شده‌است ویلفرد مادلونگ می‌باشد. ویلفرد مادلونگ در دانشنامهٔ اسلام اصلی‌ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی میداند زیرا به عقیدهٔ او علی خود را شایسته‌ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه می‌دانست و کل جامعهٔ مسلمانان را به دلیل روی گرداندن از خودش ملامت می‌کرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را می‌ستود و تخریب شخصیت آنها را نکوهش می‌کرد. مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم عربان آن زمان، خصوصاً رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصاً اهل بیت تأکید ورزیده‌است و اینکه انصار از خلیفه‌شدن علی حمایت می‌کردند، ابوبکر می‌دانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی می‌انجامد و به همین دلیل به شکل حساب‌شده‌ای جریان‌های سیاسی را برای خلیفه‌شدن خودش هدایت کرد. از طرف دیگر لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام این موضوع را که علی واقعاً امید داشت تا جانشین پیامبر شود، مورد تردید میداند زیرا اعراب طبق سنت، رئیس خود را از میان ریش‌سفیدان انتخاب می‌کردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. ولیری معتقد است که شیعیان با حدیث‌سازی یا تفسیر به مطلوب کلمات منتسب به محمد، بر این موضوع پای می‌فشارند که پیامبر قصد داشته تا علی را به عنوان جانشین خود برگزیند، حال آنکه جای هیچ شکی نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننمود.
ویلفرد مادلونگ مینویسد، علی نمی‌توانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه‌شدن بعد از عمر بوده باشد. زیرا قریش از جمع‌شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمی‌کردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت‌گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنی‌ساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشئت میگیرد. بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا می‌توانست باشد که توسط عمر پایه‌ریزی شده بود. ابن‌عباس روایت میکند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته‌ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابن‌عباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سؤال میکند، عمر در پاسخ به وی می‌گوید، اولی جوان بودن و دومی علاقهٔ زیاد علی به خاندان بنی‌هاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت به ناامیدی مبدل گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنی‌ساعده اشاره میکند. در این اشاره، عمر به عقیده‌اش دربارهٔ تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملاً، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح می‌نماید. بنابراین با این کار، خلافت نمی‌توانست در انحصار قبیله‌ای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.
خلافت ابوبکر
علی در این دوران زندگی منزویانه‌ای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیت‌های مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد. اولین قرآن جمع‌آوری‌شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده می‌شود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی می‌آمد. او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره می‌داد. علی در جنگ‌های رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام‌شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاست‌های خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاست‌های خلفای پیشین را می‌توان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاست‌های ابوبکر و عمر حدس زد.
خلافت عمر
دانشنامهٔ بریتانیکا مینویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش، ام کلثوم، را به ازدواج وی درآورد.
پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه را که جزء ارث فاطمه محسوب می‌شد، به پسران عباس بن عبدالمطلب بازگرداند که نمایندهٔ بنی‌هاشم بودند. ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقی ماند و به بنی‌هاشم عودت داده نشد.
به نوشتهٔ برخی مورخان مسلمان، علی از مشاوران عمر بود. مشاوره‌های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه‌اش بر قرآن و سنت بود. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را پذیرفته باشد یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی، یا سیاسی را قبول نکرد، به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ‌یک از جنگ‌های این دو خلیفه حضور نداشت.
کائتانی بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) تنها مجری توطئهٔ قتلی بوده‌است که از سوی اصحابی چون علی، طلحه، و زبیر طراحی شده بود و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه‌وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده‌است. دانشنامهٔ اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده‌اند که این دیدگاه کائتانی بی‌پایه و اساس است.
انتخاب خلیفهٔ سوم
در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخاب عثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو نامزد نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گشت. عثمان برادرزن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رأی او تکیه داشت. علی به اتکای قرابت خویشاوندی‌اش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، نامزدی خود را منفعلانه پیش می‌برد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو نامزد، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیلهٔ بنی‌امیه با وجود عثمان به عنوان نامزد خویشاوند، دیگر لزومی به حمایت از علی ندیدند که نسبت خویشاوندی دورتری به آنها داشت. قبیلهٔ بنی‌مخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنی‌مخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیله‌اش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیله‌اش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را می‌توان در خوشبینانه‌ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت می‌کرد. بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رأی به نفع عثمان داشت. او رأی خود را در مسجد و در ملأ عام و با حضور هر دو نامزد اعلام کرد. بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان جا بیعت خود با عثمان را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ مینویسد، گرچه ممکن بود عمر نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تأثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیلهٔ بنی‌هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پای‌مال‌شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشته‌است. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هر گونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی می‌نماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان نامزدهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رأیی قاطع جمع‌آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر می‌رسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین‌شدهٔ پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد، و روش خلفای پیشین را به علی عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنا بر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تأکید کرد؛ اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
خلافت عثمان
عثمان به بنی‌امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز می‌داد، به طوری که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابهٔ محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود، و عمار بن یاسر بدرفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سال‌های ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم عموزادهٔ عثمان به عنوان مشاور وی انتخاب شد، تسلط مروان بر وی باعث اعتراض بسیاری از صحابهٔ محمد به‌خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامهٔ بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی‌طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامهٔ اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بود. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که «حدود الهی» باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شرب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. در قضیهٔ تبعید ابوذر، با وجود ممنوعیت تعیین‌شده توسط عثمان، علی با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد. همچنین به نوشتهٔ پوناوالا در دانشنامهٔ ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی می‌دانست که عثمان جرئت نداشت که بر ضد وی عمل کند. در چند موقعیت، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً نسبت به ابوذر غفاری اظهار همدردی کرده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.
مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و به سوی مدینه رو آوردند. عثمان در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرد اما وقتی توسط پیک سریعی که عبدالله بن سعد فرستاده بود، از قصد شورشیان آگاه شد، چون نمی‌خواست که راه برای خشونت دیگر قشرها باز شود، تمایلی به پذیرش شورشیان نشان نداد. پس به دیدار علی رفت و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آنها را به بازگشت به شهر و دیارشان وادارد. عثمان ضمن اینکه خود را از این پس ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هر گونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این باره صحبت کرده بود، ولی عثمان ترجیح داده که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را رد کرد.
علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تأثیری بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و از جانب عثمان با مخالفانی که از دیگر استان‌ها به مدینه آمده بودند، مذاکره کرد که به نظر می‌رسد این امر سبب بروز بدگمانی بین علی و اقوام عثمان گشت. بعداً که شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش کرد تا از شدت حصر بکاهد. وقتی عثمان در معرض خطر حمله قرار گرفت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانهٔ وی روانه کرد. وقتی عثمان را شورشیان کشتند، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانهٔ عثمان مؤاخذه کرد.
خلافت
برگزیدگی به خلافت
پس از کشته‌شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه که به عنوان مشاورشان فعالیت می‌کرد و کلیدهای خزانه را در اختیار داشت، وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفت‌های علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. در این میان مالک اشتر که رهبر کوفیان بود، به نظر می‌رسد که نقش اصلی را در تأمین امنیت برای خلیفه‌شدن علی داشته‌است.
علی و پسرش، محمد حنفیه، در مسجد بودند که خبر کشته‌شدن عثمان به گوششان رسید. آنها سریعاً مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد حنفیه، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعداً گفت که هر گونه بیعت باید در ملأ عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آنها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. علی وقتی به کنار خانهٔ عمر بن محصن انصاری رسید، اولین بیعت‌ها را دریافت کرد. روایات کوفی حاکی از این است که مالک اشتر اولین کسی بود که با وی بیعت نمود.
به نظر می‌رسد که علی شخصاً از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. وقتی سعد بن ابی‌وقاص برای بیعت با علی آورده شد، گفت تا پیش از اینکه مردم با علی بیعت کنند، با وی بیعت نخواهد کرد. اما به علی اطمینان داد که دلیلی برای ترسیدن از وی وجود ندارد. علی دستور داد تا بگذارند که سعد برود. سپس عبدالله بن عمر آورده شد. وی نیز گفت که قبل از اجماع مردم بر علی، با وی بیعت نمی‌کند. علی از وی ضامنی خواست تا عبدالله پس از بیعت مردم، فرار نکند و عبدالله درخواست علی را رد کرد. مالک اشتر به علی گفت که عبدالله از شلاق و شمشیر تو در امان است؛ او را به من واگذار. علی به مالک گفت که رهایش کن که من ضامن او هستم. علی گفت که همیشه عبدالله را چه در بچگی و چه در بزرگسالی، فردی ستیزه‌جو دیده‌است. مخالفت عبدالله بن عمر، بر خلاف مخالفت سعد بن ابی‌وقاص و بر ضد علی بود. پس از برگزیدگی علی، عبدالله پیش وی آمد و گفت که ای علی از خدا بترس و بدون مشورت، زمام امور مسلمین را بر عهده مگیر. سپس عبدالله، به مکه رفته و به مخالفان علی پیوست.
انتخاب علی به عنوان خلیفهٔ جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش‌بینی می‌کردند، صورت گرفت. دانشنامهٔ اسلام معتقد است که انتخاب علی به عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده‌اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده‌است، بلکه بیشتر به این خاطر بوده که انصار که نفوذ دوبارهٔ خود در شهرشان، مدینه، را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی‌امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تأسیس مورد حملهٔ صحابیونی قرار گرفت که به آرزوهایشان نرسیده بودند و نیز مورد حملهٔ معاویه که تنها والی از بنی‌امیه بود که توانسته بود کنترل مقر امارتش، شام، را حفظ کند.
آغاز خلافت
علی پس از برگزیده‌شدن به خلافت از قاتلان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست.
هنگامی که علی به خلافت رسید، مرزهای اسلامی از غرب تا مصر و از شرق تا ارتفاعات شرقی ایران پیش رفته بود. اما اوضاع حجاز در این ایام، ناآرام بود. از اقدامات مهم علی پس از رسیدن به خلافت، عزل والیانی بود که قبلاً عثمان آنها را منصوب کرده بود. او کسانی را که از نظرش قابل اعتماد بودند، به جای برکنارشدگان گماشت. در هنگام عزل و نصب والیان، ابن‌عباس و مغیرة بن شعبه وی را به احتیاط و عملکرد مصلحت‌آمیز دعوت کردند. اما علی به حرف این دو عمل نکرد. ویلفرد مادلونگ معتقد است که علی عمیقاً از وظیفهٔ اسلامی خود آگاه بود و در راه حفظ شریعت اسلام، حاضر نبود که مصلحتی را بر حقی مقدم بشمارد؛ به طوری که حتی حاضر بود در این راه با مخالفانش پیکار کند.
علی پس از رسیدن به خلافت تمامی اموال و زمین‌ها و بخشش‌هایی را که عثمان و خلفای ماقبل در زمان خلافتشان به بعضی از اشراف داده بودند، پس گرفت. وی مخالف تمرکز کنترل خلیفه بر روی درآمدهای استانی بود. او غنائم و بیت‌المال را از انحصار اشراف درآورد و به طور مساوی بین تمامی مسلمانان تقسیم کرد. او همچنین در توزیع بیت‌المال از تعصبات قومی و قبیله‌ای خودداری می‌کرد؛ به طوری که حاضر نشد به برادرش، عقیل بن ابیطالب، بیشتر از سهمش از بیت‌المال بدهد. در حکومت وی، تمامی مسلمانان، چه آن‌هایی که سابقه‌ای طولانی در اسلام داشتند و چه آن‌هایی که به‌تازگی مسلمان شده بودند از دیدگاه توزیع بیت‌المال، یکسان نگریسته می‌شدند. ایرا لاپیدوس معتقد است علی که بر مبنای از خودگذشتی‌اش در خدمت به محمد و اسلام ادعای خلافت کرده بود، حال به خاطر اینکه قاتلان عثمان وی را در رسیدن به مسند خلافت حمایت کرده بودند، خود را به خطر انداخته بود. همچنین علی بر خلاف عمر، پیشنهاد داد که تمام درآمدهای دیوانی توزیع گردد و چیزی از آن اندوخته نشود.
پس از خلافت، بسیاری از قبیلهٔ قریش از او روی گرداندند، چون او از حقوق عشیرهٔ بنی‌هاشم که عشیرهٔ پیامبر بود دفاع می‌نمود. همچنین او به این متهم شد که از مجازات قاتلان عثمان خودداری و سمت‌های اداری را از طرفداران عثمان پاک‌سازی کرده‌است. یکی از مهمترین مخالفان علی، معاویه بود. معاویه فرماندار شام و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی قاتلان عثمان را حق خود می‌دانست.
جنگ جمل
عایشه که از مخالفان عثمان حمایت می‌کرد پس از طواف خانهٔ کعبه در راه بازگشت به مدینه، خبر قتل عثمان و به خلافت رسیدن علی را شنید. پس به مکه بازگشت و فعالانه دست به عملیاتی علیه علی زد و چهار ماه بعد به طلحه و زبیر پیوست. علاوه بر عایشه، افرادی از بنی‌امیه که از مدینه فرار کرده بودند و طبق نظر روبرت گلیو خلافت را در انحصار بنی‌امیه می‌دیدند و اهدافشان با طلحه و زبیر متفاوت بود، در مکه گرد آمدند. طلحه و زبیر که پیشتر از نیل به آرزوهای سیاسی خود ناامید شده بودند، با مخالفت علی در حفظ حکومت بصره و کوفه برای این دو، ناامیدیشان افزون‌تر گردید. این دو وقتی شنیدند که هوادارانشان در مکه جمع شده‌اند، به بهانهٔ به جا آوردن عمره، از علی اذن خواستند که مدینه را ترک گویند. پس از آن، این دو بیعت خود با علی را شکسته و مسئولیت قتل عثمان را به گردن وی انداخته و از وی خواستند که قاتلان را محاکمه کند.
دانشنامهٔ اسلام مینویسد طلحه و زبیر و عایشه اذعان داشتند که حدود باید برای همه به طور مساوی بر پا داشته شود و یک سری اصلاحات باید انجام گیرد. از آنجایی که این سه تن در سرنوشت عثمان به نوبهٔ خود مسئول بودند، علت شورششان در راستای درخواست برای خونخواهی از عثمان و مقصودی که از اصلاحات مد نظر داشتند، مبهم به نظر می‌رسد. مادلونگ بر این باور است که این چند تن کشته‌شدن عثمان را بهانه‌ای برای مخالفت با علی و جاه‌طلبی خود قرار دادند زیرا آنها خلافت علی را با منافع خود سازگار نمی‌دیدند. از سوی دیگر، شورشیان مدعی بودند که خون عثمان نیازی به قصاص ندارد زیرا وی به خاطر عمل‌نکردن به قرآن و سنت محمد کشته شده‌است. لئورا وچا ولیری معتقد است علت واقعی این شورش‌ها، رویکرد بخشایشگر علی نسبت به مقصران قتل عثمان (به گونه‌ای که این طور می‌نمود که مسببان امر مجازات نخواهند شد)، عدم برخورد قاطع علی با معاندانی که تکبر و خطرآفرینی‌شان بسیاری را فراری داده بود، و سیاست عوام‌گرای علی ضد اشرافی‌گری قریش بوده‌است.
پس از آنکه طلحه و زبیر در جمع‌آوری حامیان در حجاز ناکام ماندند، به امید پیداکردن نیرو و منابع لازم برای بسیج‌کردن حامیان عراقی، با چند صد سرباز عزم بصره کردند. ویلفرد مادلونگ تخمین می‌زند که این سه تن، تقریباً چهار ماه پس از خلافت علی در ربیع‌الثانی ۳۶ هجری به همراه حامیانشان، مکه را به سمت عراق ترک کردند. وقتی علی از این موضوع مطلع شد، در معیت سپاهی، رد پایشان را گرفت و تعقیبشان کرد اما به آنها نرسید. علی چاره‌ای نداشت جز آنکه از تصرف عراق به دست این گروه ممانعت کند، چرا که شام فقط از معاویه اطاعت می‌کرد. در مصر نیز هرج و مرج حکمفرما بود. بنابراین با از کف رفتن عراق، عملاً استان‌های شرقی وابسته به آن، شامل ایران، نیز از دست می‌رفت.
شورشیان بصره را تصرف کرده و بسیاری از مردم را کشتند. علی از کوفیان درخواست یاری کرد و به خیانت‌هایی در عراق پی برد. در بصره سپاه عایشه به بیت‌المال حمله برده، محافظانش را کشتند و نیز عثمان بن حنیف، والی منصوب علی، را مجبور کردند که قصر حکومتی را ترک کند و موی سر و ریشش را کندند. علی ترجیح داد به جای اینکه به بصره لشکر کشد، حمایت کوفه را جلب کند. ابوموسی اشعری، والی کوفه، پیش از جنگ جمل با علی بیعت نمود. اما وقتی که جنگ بین طلحه و زبیر و عایشه با علی بالا گرفت، ابوموسی موضعی بیطرف اتخاذ کرد و با وجود تحت فشار گذاشتنش، از تصمیمش منصرف نشد. وی مردم کوفه را به بی‌طرفی در جنگ داخلی بین مسلمانان فرا خواند. سرانجام حامیان علی وی را از کوفه بیرون راندند و علی نامهای شدیدالحن به او نوشت و عزلش کرد. نمایندگان علی (مالک اشتر، ابن‌عباس، فرزندش حسن، و عمار بن یاسر) تلاش بسیاری برای جلب حامی برای سپاه علی کردند تا بالاخره ۶ یا ۷ یا ۱۲ هزار نفر را به سپاه علی ملحق کردند. مادلونگ مینویسد حسن توانست لشکر شش یا هفت هزار نفره فراهم آورد و آنان را به ذی قار آورد و به علی ملحق شد.
علی به بصره نزدیک شد و باب مذاکرات با طلحه و زبیر و عایشه را باز کرد. همه در آن زمان فکر می‌کردند توافق بین طرفین حاصل شده‌است، اما جنگ بین دو سپاه ناگهان آغاز شد. در منابع دربارهٔ آغازگر جنگ روایات گوناگونی آمده‌است . طبق برخی روایات، علی به لشکریانش دستور داد که جنگی را آغاز نکنند، اما پس از آنکه برخی از حامیان علی کشته شدند، وی خود را مستحق دانست که جنگ را علیه برخی مخالفانش از اهل قبله آغاز کند. آنچه از این روایات بر می‌آید این است که بنا به سنت عرب، جنگ بیشتر شامل نبردهای دو نفره و دوئل‌وار بوده و درگیری گروهی و گسترده در آن به چشم نمی‌خورد. مهمترین بخش جنگ، حول هودج عایشه و شترش در جریان بود. وجه تسمیهٔ این جنگ این است که عایشه در مرکز میدان جنگ و بر روی شتری سوار بود. در اثر جنگیدن محافظان عایشه، شتر او به خون آنها آغشته شده بود. عایشه در این جنگ آسیبی ندید اما جنگ حول شترش بسیار شدید بود. سپاه علی پیروز شد و یاران علی زانوی شتر را قطع کردند و شتر به همراه عایشه به زمین نشست. اما عملاً پیش از این هم جنگ به پایان رسیده بود، چرا که طلحه توسط تیری که بسیاری از منابع آن را کار مروان بن حکم می‌دانند، زخمی شده و پس از آنکه او را به خانه‌ای بردند، درگذشت. روبرت گلیو مینویسد انگیزهٔ مروان از این عمل، این بود که وی هیچگاه طلحه را در قتل عثمان بی‌تقصیر نمی‌دانست. زبیر نیز پس از اینکه با علی دیدار کرد و علی وی را به یاد سخنی از محمد در مورد خودش انداخت، در مشروعیت جنبشی که به راه انداخته بود، دچار تردید شد و میدان جنگ را ترک کرد. کسانی از قبیله بنی‌تمیم او را تعقیب کردند و در جای خلوتی به نام وادی السباع به طرز توطئه‌آمیزی کشتندش. احنف بن قیس را از محرکان قتل زبیر دانسته‌اند. روبرت گلیو معتقد است که گرچه در مورد فرار و خیانت و حقارت در این جنگ در منابع اغراق شده، اما این دلایل به خوبی نشان‌دهندهٔ بی‌ثباتی مخالفان علی و حاکی از علت پیروزی آسان علی در این جنگ است. محاسبهٔ آمار دقیق رزمندگان در این جنگ و کشته‌شدگان غیر ممکن است. چرا که منابع در مورد تلفات جنگ، اعدادی بین ۶٬۰۰۰ تا ۳۰٬۰۰۰ تن گزارش می‌دهند. ولیری مینویسد عدد ۳۰٬۰۰۰ اغراق است، زیرا شمار افرادی که از مدینه به همراه علی آمدند و افرادی که بعداً به وی پیوستند سر جمع به‌سختی به ۱۵٬۰۰۰ تن می‌رسد.
عایشه بازداشت شد اما با احترام با وی رفتار شد و علی وی را تحت مراقبت به مدینه فرستاد و در این تصمیم سرسخت بود. او به سپاه عایشه امان داد و با برخی از افراد مخالف همچون مروان بن حکم صلح نمود و وی به معاویه در شام پیوست. این عمل علی، باعث بروز ناآرامی‌هایی در سپاهش گردید. مطلبی مهم‌تر که باعث شد تندروان سپاه علی، وی را به خروج از دین متهم کنند، این بود که علی مانع از به کنیزی‌گرفتن زنان و فرزندان و گرفتن اموال کشته‌شدگان جنگ در سپاه عایشه شد و تنها اموالی را که در میدان جنگ به دست می‌آمد، مجاز به گرفتن دانست. آنان از علی پرسیدند که چطور ریختن خون این افراد حلال بوده اما اموالشان حرام است و بعداً خوارج این مسئله را یکی از اتهامات وارده بر علی مبنی بر خروج از دین به حساب می‌آوردند.
از جنگ جمل تا جنگ صفین
علی وارد بصره شد و پول‌هایی را که در بیت‌المال یافت، به طور مساوی میان حامیانش تقسیم کرد. این امر احتمالاً نشانهٔ این است که وی به کهنه‌مسلمانانی که از روزهای اول به اسلام خدمت کرده بودند و تازه‌مسلمانانی که در فتوحات نقش داشتند، یکسان مواجب می‌داد و سپس برای جلب حمایت کوفیان علیه معاویه، به آن شهر رفت. مردم بصره با علی بیعت کردند. علی، ابن‌عباس را والی بصره نمود و زیاد بن ابیه را به دستیاری ابن‌عباس گماشت. به نوشتهٔ ولیری، مالک اشتر به خاطر این موضوع خشمگین شد چرا که پسران عباس، یکی والی بصره، یکی والی مکه، و دیگری والی یمن شده بودند. علی موفق به تشکیل ائتلافی گسترده شد که دو گروه جدید را به حامیانش افزود. اولی قاریان که آخرین امیدشان در بازیابی نفوذ خود را در علی می‌دیدند و دومی رهبران قبائل سنتی که مجذوب مساوات وی در تقسیم غنائم شده بودند. شکل‌گیری موفقیت‌آمیز این ائتلاف را که افراد گوناگونی چون عمار بن یاسر (مهاجر)، قیس بن سعد عباده (انصار)، مالک اشتر (قاریان)، و اشعث بن قیس (رهبر سابق جنگ‌های رده و از رؤسای قبائل کوفی) را در بر می‌گرفت، می‌توان به پای شخصیت فرهمند علی گذاشت.
پس از نبرد جمل، چون علی همچنان به سیاست برابری و عدالت در توزیع مالیات و غنائم پایبند بود، توانست حمایت اصحاب محمد به‌خصوص انصار، رهبران قبائل، و قاریان قرآن را که خواهان داشتن رهبری پیرو احکام اسلام بودند، از آن خود کند.
از جمله تغییراتی که علی در زمان خلافتش انجام داد این بود که جنگجویان مسلمان را از غارت و اخذ غنیمت و تقسیم آن میان خود پس از فتوحات منع کرد. بجای آن مالیات اخذشده از شهرها را به عنوان حقوق و نه غنیمت جنگی و به میزان ثابتی میان جنگجویان توزیع می‌کرد. گزارش شده‌است که این اولین مورد اختلافی بود که میان علی و گروهی که بعداً خوارج را تشکیل دادند، پیش آمد.
جنگ صفین
علی بی‌درنگ پس از کامیابی در ساکت‌کردن شورش طلحه و زبیر، به شام در شمال سرزمین‌های اسلامی روی آورد. معاویه حاکم سرزمین شام بود. او در زمان عمر به فرمانداری این منطقه گماشته و در زمان عثمان در آنجا تثبیت شده بود. میان شورش‌های طلحه و زبیر با شورش معاویه یک تفاوت اصلی بود که در مورد نخست، طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفهٔ دیگر بودند ولی معاویه ادعا می‌کرد که به خونخواهی عثمان برخاسته‌است و درخواست مجازات قاتلان وی را دارد. دانشنامهٔ ایرانیکا مینویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم به خاطر اعمال مستبدانهٔ وی تحت ظلم بودند. بنابراین آنها مشمول مجازات نمی‌شوند. علی نامهای برای معاویه نوشت و آن را به دست جریر بن عبدالله بجلّی، فرماندار پیشین همدان که از سوی عثمان برگزیده شده بود، داد تا به دست معاویه برساند و از او بیعت بگیرد ولی معاویه به بهانه‌های گوناگون جریر را در آن سرزمین نگه داشت و در این مدت دمشق را آمادهٔ نبرد با علی کرد. علی در این نامه اشاره میکند که:
مردمی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت کردند، هم بدان سان بیعت مرا پذیرفتند، پس کسی که حاضر است نتواند دیگری را خلیفه گیرد و آنکه غایب است نتواند کردهٔ دیگران را نپذیرد . . .
همچنین او در این نامه به معاویه هشدار داد که در صورت زیر پا گذاشتن خواستهٔ عموم مردم و بدعت گذاشتن، با او پیکار خواهد کرد. معاویه به خودمختار بودن شام به رهبری خودش اصرار می‌ورزید ولی علی مدعی بود که تمامی استان‌های حکومت اسلامی، باید به طور مساوی با مشکلات جامعهٔ مسلمانان روبرو شوند. معاویه به بهانهٔ مشارکت نداشتن در انتخاب علی، حامیان شامی خود را بسیج کرده و از بیعت با علی سرباز زد. میان علی و معاویه چندین بار نامه‌نگاری شد و علی از حق قانونی‌اش به عنوان حاکم دفاع کرد. معاویه نامهٔ علی را با دیرکرد پاسخ داد و در این میان خود را آمادهٔ نبرد با او کرد. سپس نامهای به علی فرستاد و به او پیشنهاد کرد که حکومتش را به شرطی می‌پذیرد که در جایگاه خود باقی بماند و فرمانداری مصر را هم در دست بگیرد. چون علی این درخواست را نپذیرفت، معاویه نامهٔ اعلام جنگ و درخواست قصاص قاتلان عثمان را به جریر داد تا به دست علی رساند.
علی با وجود سختی‌های بسیار که در داخل برایش پیش آمده بود توانست در ذیحجهٔ ۳۶ هجری سپاهی در عراق فراهم آورد و آن را روانهٔ صفین کند. چند زد و خورد میان دو سپاه صورت گرفت تا آغاز ماه محرم که جنگ متوقف شد. یک ماه میان دو سپاه گفتگو صورت گرفت ولی هنگامی که کاملاً روشن شد که گفتگو بی‌نتیجه است، در صفر ۶۵۷ میلادی، جنگ دوباره از سر گرفته شد. در مجموع این جنگ سه ماه طول کشید که بیشتر آن به گفتگو میان دو سپاه سپری می‌شد. جنگ برای هر دو گروه بسیار آسیب داشت و نتیجهٔ آن نامشخص بود تا آنجا که پس از یک هفته کارزار سخت، هنگامی که به نظر می‌رسید سحرگاه فردا علی پیروز خواهد شد در شب آخر به نام لیله الهریر (شب ناله)، عمرو عاص به معاویه پیشنهاد کرد که تا سربازانش قرآن‌ها را بر سر نیزه بلند کنند تا در سپاه علی اختلاف و چنددستگی افتد. معاویه که از اختلاف نظرها در سپاه علی آگاه بود از این وضعیت بهره برد و این پیشنهاد را پذیرفت. سپاهیان او قرآن به سرنیزه‌ها آویختند و درخواست کردند تا جنگ ادامه پیدا نکند و در مقابل کار به داوری بر اساس قرآن گذاشته شود. بیشتر سپاهیان علی با دیدن قرآن‌های آویخته شده، دست از جنگ کشیدند. علی به علت اصرار سربازانش، به‌ناچار به حکمیت تن داد.
خاتمهٔ جنگ و حکمیت
دانشنامهٔ ایرانیکا در این باره مینویسد، کاملاً روشن بود که درخواست صلح، نه برای علی که برای اهل عراق بود که بیشتر سپاه علی را تشکیل می‌دادند تا از این رهگذر، با دستاویز قرار دادن تعصب مردم در اعتقادات مذهبی، علی را از هوادارانش جدا کند. فریب جنگی این کار برای علی روشن بود اما شمار اندکی از سربازان او می‌خواستند جنگ را ادامه دهند. اشعث بن قیس که قدرتمندترین رهبر قبیله‌ای کوفه بود، به قبول دعوت معاویه اصرار داشت. بر پایهٔ روایت‌ها، وی به علی گفت که «اگر پیشنهاد صلح را نپذیری، یک نفر هم از قبیلهٔ من برای تو نخواهد جنگید». سرباز زدن تودهٔ سپاه علی از ادامه جنگ، عامل تعیین‌کننده‌ای در پذیرش حکمیت از سوی او بود. بیشتر قاریان هم می‌خواستند صلح کنند. علی جنگ را متوقف کرد و اشعث را فرستاد تا از هدف معاویه آگاه شود. معاویه پیشنهاد کرد که هر دو طرف، داوری را برگزینند تا با هم به تصمیمی بر پایهٔ قرآن برسند و این تصمیم برای هر دو بی‌درنگ اجرا شود.
در حالی که در میان سربازان علی بسیاری پذیرفتند که نتیجهٔ جنگ به حکمیت کشیده شود، برخی به این موضوع اعتراض کردند. این گروه بر این باور پابرجا بودند که علی با پذیرش داوری انسان‌ها در میان خودشان، در حالی که داوری از آن خداست، حق خود در فرمانروایی را از دست داده‌است. مادلونگ چنین می‌اندیشند که معاویه با این کار برای خود زمان خرید. در نتیجهٔ این حرکت معاویه، سربازان علی در برابر او برخاستند و علی مجبور شد تا با سربازان خودش هم پیکار کند. او ناچار بود هنگامی که در برابر بزرگترین تهدید حکومت قرار داشت، با رفتارهای دیوانه‌کنندهٔ سربازان خودش ستیز کند. علاوه بر همهٔ این‌ها، آن نشست حکمیت که قرار بود میان دو سپاه صورت گیرد از آغاز به نظر نمی‌رسید که به سود علی تمام شود چرا که به اصرار مردم کوفه، ابوموسی اشعری از سوی سپاه علی به عنوان نماینده برگزیده شده بود، کسی که خود در گذشته با علی مخالفت کرده بود و از سوی دیگر معاویه، عمرو عاص را برگزیده بود. برخی معتقدند که این، ترفندی حساب‌شده از سوی معاویه بود.
دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است که به نظر می‌رسد در این زمان، معاویه هیچ‌گونه توجهی به مسائلی که قبلاً بر روی آنها پافشاری می‌کرد، نشان نمی‌داد؛ مسائلی از قبیل خونخواهی از عثمان یا بازگشت به شورا. اکثر سربازان علی به حکمیت راضی شده بودند و به دنبال حَکَمی بودند که باید با عمرو عاص نمایندهٔ شامیان روبرو می‌شد. این مهم که حکم، نمایندهٔ علی باشد یا نماینده عراقی‌ها که عمدتاً کوفی بودند، شکاف بیشتری در سپاه علی به وجود آورد. اشعث بن قیس و قاریان، ابن‌عباس و مالک اشتر را که انتخاب علی بودند، رد کرده و بر ابوموسی اشعری اصرار داشتند که پیشتر مردم کوفه را از یاری علی باز داشته بود. ترجیح قاریان بر ابوموسی بود چرا که وی حامی خودمختاری استان‌ها بود؛ حال آنکه اشعث بن قیس امید داشت که بتواند بلاتکلیفی بین علی و معاویه را طولانی‌تر کند تا از قدرت‌گرفتن علی جلوگیری کرده و نفوذ گذشتهٔ خویش را باز یابد. علی سرانجام به انتخاب ابوموسی رضایت داد.
تهیهٔ پیش‌نویس توافق تنها زمانی میسر شد که علی پذیرفت از او با عنوان «امیرالمؤمنین» در متن قرارداد یاد نشود. معاویه به این معترض بود که اگر علی به‌واقع خلیفه بود، معاویه هرگز به جنگش نمی‌رفت. بندهای اصلی توافق‌نامه به شرح زیر بودند:
قرآن بین طرفین تصمیم خواهد گرفت.
وظیفهٔ داوران است که به یک توافق لازم‌الاجرا برسند.
داوران باید از قرآن راهنمایی بگیرند و اگر ممکن نبود باید به السنة العادلة الجامعه غیر المفرقه متوسل شوند.
پیدایش گروه خوارج و نبرد نهروان
با شکل‌گیری پیش‌نویس موافقت‌نامه، ائتلاف علی شروع به از هم پاشیدن کرد. به نظر می‌رسد مسئلهٔ توسل به سنت، اصلی‌ترین دلیل واکنش قاریان بوده باشد. آنها با حکمیت مواقفت کردند چرا که آن را دعوت به صلح و بکارگیری قرآن یافته بودند. در آن زمان بندهای توافق‌نامه هنوز تعیین نشده بود و از امیرالمؤمنین نخواندن علی خبری نبود. از آن مهم‌تر، گسترش اختیارات داوران از قرآن به سنت مبهم، به اعتبار قرآن خدشه وارد می‌ساخت و به نحوی معادل تحکیم الرجال فی الدین به حساب می‌آمد. از این رو، بانگ لا حکم الا الله سر دادند. در این زمان، شامیان ادعا کردند که این توافق‌نامه، تأییدی است بر اینکه قرآن در مورد عادلانه بودن یا نبودن کشته‌شدن عثمان، حکم کند؛ ولی قاریان شکی نداشتند که او عادلانه کشته شده‌است. دانشنامهٔ ایرانیکا بر این باور است که پیش‌کشیدن مسئله قتل عثمان توسط معاویه در این مقطع حساس را باید با طفره‌رفتن قبلی وی از این موضوع قیاس کرد. به نظر می‌رسد کل ماجرا یک تلاش سازمان‌یافته برای تخریب ائتلاف علی بوده باشد. قاریان به علی گفتند که اگر همانند آنان به خاطر پذیرش حکمیت توبه نکند، از وی اعلان برائت خواهند کرد. در هنگام بازگشت لشکر علی به کوفه، بعضی از قاریان در حرورا توقف نمودند.
علی که گرفتار نافرمانی جمعی از سپاهش شده بود که بعداً خوارج نامیده شدند، ابتدا پسرعمویش، عبدالله بن عباس، را به عنوان نماینده خود برای مذاکره به حرورا فرستاد و سپس خود شخصاً برای بحث به آنجا رفت. علی توانست آنان را قانع کند که از نافرمانی دست بردارند که چگونگی این امر چندان روشن نیست. پس از اینکه علی به کوفه بازگشت به‌صراحت اعلام کرد که به شرایط منعقدشده در عهدنامهٔ صفین وفادار خواهد ماند. حروریان که همراه علی به کوفه بازگشته بودند، با شنیدن این سخن خشمگین شدند. در نتیجهٔ این سخن علی، خوارج با یکدیگر پنهانی ملاقات کرده و از خود پرسیدند که آیا ماندن در سرزمینی که بی‌عدالتی بر آن حکمفرماست، با تکالیفی که بر ذمهٔ بندگان خداست، سازگار می‌باشد. کسانی که ترک آن سرزمین را بایسته دانستند، پنهانی گریختند و از هم‌فکران خود در بصره خواستند که آنان نیز چنین کنند و در نهروان گرد هم آمدند. به باور فرد دونر ممکن است علت مخالفت برخی از خوارج ترس از آن بوده باشد که علی با معاویه سازش کرده و در پی آن، آنان برای حساب پس دادن در مورد شورش خود علیه عثمان فرا خوانده شوند.
حکمیت اول
به نظر می‌رسد اولین دیدار داوران در رمضان ۳۷ هجری در دومةالجندل برگزار شد. نتیجه این شد که اعمالی که عثمان به آنها متهم شده بود، خودسرانه نبوده‌است. و این بر ناعادلانه کشته‌شدن عثمان و حق معاویه برای خونخواهی از وی دلالت داشت. هنوز حکم را به عموم اعلام نکرده بودند، اما طرفین از آن بو برده بودند. علی به مخالفت برخاست و آن را خلاف قرآن و سنت دانست و لازم‌الاجرا ندانست. سپس سعی کرد سپاه تازه‌ای را سامان دهد اما فقط انصار، باقی‌ماندگان قاریان به رهبری مالک اشتر، و تعداد کمی از مردان قبائلشان، به علی وفادار ماندند. علی در معیت سپاهش کوفه را به قصد برانداختن معاویه ترک کرد اما در ابتدا به نهروان رفت تا به موضوع خوارج رسیدگی کند. در ابتدا سعی کرد با علنی‌کردن قصدش مبنی بر جنگ علیه معاویه حمایتشان را جلب کند. اما آنان پافشاری کردند که علی نخست باید به گناهش در پذیرش حکمیت اقرار کند. علی عهد کرد که آنانی را که به سپاه او بپیوند و علیه معاویه بجنگند، امان خواهد داد و سپس به سایرین حمله کرد. کشتار منتجه از سوی بسیاری از افراد تقبیح شد و فرار کردن سربازان از سپاه علی، وی را مجبور کرد تا به کوفه باز گردد و نتواند به سمت معاویه لشکر بکشد.
حکمیت دوم
به گفتهٔ پوناوالا، در این شرایط نه علی دیگر خلیفه بود و نه معاویه حاکمی شورشی، بلکه هر دو رقبایی برای رسیدن به خلافت در نظر گرفته می‌شدند. به نظر می‌رسد که داوران و دیگر افراد نامدار، به استثنای نمایندگان علی، شعبان ۳۸ هجری در اذروح با یکدیگر ملاقات کردند تا دربارهٔ انتخاب خلیفهٔ جدید به بحث بنشینند. عمرو عاص از معاویه حمایت کرد، حال آنکه ابوموسی اشعری دامادش، عبدالله بن عمر، را ترجیح می‌داد. اما عبدالله به خاطر فقدان اجماع بر روی خلیفه‌شدنش، این پیشنهاد را رد کرد. سپس ابوموسی اشعری پیشنهاد کرد که علی و معاویه هر دو از خلافت عزل شده و کار تعیین خلیفه به شورا محول شود که عمرو عاص پیشنهادش را پذیرفت. ابوموسی در ملأ عام توافقش با عمرو عاص را علنی کرد اما عمرو عاص بیان داشت که علی را عزل کرده و معاویه را به خلافت رسانده‌اند.
شورش‌ها
در دوران خلافت علی جنگ‌های داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت علی اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. مثلاً شورشیان در شرق ایران، مالیات خود را به قبائل کوفی و بصری پرداخت نکردند.
در حالی که در سال‌های ۴۱–۳۵ هجری، مسلمانان مشغول جنگ‌های داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل خلافت اسلامی خارج شد. حتی بازماندگان سلسلهٔ ساسانی به تلاش‌هایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور دست زدند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب‌زده را در دست گرفته و شورش‌ها علیه والیان و افراد تحت حمایتشان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات، و فوشنج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده، آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری، فرمان‌های علی به اشخاص برجستهٔ محلی مبنی بر دادن خراج به ماهویه، مرزبان مرو، باعث بروز شورش‌هایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید که تا مرگ علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول سرکوب شورش‌های خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس، و کرمان در سال ۳۹ هجری از دادن مالیات سر باز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می‌یافت و مردم این مناطق مأمورین جمع‌آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند.
سال آخر خلافت
پس از قضیهٔ حکمیت، هر چند علی حکم برکناری را نپذیرفت و خود را کماکان خلیفهٔ مسلمانان می‌نامید اما هر روز از وفاداران به او کاسته می‌شد. وقتی علی مشغول رفع شورش خوارج بود، معاویه کنترل مصر را در دست گرفت. دانشنامهٔ ایرانیکا مینویسد وی در اواخر سال ۳۹ هجری، سپاهیان علی را در مصر شکست داد و عمرو عاص را حاکم آنجا نمود. در همین زمان، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. در سال ۴۰ هجری علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نیز نداشت. علی عملاً به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی قرار داشت تا آنجایی که اقدامی در برابر لشکرکشی‌های معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. افکار عمومی عرب به جانشینی معاویه تمایل داشت، چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی می‌شد و می‌توانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و خلافت اسلامی را کنترل کند.
در سال آخر خلافت علی، مردم کوفه و بصره پس از حملات لشکریان معاویه به شهرهای عراق، ماهیت واقعی معاویه را شناختند و دوباره با علی بر ضد معاویه متحد شدند. با این حال نگرش مردم نسبت به علی در این مقطع زمانی، به شدت متفاوت بود. فقط اقلیت کوچکی از آنها معتقد بودند که علی بهترین شخص پس از محمد برای خلافت است؛ در حالی که اکثریت مردم او را به علت دشمنی با معاویه مورد حمایت قرار دادند.
تیره‌شدن روابط با ابن عباس
روابط بین ابن عباس و علی ناگهان رو به تیرگی نهاد. ابن عباس بصره را ترک گفته، به مکه رفت و امارت آنجا را پس داد. سال وقوع این واقعه در منابع به سال‌های ۳۸، ۳۹، یا ۴۰ هجری گزارش شده‌است. دانشنامهٔ اسلام سال ۳۸ هجری را به عنوان سال وقوع این حادثه پذیرفته‌است، چرا که ابن عباس را از آن هنگام فاقد فعالیت سیاسی مهمی میداند. این دانشنامه روایاتی را که در آنها ابن‌عباس تا زمان کشته‌شدن علی به حکومتش وفادار مانده‌است، رد میکند. برخی منابع علت تیرگی رابطهٔ علی با ابن عباس را چنین گزارش کرده‌اند که علی، ابن عباس را به اتهام اختلاس مالیات بصره مؤاخذه کرد؛ ابن عباس رنجید، اتهام اختلاس را رد کرد و بیان داشت که تنها وظیفهٔ دولتی‌اش را انجام داده‌است.
دانشنامهٔ اسلام بر این باور است که ترک منصب از سوی ابن عباس همزمان با روی گرداندن بسیاری از طرفداران علی از وی بود و باید دلیل‌های موجه‌تری داشته باشد؛ دلایلی چون کشتار خوارج در نهروان که بر طبق روایات معتبر، ابن عباس این کار را نادرست شمرده بود، یا اعتقاد وی مبنی بر «موضع‌گیری‌های نادرست علی» و اصرارش بر ماندن بر مسند خلافت، با اینکه در ماجرای حکمیت رأی بر عزل علی بود.
به گفتهٔ دانشنامهٔ اسلام، پس از این دوران عملی از سوی ابن عباس روایت شده که ممکن است قضاوت بسیار بدی از وی به دست دهد. جزئیات این واقعه هنوز معلوم نیست. او مدتی پس از رفتن به مکه دوباره به بصره بازگشت و اموال مالیاتی بصره را با خود برد. غصب اموال از سوی او جای بحث و بررسی دارد. دانشنامهٔ اسلام بر این باور است که می‌توان برای این عمل، توجیهی منطقی آورد و دیدگاه کسانی را که این عمل را دون شأن ابن عباس در بین امت نمی‌بینند، منطقی میداند.
کشته‌شدن
تعدادی از خوارج تصمیم به قتل علی، معاویه، و عمرو عاص به صورت همزمان گرفتند تا به عقیدهٔ خود اسلام را از دست این سه تن که مسئول جنگ‌های داخلی بودند، خلاص کنند که تنها موفق به کشتن علی شدند و معاویه و عمرو عاص جان سالم به در بردند.
در منابع روز ضربت خوردن علی ۱۷، ۱۹، و ۲۱ رمضان گزارش شده‌است. اما شیخ مفید روز ۱۹ را صحیح‌تر میداند و ابن ابی الحدید نیز مینویسد چون این سه تن کارشان را عبادت می‌دانستند بنابراین آن را در شب قدر ۱۹ رمضان قرار دادند تا ثواب بیشتری برده باشند. روز مرگ علی هم در منابع از ۱۱ تا ۲۱ رمضان گزارش شده‌است و مدت تحمل ضربت را دو یا سه روز دانسته‌اند.
علی هنگامی که مشغول خواندن نماز صبح در مسجد کوفه بود و به روایتی دیگر در کنار در مسجد توسط عبدالرحمن بن ملجم و با یک شمشیر مسموم از ناحیهٔ سر ضربت خورد. عبدالرحمن این عمل را به قصد انتقام‌گیری از وی در قبال کشتار نهروان انجام داد. دو روز بعد در ۱۹ یا ۲۱ رمضان ۴۰ هجری، علی در سن ۶۲ یا ۶۳ سالگی درگذشت.
علی از مدت‌ها قبل می‌دانست که کشته می‌شود، حال یا محمد به وی گفته بود یا خودش این مطلب را حس کرده بود. روایات زیادی وجود دارد که در آن محمد یا علی خبر می‌دهند که ریش علی از خون فرق سرش رنگین می‌شود. عمدتاً در منابع شیعی بر روی این مطلب تأکید شده‌است که علی با وجود آگاه‌بودن از سرنوشتش، کس دیگری را به جای خود به امامت نماز جماعت نگذاشت و با وجود اینکه دیگران به وی در مورد احتمال کشته‌شدنش هشدار داده بودند، با خواندن ابیاتی هراس از مرگ را نفی کرده بود. علی حتی پیش‌بینی کرده بود که ابن ملجم قاتلش خواهد بود. رابطهٔ بین علی و ابن ملجم تنش‌برانگیز بود. با این همه، علی در مقام خلیفه هیچ اقدامی علیه ابن ملجم انجام نداد. به روایت ابن سعد، علی گفته بود «چگونه کسی را بکشم که هنوز مرا نکشته‌است»؟ حتی وقتی کسی از قبیلهٔ مراد یا کسی که از زبان خود ابن ملجم نقشهٔ قتل را شنیده بود، در این باره به علی هشدار داد، علی پاسخ داد که هر انسانی را دو فرشته که بر روی شانه‌هایش قرار دارند، تا لحظهٔ مرگ حافظ‌اند و آن لحظه را تقدیر معین میکند.
شب قبل از واقعه، ابن ملجم به همراه وَردان و شَبیب بن بَجَره شمشیرهایشان را به زهر آغشتند و کنار در مسجد منتظر ماندند تا علی به منظور اقامهٔ نماز صبح به مسجد وارد شود. به محض ظاهرشدن علی، شبیب به وی حمله برد اما شمشیرش به لغاز در اصابت کرد و خطا رفت. شبیب فرار کرد و در میان جمعیت گم شد. وردان نیز بی‌سروصدا گریخت، به خانه رفت و حریر از سینه باز کرد. چون پسرعمویش او را در این حالت دید، مشکوک شد و وی را کشت. تنها ابن ملجم باقی مانده بود. او در حالی که فریاد می‌کشید «ای علی، حکمیت خاص خداست، نه تو و یارانت» ضربتی به فرق سر علی وارد آورد و خواست بگریزد که ابو اَدماء همدانی وی را به زمین افکند. علی به خانه‌اش بازگشت و ابن ملجم را پیش وی آوردند. ابن مجلم به علی گفت که ۴۰ روز شمشیرش را تیز می‌کرده و از خدا خواسته‌است که با آن شرورترین مردان را بکشد. علی در پاسخ گفت خود ابن ملجم با همین شمشیر کشته خواهد شد و وی را شرورترین مردان نامید.
علی همیشه در اجرای شرع اسلامی دقیق و سختگیر بود. در مورد مجازات قاتلش نیز منابع تقریباً متفق‌القول‌اند که حکم قصاص داد گرچه برخی منابع بر بخشایش او تأکید کرده‌اند. دانشنامهٔ اسلام چهار روایت گوناگون از درخواست علی دربارهٔ چگونگی رفتار با ابن ملجم ذکر کرده‌است. پس از مرگ علی، دو روایت مختلف از مرگ ابن ملجم آمده‌است: اول آنکه ابن ملجم از حسن خواست تا او را رها کند تا به شام رود و معاویه را بکشد و سپس خود را به حسن تحویل دهد اما حسن نپذیرفت، او را کشت و جسدش را سوزاند؛ دوم آنکه حسین، ابن حنفیه، و عبدالله بن جعفر از حسن فرصت خواستند تا از ابن ملجم انتقام بگیرند و چون حسن رخصت داد، عبدالله بن جعفر شروع به مثله و شکنجه‌کردن ابن ملجم کرد. ابن ملجم سختی‌ها را با شجاعت مثال‌زدنی طاقت آورد و تنها زمانی دم برآورد که خواستند زبانش را ببرند چرا که بیچاره از گفتن ذکر خدا عاجز می‌گشت.
آرامگاه
بدن بی‌جان علی را پسرانش غسل دادند و در نزدیکی کوفه دفن کردند اما مزارش از ترس نبش قبر و بی‌حرمتی به آن پنهان نگه داشته شد. تا آنکه در زمان هارون‌الرشید، خلیفهٔ عباسی، در سال ۷۹۱ میلادی در فاصلهٔ چند کیلومتری از کوفه محل مزارش مشخص و آرامگاهی در آنجا ساخته شد. پس از آن این منطقه تبدیل به شهر نجف شد.
همسران و فرزندان
علی ۹ زن و چندین کنیز داشت و دارای ۱۴ پسر و ۱۹ دختر بود که از میان آنان حسن، حسین، و محمد حنفیه مشهورترند. طبق منابع شیعی تعداد کل فرزندان علی ۲۷ یا ۲۸ بود. مادر محمد حنفیه، کنیزی آزادشده به نام خوله دختر جعفر حنفیه بود. از میان فرزندان علی، ۵ نفر صاحب نسل شدند.
فاطمهٔ زهرا، دختر محمد و خدیجه، همسر علی بن ابیطالب، مادر حسن و حسین، و یکی از پنج عضو آل عباست. نسل علی از فاطمهٔ زهرا به عنوان شریف یا سید شناخته می‌شوند. آنها به عنوان تنها نسل بازمانده از محمد، مورد احترام شیعه و سنی‌اند.
حسن بزرگترین پسر علی و فاطمهٔ زهرا و دومین امام شیعه است که طبق روایات در ۶۲۵ میلادی در مدینه به دنیا آمد. بعد از درگذشت علی، برای مدت کوتاهی در کوفه بر بخشی از سرزمین‌های مسلمانان خلافت کرد و سپس طبق عهدنامهٔ صلح با معاویه از قدرت کناره گرفت. او در ۶۷۰ میلادی در مدینه مسموم شد و درگذشت. حسین دومین پسر علی و فاطمه زهرا و سومین امام شیعه است که طبق بیشتر روایات در ۶۲۶ میلادی در مدینه به دنیا آمد. وی در سال ۶۸۰ میلادی علیه یزید قیام کرد و در نبرد کربلا به همراه یارانش کشته شد. در این نبرد علاوه بر حسین، شش تن دیگر از فرزندان علی نیز کشته شدند که چهار نفر آنها پسران فاطمهٔ کلابیه معروف به ام‌البنین بودند. همچنین سه پسر حسن و دو فرزند حسین در نبرد کشته شدند.
خاندان علی رهبری مسلمانان را منحصر به اهل البیت می‌دانستند و در دوران‌های مختلف قیام‌های متعددی بر ضد حاکمان وقت انجام دادند. از مهمترین این قیام‌ها می‌توان نبرد کربلا، قیام مختار ثقفی از طرف محمد حنفیه، قیام زید بن علی و قیام یحیی بن زید بر ضد امویان را نام برد. بعدها خاندان علی بر ضد عباسیان نیز قیام کردند که از مهمترین آنان می‌توان به قیام صاحب فخ و قیام محمد ابن عبدالله نفس زکیه اشاره کرد. در حالی که هیچ‌یک از این قیام‌ها موفق نبود، سرانجام ادریسیان، فاطمیان، و علویان طبرستان توانستند اولین حکومت‌ها از خاندان علی را تشکیل دهند.
جایگاه در تفکر اسلامی
تمام مسلمانان شیعه و سنی برای علی جایگاه سیاسی، فقهی، و معنوی والایی قائل هستند. تنها در دوره‌ای پس از جنگ صفین، خوارج برای او احترام کمتری قائل بودند. شیعیان افرادی را که با علی یا دیگر اهل البیت آشکارا دشمنی می‌کنند ناصبی می‌نامند.
اهل سنت
از آنجایی که علی یکی از خلفای راشدین و از صحابهٔ نزدیک محمد بود، جایگاه بلندی در اندیشهٔ اهل سنت دارد. هرچند این جایگاه از ابتدا به این صورت نبود و عنوان خلیفهٔ راشد برای علی تنها پس از آنکه احمد بن حنبل، علی را در زمرهٔ خلفای راشدین آورد، از جانب اهل سنت مشروع تلقی شد. بعدها مؤلفان سنی به‌وفور نظرات فقهی، قضایی، و تاریخی علی را گزارش کردند و برخی تلاش کردند از سخنان علی علیه تشیع استفاده کرده و دکترین اهل سنت را پشتیبانی کنند. در میان اهل سنت، علی جایگاهی همانند سه خلیفهٔ دیگر دارد و بر مبنای نظریهٔ سابقون، در جایگاهی پایین‌تر از آنان است. بزرگترین مشکل اهل سنت، ترفیع مقام علی توسط محمد در احادیثی مانند «من کنت مولاه فهذا علی مولاه» است که برای حل این مشکل به تفسیر این حدیث پرداخته‌اند. همچنین، اکثر نویسندگان سنی به برتری دانش علی در شریعت و روایت حدیث از پیامبر اذعان دارند ولی این موارد را دلیلی بر تعیین جایگاه سیاسی او توسط محمد نمی‌دانند.
شیعیان
در اعتقادات شیعه، علی جایگاه والایی دارد و اعتقاد به حقانیت او در رهبری مسلمانان، باور تعیین‌کنندهٔ شیعیان است. سخنان او مرجعی برای فقه شیعیان است و از همه مهم‌تر، شیعیان باور دارند که علی بر بقیهٔ صحابه برتری داشته و توسط محمد به جانشینی‌اش منصوب شده بود. تقوا و اخلاق علی آغازگر نوعی عرفان در میان شیعیان بوده که آنان را به صوفیان سنی مذهب نزدیک میکند. در میان شیعیان دوازده‌امامی، باور به امامت علی از اصول دین است. عبارت «علی ولی الله» در اذان شیعیان گنجانده شده‌است. مستعلیه مقام علی را برتر از امام می‌دانند. هر دوی این مذاهب به عصمت، علم غیب، و شفاعت علی اعتقاد دارند. حجم گسترده‌ای از ادبیات مذهبی شیعه به زبان‌های مختلف نظیر عربی، فارسی، اردو و ترکی به علی اختصاص یافته‌است.
غالیان، شیعیان تندرو، اعتقاد داشتند که علی دسترسی به ارادهٔ خدا داشته‌است. مثلاً نصیریه اعتقاد داشتند که خداوند در علی حلول کرده‌است یا خطابیه مقام علی را بالاتر از محمد می‌دانستند. در زمان فعلی، شیعیان و سنیان به علویان و بکتاشیه با دید شک‌آلود به قائل‌شدن الوهیت برای علی نگاه می‌کنند. کردهای اهل حق نیز اعتقادات مشابهی آمیخته با تناسخ در مورد علی دارند.
صوفیان
علی دارای جایگاهی محوری در میان اسطوره‌های طریقت‌های مختلف گشت و تقریباً همه طریقت‌های تصوف، سلسلهٔ معنوی خود را از طریق علی به محمد می‌رسانند. یکی از باورهای اصلی صوفیه این است که مقام معنوی ولایت، که از محمد به علی به ارث رسیده‌است، فرد صوفی را قادر به پیمودن راه به سوی خدا میکند. جایگاه علی به عنوان راوی برجستهٔ سخنان محمد، او را رهبر معنوی بسیاری از حرکت‌های تصوف در قرن‌های بعدی کرد. تصور علی به عنوان پیرو زاهد محمد، در میان صوفیان همانند سنیان و شیعیان وجود دارد. صوفیان معتقدند محمد علوم خفیه شامل جفر را به علی آموخت.
فلسفه و عرفان اسلامی
به نوشتهٔ دانشنامه بریتانیکا در فلسفهٔ اسلامی متأخر به‌خصوص آموزه‌های ملاصدرا، موسوم به حکمت متعالیه، خطبه‌ها و احادیث علی به عنوان مرجع اصلی دانش فلسفی یا حکمت الهی تلقی می‌شود و وی را نخستین فردی می‌دانند که از اصطلاحات عربی برای بیان آرای فلسفی بهره جسته‌است. همچنین گفتهٔ وی «به آنچه گفته شده‌است بنگر؛ نه آنکه آن را گفته» ویژگی اصلی اندیشهٔ اسلامی را بیان میکند که طبق آن مکتب‌ها بر اشخاص ارجح‌اند و افکار بر مبنای ارزش درونمایهٔ آن داوری می‌شود؛ نه بر مبنای مراجع تاریخی آنها.
آثار
تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده‌است و به عنوان ضرب‌المثل و کلمات قصار در زندگی روزمره نقل می‌شوند. همچنین، این سخنان اساس آثار ادبی گردیده و به صورت اشعار در زبان‌های گوناگون وارد شده‌اند. در قرن ۸ میلادی، نویسندگان ادبی همچون عبدالحمید یحیی امیری، به فصاحت بی‌نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. جاحظ، ادیب عرب در قرن سوم هجری، نیز بر همین عقیده‌است.
نهج‌البلاغه
در قرن ۱۰ میلادی، یکی از محققان برجستهٔ شیعی به نام سید شریف رضی تعداد زیادی از خطبه‌ها، نامه‌ها، و سخنان کوتاه علی با موضوعات گوناگون را در کتابی به نام نهج‌البلاغه جمع‌آوری کرد که به یکی از پرطرفدارترین و تأثیرگذارترین کتب جهان اسلام مبدل گشت. با این حال، این کتاب تقریباً به طور کامل تا قرن ۲۰ میلادی در تحقیقات غربی نادیده گرفته شد. با وجود اینکه برخی محققین غربی در صحت آن تردید دارند، اما صحتش هیچگاه نزد اکثر مسلمانان جای سؤال نداشته‌است. نهج‌البلاغه کماکان به عنوان منبعی مذهبی و مرجعی الهام‌بخش و ادبی در میان شیعه و سنی مطرح است. در میان گفته‌های منسوب به علی، نامهٔ او به مالک اشتر دربارهٔ حکومت صالحانه مورد توجه زیادی قرار گرفته‌است. سید حسین مدرسی طباطبایی به کتاب مدارک نهج‌البلاغه، اثر رضا استادی، اشاره میکند که در آن اسنادی ارائه شده‌است که سخنان موجود در نهج‌البلاغه را به علی می‌رساند.
غرر الحکم و درر الکلم
غرر الحکم و درر الکلم مجموعه‌ای از کلمات قصار علی بن ابیطالب است که توسط ابوالفتح عبدالواحد بن محمد بن عبدالواحد تمیمی آمدی، از علمای امامی قرن پنجم هجری، گردآوری شده‌است.
مصحف علی
مُصحَف علی به نسخه‌ای از قرآن گفته می‌شود که توسط علی بن ابیطالب گردآوری شده‌است. علی یکی از اولین گردآورندگان قرآن بود و سوره‌های قرآن را به ترتیب تاریخ نزول چیده بود. همچنین روایت شده‌است که این مصحف شامل مطالب تفسیری مانند نسخ آیات نیز بود. منابع شیعی می‌نویسند که پس از درگذشت محمد، علی مصحفش را به گروه حکومتی جمع‌آوری قرآن عرضه کرد ولی با مخالفت صحابه روبرو و مجبور شد قرآن را به خانه‌اش برگرداند. گرچه وجود تاریخی مصحف علی مسلم است، اما به مانند دیگر مصحف صحابه چیزی به عنوان واقعیت خارجی در دسترس نیست. گروه‌هایی از شیعیان در طول تاریخ به تفاوت‌های عمدهٔ این مصحف با قرآن فعلی اعتقاد داشتند ولی با مخالفت جمع کثیری از روحانیون و قرآن‌پژوهان شیعه مواجه شده‌اند. علی از قاریان اصلی قرآن هم بود و قرائتی از او بر جای مانده که، به گفتهٔ برخی نویسندگان کتاب‌های قرائات قرآن، با قرائت حفص از عاصم یکی است.
کتاب علی
بر اساس روایات فراوانی از قرن دوم هجری، کتاب علی مجموعه‌ای از سخنان محمد است که علی گردآوری کرده‌است. در نقل است که علی در پیشگاه محمد مطالبی را بر روی ورقی از پوست می‌نوشت که از او می‌شنید. روایتی دیگر می‌گوید که فقیه مکه در اوایل قرن دوم از این کتاب آگاه بود و مطمئن بود که نوشتهٔ علی است. در مورد محتوای کتاب گفته شده‌است که کتاب شامل همهٔ چیزهایی که مردم به آن نیاز دارند بود؛ مانند مواردی در احکام حلال و حرام و حتی دیهٔ خراش‌ها. وجود مطالبی در مورد جفر نیز روایت شده‌است.
آثار دیگر
آثار دیگری نیز به علی نسبت داده شده‌است. از آن جمله می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: دعای کمیل که علی آن را به شاگردش کمیل بن زیاد آموخت و در حقیقت دعایی طولانی است که هنوز هم توسط شیعیان خوانده می‌شود. کتاب الدیات که دستورالعملی در مورد نحوهٔ محاسبهٔ دیه‌هاست و در کتاب‌هایی مانند من لایحضره الفقیه به صورت کامل آمده‌است. مسند علی به مجموعه احادیثی از پیامبر اسلام گفته می‌شود که راوی اول آنها علی است و در مسندهای روایی اهل سنت مانند مسند احمد حنبل آمده‌اند. بعدها افرادی احادیث علی را گردآوری کرده و آن را یک‌جا مسند علی نامیدند. در منابع قدیمی، گزارش‌های مختلفی دربارهٔ اینکه آیا علی شعر می‌سروده‌است یا نه وجود دارد. مؤلفان متعددی دیوان اشعاری را به علی نسبت داده‌اند ولی بسیاری از این اشعار سرودهٔ دیگران است. روش قضاوت علی نیز مورد توجه اصحابش بوده و توسط آنان گردآوری شده‌است.
ویژگی‌های ظاهری و اخلاقی
علی مردی با سر طاس و بدنی چاق و تنومند بود و پاهای کوتاه و کتفی فراخ داشت. چشم‌هایش دچار التهاب و بیماری بود. بدنی پر موی و ریشی بلند و سفید داشت که تا نزدیک سینه‌اش می‌رسید. لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام مینویسد که علی خشن و گوشه‌گیر بود. علی به خاطر دانش عمیقش از قرآن مشهور بود و بهترین قاریان قرآن به حساب می‌آمد. در مقابل گفته شده‌است که علی تنها در جنگ خیبر دچار چشم درد شد و بر طبق روایتی توسط محمد شفا یافت. همچنین گزارهٔ دانشنامهٔ اسلام در مورد خشن و گوشه‌گیر بودن علی مورد انتقاد قرار گرفته‌است.
دیدگاه‌ها در مورد علی
در احادیث
نبیل حسین مینویسد سنی‌های حامی علی بر این باورند که نوعی علی‌ستیزی را می‌توان در روایات تاریخی و احادیث اسلام مشاهده کرد و همسوبودن سنی‌ها با سلسلهٔ بنی‌امیه باعث شده‌است که محدثان اولیه با گرایش شیعی، فاقد اعتبار و از سوی دیگر، راویان حدیث با گرایش ضد علی معتبر دانسته شوند.
ایگناز گلدزیهر ضمن مقایسهٔ دو نسخه از سخنان محمد دربارهٔ علی که در جنگ خیبر پس از دادن پرچم به او بر زبان آورده‌است، اذعان می‌دارد که در روایات، اضافاتی به نفع علی وجود دارد. اما از طرف دیگر برای اثبات دیدگاه خود دربارهٔ وجود علی‌ستیزی در روایات، دو نسخهٔ متفاوت از حدیث «مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، زنا نمی‌کند و مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، دزدی نمی‌کند» را بررسی کرده، نتیجه میگیرد که در برخی کتب، به حدیث مزبور جملهٔ «مؤمن غلو نمی‌کند» اضافه شده‌است تا شیعیان «کافر» قلمداد شوند و این جملات اضافی در لوای حدیث موجه و معتبر اصلی، به مرور زمان در اذهان مسلمانان جای بگیرد.
مایکل کوپرسن در کتاب تاریخ‌نگاری سنتی عربی مینویسد عباسیان پس از آنکه پایه‌های قدرت خود را مستحکم کردند، به ساخت احادیث جعلی برای بنی‌امیه و نیز علویان مبادرت ورزیدند. آنان در روایات خود خلافت بنی‌امیه را خلافت فرزندان دشمنان محمد دانستند و دربارهٔ خلافت فرزندان علی نیز سعی داشتند تأکید کنند که خلافت بیشتر از آنکه به فرزندان دختر محمد تعلق داشته باشد، به فرزندان عموی محمد تعلق داشته‌است و مدعی بودند که فرزندان علی خلافت را از شجرهٔ خود به شجرهٔ عباس انتقال داده‌اند.
پل کوب مینویسد در شام، احادیث راجع به تقوای علی تا زمان اسماعیل بن عیاش حمصی (درگذشته به سال ۱۸۱ یا ۱۸۲ هجری) ناشناخته بودند و حتی تا قرن سوم هجری هر کسی در مسجد امویان، مخفیانه در بحث‌های مربوط به «فضائل علی» شرکت می‌جست، به احتمال زیاد مورد هجمه قرار می‌گرفت.
در سال ۶۱۵ میلادی (۸ ق.ه.)، برخی از پیروان محمد به حبشه هجرت کردند و تحت پشتیبانی نَجاشی، پادشاه مسیحی حبشه، آن جا ساکن شدند.
ابن سعد به دو هجرت مجزا اشاره میکند. به گفته وی اکثر مهاجرین گروه اول پیش از هجرت مسلمانان به مدینه به مکه بازگشتند در حالی که گروه دوم در بازگشت مستقیماً به مدینه رفتند. ابن هشام و طبری اما از یک مهاجرت (از مکه به حبشه) سخن می‌‌گویند.
این روایات مؤید این مساله هستند که آزار و اذیت شدن مسلمانان در مکه نقش بزرگی در تصمیم محمد مبنی بر پیشنهاد مهاجرت به حبشه داشته است. گرچه مونتگومری وات نشان میدهد که سناریوی مهاجرت به حبشه خیلی پیچیده تر از آنی بوده است که در متون قدیمی تاریخی آمده. او نتیجه میگیرد که دلایلی همچون اشتغال به تجارت -جهت رقابت احتمالی با خانواده‌های تاجر مکه- و یا وجود نوعی تفرقه بین گروه‌هایی از تازه مسلمانان در مهاجرت به حبشه نقش داشته است. بر اساس نامه معروف عروه (مندرج در طبری) اکثر مهاجران پس از قویتر شدن اسلام -به دنبال اضافه شدن عمر و حمزه به مسلمانان- به شهر خود باز گشتند. در عین حال داستانی کاملا متفاوت در مورد دلیل بازگشت مهاجران حبشه به مکه بیان شده است. این داستان که با نام «غرانیق» شناخته شده‌است در تاریخ طبری،تفسیر طبری، طبقات ابن سعد و اسباب التنزیل واقدی با سندهای مفرد نقل شده‌است. اما در سیره ابن هشام و (احتمالا) در سیره ابن اسحاق نقل نشده است. بر پایه این روایت، محمد هنگام خواندن سوره نجم، دو آیه را که شیطان به وی القا کرده بود خواند و وجود سه خدای مکه — که دختران الله خوانده می‌شدند — را پذیرفت، آنها را ستایش کرد، و شفاعتشان را وارد دانست. اخبار این ماجرا به مسلمانانی که به حبشه هجرت کرده بودند رسیده و برخی از آنها قصد بازگشت به مکه را کردند. این روایت‌ها ذکر می‌کنند که پس از فروآمدن جبرییل بر محمد و آگاه ساختن او، وی این آیه‌ها را پس گرفت. نوشته‌های دانشمندان اسلامی از قرن چهارم اسلامی به بعد شدیداً درستی ِ تاریخی این روایت را زیر پرسش بردند. مونتگومری وات این حادثه را به اندازه‌ای شگفت انگیز میداند که نمی‌تواند آن را به عنوان اختراع محض بپذیرد. او به استناد قرآن (حج، آیه ۵۲) بر این باور است که دست کم در وحی در یک مورد شیطان چیزی به او افکند. در مقابل دانشنامه اسلام دلیل وات را ناکافی میداند و مینویسد "داستان غرانیق در شکل فعلی آن به گونه ای که توسط طبری، واقدی و ابن سعد نقل شده تحت عنوان واقعیت تاریخی به دلایل مختلف قابل پذیرش نیست." این دانشنامه اما امکان وجود برخی حقایق تاریخی پشت این داستان را منتفی نمی‌‌داند.
تقریباً همگی مسلمانان سراسر سده‌ها، این داستان را ساختگی دانسته و رد می‌کردند. بیش تر مسلمانان دوران معاصر تا پیش از انتشار رمان جنجالی «آیات شیطانی» در دهه ۱۹۸۰ میلادی به دست سلمان رشدی در این مورد، از این ماجرا آگاهی ای نداشتند.
سال‌های پایانی در مکه
در سال ۶۱۷ میلادی (۶ ق.ه.)، رهبران مخزوم و بنو عبد شمس، دو خاندان مهم قریش، خاندان بنی هاشم (رقیب تجاریشان) را تحت محاصره اجتماعی و اقتصادی قرار دادند. به گفتهٔ آلفورد ولش در دانشنامه اسلام، ممکن است که آن بخش از داستان که در آن بنی هاشم مجبور شده به شهر خودشان(شعب ابیطالب) رفته و از تجارت و ازدواج با آنها خودداری کند اغراق شده باشد و قرآن برخلاف سیره‌های پیامبر دربارهٔ این داستان سکوت کرده‌است. هدف این بود که بنی هاشم را تحت فشار قرار دهند تا دست از نگهبانی از جان محمد بردارد. این محاصره سه سال به طول انجامید اما در پایان شکست خورد زیرا هدفش را برآورده نمی‌کرد.
در سال ۶۱۹ میلادی (۴ ق.ه.) هم خدیجه همسر محمد و هم عمویش ابوطالب، درگذشتند. با درگذشت ابوطالب (که رهبری خاندان بنی هاشم را به دست داشت)، رهبری این خاندان به ابولهب که دشمن دیرینه محمد بود، سپرده شد. علاوه بر این اگرچه محمد در سال‌های پایانی هنوز پیروان اندکی به دست می‌آورد، اما در کل تلاش‌های او در مکه شکست خورده بودند. محمد برای یافتن یک پشتیبان و دعوت به اسلام، به طائف (از شهرهای معروف عربستان در نزدیکی مکه) رفت اما تلاش او با شکست روبه‌رو شد و مورد حمله و آزار مردم آن شهر نیز قرار گرفت. بنابراین ناچار به بازگشت به مکه شد و با کمک یکی از اهالی مکه به نام «مطعم ابن عدی» و پشتیبانی قبیله بنی نوفل، امکان ورود دوباره او به زادگاهش در شرایطی امن، فراهم آمد.
اسراء و معراج
محمد در ۲ یا ۳ سال پیش از هجرت به مدینه، بر پایهٔ منابع اسلامی و به باور بیشتر مسلمانان، در یک شب به سفری به نام معراج، از مسجدالاقصی به آسمان رفت. مسلمانان در ۲۷ رجب «لیلةالاسراء و المعراج» را جشن میگیرند. بنا به نظر بیشتر مفسران قرآن، آیه‌های آغازین سوره اسراء به معراج اشاره دارند. روایت‌ها و حدیث‌ها نیز اطلاعات و داده‌هایی از معراج دراختیار میگذارند. معراج به طور گسترده‌ای در ادبیات عربی، ادبیات اندونزیایی، کشورهای غرب و شرق آفریقا و مینیاتورهای ایرانی (که به «معراج‌نامه» معروفند) بهکار رفته‌است.
هجرت و زمینه‌های آن
بیعت عقبه اول و عقبه دوم
در عربستان افراد ِ بسیاری به قصد بازرگانی و یا به جا آوردن حج به مکه سفر می‌کردند. محمد از این موقعیت استفاده کرد و بخت خود را برای یافتن خانه‌ای تازه برای خود و پیروانش آزمود. پس از چندین گفتگوی ِ ناموفق، در صحبت با شماری از اهالی یثرب (که بعدها مدینه خوانده شد) امیدی یافت. جمعیت عرب یثرب به این جهت که گروهی از یهودیان در آن شهر زندگی می‌کردند، با یکتاپرستی تا اندازه‌ای آشنا بودند. گروهی از اهل یثرب که به مکه آمده بودند با محمد پیمانی بستند که به «پیمان عقبه اول» شهرت یافت.
محمد پس از پیمان اول مصعب بن عمیر را به یثرب فرستاد تا برای آنها قرآن بخواند و اسلام را بیاموزد. این چنین در مدینه کسانی، تقریباً از همگی قبیله‌ها، به آیین اسلام گرویدند تا آن جا که در سال بعد ۷۵ مسلمان از مدینه برای حج و دیدار محمد به مکه آمدند. آنها او را به صورت پنهانی و در شب دیدار کرده و با او پیمانی بستند که به «پیمان دوم عقبه»، یا «پیمان جنگ» شهرت یافت.
در پیمان عقبه دوم محمد پس از دعوت به اسلام، بیعتش با فرستادگان یثرب را مشروط به این کرد که آنان همان‌طور که از زنان و فرزندانشان پشتیبانی کنند، از او نیز پشتیبانی کنند. آن چه محمد به آنان گفت این بود: «خون من خون شماست، حرمت من حرمت شما. از شمایم و شما نیز از من هستید. با هرکه بجنگید می‌جنگم و با آنکه دوستی کنید، در صلح و آرامش خواهم بود.» به همین دلیل بیعت دوم به «بیعة الحرب» مشهور گردید. در این بیعت ۷۳ مرد و زن حضور داشتند که دوازده تن از آنان از بزرگان مدینه بودند، نه تن از بزرگان خزرج و سه تن از بزرگان خاندان اوس. پس از پیمان عقبه، محمد پیروانش در مکه را تشویق به مهاجرت به یثرب کرد. مانند واقعه هجرت به حبشه، قریش تلاش کرد تا از بیرون رفتن یاران محمد از مکه جلوگیری کند؛ اما این تلاش‌ها ناموفق بود و تقریباً همگی مسلمانان موفق به ترک مکه شدند.
هجرت به مدینه
هیاتی دربردارندهٔ دوازده تن از بزرگان خاندان‌های مهم مدینه، از محمد دعوت کردند تا به عنوان یک ناشناس (بیطرف؟) برای عرب‌ها و یهودیان که تا پیش از سال ۶۲۰ میلادی (۲ ق.ه.) نزدیک به صد سال درگیر ِ جنگ‌های داخلی بودند و کشت و کشتارهای پی در پی و عدم توافق در پرداخت خون‌بهای کشته‌شدگان داشتند، داوری کند؛ به ویژه پس از جنگ بُعاث که همگی قبیله‌های یثرب (مدینه) در آن شرکت داشتند، این امر را برای ایشان آشکار ساخته بود که مفهوم‌های قبیله‌ای مانند «قصاص» دیگر قابل انجام نیست مگر این که کسی صلاحیت‌دار در بخش‌های دارای اختلاف داوری کند. نمایندگان فرستاده شده از مدینه، از سوی خود و مردم شهر یثرب متعهد شدند تا محمد را در جامعه خویش بپذیرند و از او در برابر خطرهای جانی، مانند خود، نگهبانی کنند.
بر پایهٔ روایت‌های اسلامی، قریش از بیرون رفتن مسلمانان از مکه آگاه شد و برای کشتن محمد نقشه‌ای را به اجرا گذاشت. محمد به کمک علی که در بستر وی خوابید، کسانی که نگهبانش بودند را گمراه کرد و پنهانی به همراه ابوبکر از شهر بیرون رفت. به این سان در سال ۶۲۲ میلادی (۱ ه.ق.) (برابر با سال سیزدهم پس از آغاز دعوت خود) محمد به مدینه، که یک واحه (آبادی) کشاورزی ِ بزرگ بود، هجرت کرد و همراهان وی که با او از مکه به مدینه مهاجرت کردند به مهاجران شهرت یافتند و مردم یثرب که پیامبر و مهاجران را یاری رسانده بودند، انصار نامیده شدند. بعدها (در زمان خلیفه دوم) این هجرت، مبدای تاریخ مسلمانان شد. مدینه تا پیش از هجرت محمد «یثرب» نامیده می‌شد و پس از این هجرت «مدینةالنبی» یا به‌اختصار «مدینه» (برگرفته از مدینةالنبی یا المدینةالمنورة) خوانده شد.
محمد در مدینه
بنیان‌نهادن ساختار سیاسی اجتماعی نو
برای حل شکایت‌های دراز مدت قبیله‌های گوناگون ِ از هم، یکی از نخستین کارهای محمد در مدینه مکتوب‌کردن سندی بود که به «میثاق مدینه» شهرت یافت. این موافقت‌نامه، «فرمی از اتحاد یا فدراسیون» را میان ۸ قبیله مدینه و مهاجران مسلمان از مکه برقرار میکند که در آن حقوق و وظیفه‌های هر شهروند و چگونگی رابطه‌های میان گروه‌های گوناگون (دربردارندهٔ گروه مسلمانان و دیگر گروه‌ها به ویژه یهودیان و دیگر اهل کتاب) مشخص شده بود. این پیمان مفهوم ساختار اجتماعی امت را به عنوان اجتماعی یکسان از مومنان تعریف میکند که دربردارندهٔ یهودیان نیز می‌شد؛ اما غیریکتاپرستان مدینه را دربرنمی گرفت. پیمان مدینه به یهودیان مدینه در ازای وفاداری سیاسی به مسلمانان، حق استقلال فرهنگی و مذهبی می‌داد. ساختار اجتماعی که در قانون اساسی مدینه تعریف شده بود، امت، ظاهری مذهبی داشت اما ملاحظه‌های عملی نیز در آن انجام شده بود و به شکل گسترده‌ای قانون‌های قدیمی قبیله‌ای عرب‌ها را نگه می‌داشت. پیمان مدینه قبیله‌ها را مسئول رفتار اعضایشان می‌دانست.
پیکارها با مکه
متعاقب مهاجرت مسلمانان به مدینه، اهالی مکه اموال آنها را مصادره کردند. به دلیل اینکه مهاجرین در مدینه از نظر اقتصادی تحت فشار بودند و هیچ شغل خالی برای آنها نبود که مشغول به کار شوند، آنها جهت ارتزاق، شروع به یورش به کاروان‌های اهل مکه کردند. این حرکت باعث شروع جنگ مسلح بین اهل مکه و مدینه شد. محمد آیات ۳۹–۴۰ سوره حج را ایراد کرد که در آنها اجازه استفاده از نیروی نظامی صادر می‌شود.
بعدها محمد تصمیم به حمله به یکی از کاروان‌های مکه گرفت، سپس اهل مکه سپاهی فراهم آوردند ولی شکست خوردند. (غزوه بدر) یک سال بعد قریش در جنگی مسلمانان را شکست داد و محمد زخمی شد ولی چون قریش خود را به اندازه کافی قوی نمی‌دید، تا مدینه پیشروی نکردند و عقب‌نشینی کردند. (غزوه احد) در آوریل ۶۲۷ میلادی (۵ ه.ق.) قریش با ۱۰٬۰۰۰ تن به مدینه حمله کرد؛ اما به سبب وجود خندق گرد مدینه، سپاه قریش پس از ۴۰ روز (به روایت دیگر دو هفته) ناامید شد و عقب‌نشینی کرد. (غزوه احزاب) در خلال این جنگ‌ها، بعلت همدستی سه قبیله از یهودیان با مشرکان با وجود تعهد قبلی مبنی بر عدم خیانت، بین مسلمانان و این سه قبیله اختلاف و درگیری پیش آمد. دو قبیله بنی‌قینقاع و بنی نضیر تبعید و قبیله بنی قریظه حذف شد.
صلح حدیبیه
اگرچه محمد قبلاً آیاتی که دستور انجام حج را می‌دادند را تحویل داده بود (سوره بقره آیات ۱۹۶–۲۱۰)، مسلمانان آن را به خاطر دشمنی قریش انجام نداده بودند. در ماه شوال ۶۲۸ میلادی(۶ ه.ق.)، محمد با ۱۴۰۰ تن از پیروانش جهت انجام عمره به سمت مکه رفتند. قریش با شنیدن نزدیک‌شدن مسلمان به مکه، ۲۰۰ سوار را فرستاد که آنها را متوقف کنند. محمد با طی مسیر صعب‌العبورتری آنها را دور زد و به حدیبیه، در حومه شهر مکه رسید. مذاکرات با مکه شروع شد و فرستادگانی بین دو طرف ردوبدل شد. درنهایت پیمان صلحی به مدت ۱۰ سال بین دو طرف منعقد شد. نتیجه قرارداد این بود که مکه، جامعه مسلمانان مدینه را از نظر سیاسی و مذهبی به رسمیت می‌شناخت. مفاد اصلی قرارداد این بود که طرفین دشمنی‌ها را کنار بگذارند، محمد سال بعد برای حج به مکه بیاید، اگر کسی از اهل مکه به مدینه رفت به مکه بازگردانده شود ولی نه بالعکس، و قبایل آزاد خواهند بود که با محمد یا با قریش در پیمان باشند.
سال‌های پایانی
فتح مکه
صلح حدیبیه تا ۲ سال پایدار بود. فسخ شدن صلح حدیبیه از آنجا شروع می‌شود که محمد پیمان صلحی با یکی از زیرشاخه‌های قبیله بنی‌خزاعه بسته بود. قبیله بنی‌خزاعه روابط دوستانه‌ای با محمد داشت در حالی که دشمنش قبیله بنی‌بکر با مکیان اتحاد داشت. خاندانی از بنی‌بکر شبانه به بنی‌خزاعه یورش می‌برند و تعدادی از آنها را می‌کشند. اهل مکه متحدانشان (بنی‌بکر) را با فراهم کردن اسلحه کمک کرده بودند، و طبق برخی از منابع تعداد کمی از اهل مکه هم در جنگ شرکت کرده بودند. پس از این واقعه، محمد پیغامی به مکه فرستاد و در آن سه شرط را مشخص کرده بود و از اهل مکه می‌خواست یکی را بپذیرند. شروط این بود که اهالی مکه خون‌بهای کسانی که از قبیله بنی‌خزاعه کشته شده‌اند را بدهد، یا اتحادشان با بنی‌بکر را برهم بزنند، یا پیمان حدیبیه را منسوخ اعلام کنند.
پاسخ مکه این بود که آنها فقط شرط آخر را می‌پذیرند. اما کمی بعد به اشتباه خود پی بردند و ابوسفیان را فرستادند که پیمان حدیبیه را احیا کند؛ ولی محمد درخواستشان را نپذیرفت و نیروهای خود را برای جنگ با مکه آماده کرد. در سال ۶۳۰ میلادی (۸ ه.ق.) با نیروی بسیار زیادی که گفته می‌شود ۱۰٬۰۰۰ نفر بودند به سمت مکه حرکت کرد و با حداقل کشته کنترل مکه را به دست گرفت. محمّد بخشش عمومی برای تمامی رفتارهای گذشته و توهین‌ها به اهل مکه داد، به جز ده زن و مرد که او را مورد تمسخر قرار داده بودند و در شعرها و آوازهایشان به او ناسزا گفته بودند. او برخی از این افراد را نیز بعداً بخشید. اکثر اهل مکه مسلمان شدند و محمد متعاقباً نسبت به شکستن تمامی بت‌های درون کعبه و جز آن، اقدام کرد.
فتح عربستان
چندی پس از فتح مکه، محمد متوجهٔ تهدید نظامی از سوی قبایل هوازن که در حال جمع‌آوری لشکری بزرگ بودند شد. هوازن دشمنان قدیمی قریش بودند. قبیله ثقیف که در شهر طائف زندگی می‌کردند نیز به دلیل نزول وجه قریش، سیاستی ضد مکه‌ای اتخاذ کرده بودند. محمد هر دو این قبایل را در غزوہ حنین شکست داد.
در همان سال، محمد به سمت تبوک، در شمال عربستان، لشکرکشی کرد. دلیل این امر شکست قبلی او در جنگ موته و همچنین گزارش‌هایی مبنی بر برخورد دشمنانه با مسلمین بود. اگرچه درگیری‌ای در تبوک رخ نداد، ولی برخی از شیخ‌های قبایل آن ناحیه خود را تابع او کردند. یک سال پس از جنگ تبوک، قبیلهٔ ثقیف نمایندگانی به مدینه فرستادند تا خود را تسلیم محمد کرده و اسلام را بپذیرند. خیلی از بادیه‌نشینان نیز جهت امن بودن از حملات محمد و همچنین بهره‌بردن از غنایم جنگی به اسلام گرویدند. البته بادیه‌نشینان آدابی مغایر با آداب اسلام داشتند و می‌خواستند که استقلال، کد اخلاقی و سنن اجدادی خود را حفظ کنند. بنابراین محمّد فقط از آنها طلب پیمان نظامی و سیاسی کرد که بر اساس آن بادیه‌نشینان حاکمیت مدینه را پذیرفته، به مسلمانان یا متحدان آنها حمله نمی‌کنند، و زکات، مالیات اسلامی، را پرداخت می‌کنند.
حجةالوداع
در پایان سال دهم (۶۳۲ میلادی) پس از هجرت، محمّد آخرین حج و اولین حج کامل را انجام داد و از این طریق تمام جزئیات مراسم حج را به پیروانش توضیح داد. طی این واقعه (حجةالوداع و تعلیم اعمال حج) رخ داد،
در بازگشت به مدینه و در بین راه، محمد به صورت ناگهانی به مدت سه روز در محلی به نام غدیر خم توقف کرد و با جمع‌کردن حجاج خطبه‌ای خواند و در آن جمله «هر که من مولای اویم پس علی مولای اوست» را با بلندکردن دست علی در برابر جمعیت گفت. واژهٔ «مولا» در عربی به دو معنای «دوست» و «رهبر» است.
تفاسیر شیعه قرآن مائده ۳ را به انتصاب علی (به عنوان جانشین محمّد) در این قضیه نسبت می‌دهند. در صورتی که اهل سنت معتقدند که عده‌ای از تقسیم غنایم در اردوکشی به یمن که توسط علی انجام شده ناراضی بودند و محمد در پاسخ به آنها علی را دوست خویش معرفی کرد تا ناخشنودی آنان را فرونشاند.
درگذشت
محمد چند ماه پس از حجةالوداع مریض شد و چند روزی از سردرد و ضعف رنج برد. در روز دوشنبه‌ای که محمد سخت بیمار بود (که در همان روز هم درگذشت) و نمی‌توانست از خانه بیرون رود، ابوبکر با مسلمانان نماز خواند. از محمد روایت شده که در حال وخامت بیماری مرگ، عزرائیل بر او وارد شد و برای گرفتن روحش اجازه خواست و گفت این تنها موردی بوده و خواهد بود که برای قبض روح کسی اجازه گرفته است. محمد سرانجام در روز دوشنبه ۲۸ صفر سال ۱۱ هجری برابر با ۸ ژوئن ۶۳۲، در ۶۳ سالگی درگذشت. پس از درگذشت محمد ابوبکر وارد مسجد شد و ابتدا آیه‌ای از قرآن را با این مضمون خواند:«محمد نیست مگر فرستاده‌ای که پیش از او فرستادگان آمده و رفتند؛ پس آیا اگر او بمیرد و یا کشته شود به سوی گذشتگانتان بازخواهید گشت؟ و هر کس بازگردد به خدا آسیبی نمی‌زند و خدا سپاس‌گزاران را پاداش میدهد.»آل‌عمران ۱۴۴ سپس گفت: «ای مردم، هر کس محمد را می‌پرستید، پس همانا محمد مرده‌است و هر کس خدای محمّد را می‌پرستید، بداند که او زنده‌ای است که هرگز نمی‌میرد.» او را در منزل عایشه دفن کردند. مسجدی که بعدها به محل دفنش افزوده شد، به زیارتگاه مسلمانان تبدیل شد.. نقل است که چون محمد درگذشت، اهل بیت شروع به گریه و زاری کردند. میان مردم اضطراب و تشویش به راه افتاد. برخی مانند عثمان پسر عفان از سخن گفتن باز ماندند و عده‌ای مانند عمر بن خطاب نیز مردن او را باور نداشتند.
پسایند
محمد قبایل مختلف عرب را با ایجاد امت اسلامی در سال‌های آخر عمرش متحد ساخت. با درگذشت او، اختلافات راجع به جانشینی او در گرفت. عمر بن خطاب، یکی از صحابه مهم محمد، ابوبکر را به عنوان جانشین در سقیفه نامزد کرد و بقیه حمایت خود را افزودند و ابوبکر به عنوان اولین خلیفه مسلمین انتخاب شد. برخی از صحابه همچون علی و سلمان و ابوذر برای مدتی از بیعت با ابوبکر امتناع کردند.
فوری‌ترین کار ابوبکر رسیدگی به شورش‌های قبایل عرب در جنگ‌هایی که مورخین مسلمان بعدی نام «جنگ‌های ارتداد» بر آن نهادند، بود. کار فوری دیگر لشکرکشی به سمت امپراتوری روم شرقی (بیزانس) به دلیل شکست پیشین مسلمانان بود. پس از ابوبکر، به ترتیب عمر بن خطاب، عثمان بن عفان و علی بن ابیطالب به خلافت رسیدند که به خلفای راشدین مشهورند. پس از آنان حکومت به بنی امیه و سپس به بنی عباس رسید. عبدالرحمان سوم و جانشینانش در آندلس، فاطمیان، حفصیان و مرینیان نیز خود را جانشین محمد می‌دانستند. سلاطین عثمانی هیچگاه رسماً خلیفه نبودند. تنها عبدالمجید دوم از ۱۹۲۲ تا ۱۹۲۴ خود را خلیفه تمامی مسلمانان خواند.
میراث
اصلاحات
به گفتهٔ مورخ ویلیام مونتگمری وات، برای محمد مذهب موضوعی شخصی و انفرادی نبود بلکه «پاسخ کلی شخصیت او به وضعیتی بود که او خود را در آن می‌یافت. او نه تنها به جنبه‌های مذهبی و نظری شرایط موجود، بلکه به وضعیت اقتصادی، اجتماعی، و فشارهای سیاسی که بر مکه در زمان او حاکم بود، پاسخ می‌داد.» به گفتهٔ برنارد لوئیس، دو روایت سیاسی مهم در اسلام موجود است: در اولی به محمد به عنوان زمامدار در مدینه نگاه شده و در دیگری به او به عنوان یک شورشگر در مکه. لوئیس اسلام را نوعی انقلاب میداند که جوامعی که به آنها وارد شد را تا حد زیادی تغییر داد.
مورخانی مانند وات، رابینسون و اسپوزیتو، توافق نظر دارند که اصلاحات اجتماعی اسلام جامعه عرب موجود را در حوزه‌هایی همچون امنیت اجتماعی، ساختار خانواده، برده‌داری، حقوق زنان، کودکان و اقلیت‌های قومی بهبود بخشید. به گفتهٔ لوئیس، «اسلام از همان ابتدا اختلافات طبقاتی و مزیت‌های طبقه اشرافی را رد کرد و روشی را برگزید که در آن ورود به شغل‌های مختلف برای افراد مستعد باز بود.»
سنت
سنت حاوی اعمال و گفته‌هایی است که به محمد نسبت داده شده و از مسائلی مانند عقاید و آداب مذهبی، بهداشت شخصی و دفن مردگان گرفته تا سؤالات فلسفی مانند عشق میان انسان‌ها و خدا را شامل می‌شود. مسلمانان به محمد به عنوان الگو می‌نگرند و سنت او تأثیر زیادی در فرهنگ اسلامی گذاشته‌است. بسیاری از آداب مذهبی مانند نماز روزانه، روزه، حج سالیانه در سنت یافت می‌شود ولی در ظاهر قرآن یافت نمی‌شوند.
همسران و فرزندان
همسران
زندگی محمد معمولاً به دو دوره تقسیم می‌شود: قبل از هجرت در مکه، و پس از هجرت. گفته می‌شود محمد سیزده زن یا کنیز داشته‌است (نسبت به وضعیت برخی به عنوان زن یا کنیز توافق وجود ندارد) در هنگام درگذشت محمد، نه نفر از همسرانش در قید حیات بودند. ازدواج‌های محمد با اهداف گوناگونی انجام می‌شد: بعضی تصمیم شخصی، بعضی به دلیل بیوه‌بودن زن، و بعضی به دلایل سیاسی، مانند ایجاد و یا حفظ اتحاد قبیله‌ها.
یکی از اشکال‌هایی که در غرب به پیامبر اسلام گرفته می‌شد تعدد زوجات او بوده‌است که آن را ناشی از شهوت‌پرستی می‌دانستند که از پیامبر الهی به دور است. مسلمانان با نگرشی تاریخی و عقلانی، تمام ازدواج‌های او را در آن فضای تاریخی ارزیابی و توجیه می‌کنند. به گفتهٔ برخی منابع، در فرهنگ عربستان دوران محمد، ازدواج فقط یک تصمیم شخصی برای اهداف شخصی نبود، بلکه عموماً وابسته به نیازهای درون قبیله‌ای یا بین قبیله‌ای جهت تشکیل متحدین بود. به عقیده جان اسپوزیتو، ازدواج مجدد برای بیوه‌ها در فرهنگ عرب که بر روی باکره‌بودن دختر تأکید می‌کرد، مشکل بود.
در سن ۲۵ سالگی محمد با خدیجه که سنی بین ۴۰ تا ۴۵ سال داشت، ازدواج کرد. این ازدواج، زندگی مشترک موفقی بود که ۲۵ سال دوام یافت. محمّد از طرق مختلف بر خدیجه تکیه می‌کرد و تا زمانی که او زنده بود، همسر دیگری اختیار نکرد.
خدیجه در ۶۵ سالگی درگذشت. چندی پس از مرگ خدیجه خوله بنت حکیم به محمد پیشنهادکرد که با سوده و یا با عایشه ازدواج کند. گفته شده که محمد از خوله خواست که مقدمات ازدواج او با هر دو را فراهم کند. عایشه که در آن زمان در نامزدی پسری از مشرکان به نام جبیر بن مطعم بود، اما ابوبکر نامزدی او را به هم زد تا با محمد ازدواج کند. گرچه برخی منابع اولیه عایشه را هنگام ازدواج با محمد کودک ذکرکرده‌اند، اما بررسی‌های تاریخی امروزی با این روایات ناسازگار است، و در بررسی منابع معتبر، عایشه هنگام ازدواج زنی جوان در حدود ۲۰ سالگی بوده‌است. سوده نیز بیوه‌ای ۳۵ ساله بود.
حفصه دختر عمر بن خطاب بود که شوهر اولش در جنگ بدر کشته شد. پس از بیوه‌شدن حفصهٔ ۲۰ ساله که ۳۵ سال از محمد کوچک‌تر بود، محمد وی را به عقد خود در آورد.
زینب بنت خزیمه (ام‌المساکین) بیوه عبیده بود و کمی پس از ازدواج با محمد در ۳۱ سالگی درگذشت.
ام سلمه بیوه ابوسلمه بود.
زینب بنت جحش زن طلاق‌گرفتهٔ زید (فرزندخواندهٔ محمد) بود.
جویریه دختر رئیس قبیله بنی‌مصطلق بود.
ام حبیبه بیوه عبید و دختر ابوسفیان (رهبر اهالی مکه و مخالف پیامبر) بود و از طریق شخص سومی با محمد ازدواج کرد.
صفیه از اسیران یهودی در جنگ خیبر بود که شوهرش پس از جنگ خیبر اعدام شده بود. ازدواج صفیه با محمد به زودی — یا در خیبر و یا در مسیر بازگشت به مدینه — صورت پذیرفت.
میمونه نیز بیوه بود و در ۵۱ سالگی با محمد ازدواج کرد.
ماریه را فرمانروای مصر به محمد هدیه داده بود و کنیز محمد بود.
ریحانه بانوی یهودی اسیرشده‌ای از قبیله بنی‌قریظه بود که سیره‌نویسان در مورد همسر یا کنیز بودنش اختلاف نظر دارند. ریحانه که سهم محمد از غنائم بنی‌قریظه بود هنگامی که به نکاح یا کنیزی محمد (۵۸ ساله) در آمد ۲۰ سال می‌داشت.
فرزندان
خدیجه چهار دختر (ام کلثوم، رقیه، زینب، فاطمه) و دو یا سه پسر (قاسم، عبدالله یا طاهر) برای محمد آورد که دو پسر او در کودکی درگذشتند. دو دختر اول با عثمان و فاطمه با علی ازدواج کردند. ام‌کلثوم و رقیه پیش از محمد درگذشتند. ماریه نیز پسری به نام ابراهیم آورد که در دو سالگی درگذشت.
دامادها
عتبه و عتیبه فرزندان ابولهب، عثمان بن عفان، علی ابن ابیطالب و ابوالعاص بن ربیع، دامادهای پیامبر اسلام بوده‌اند.
دیدگاه‌ها
در فرهنگ اسلامی
برخلاف ادیان مسیحیت و بودایی، که عمده هنرهای مذهبی آنان شمایلی است، هنرهای اسلامی به طور اکید، غیر شمایلی بوده و مسلمانان از به تصویر کشیدن خداوند و محمد، منع شده‌اند. اما این بدان معنا نیست که محمد در هنرهای اسلامی به اشکال دیگری حضور ندارد، اسامی او، به خصوص نام «محمد»، به صورت خوشنویسی در همه‌جای دنیای اسلام و به‌خصوص در مساجد باشکوه امپراتوری عثمانی، به‌چشم می‌خورد. همچنین مینیاتورهای پارسی، ترکی و مغولی بسیاری با سبکهای خاص، وجود دارد که پیکر محمد در آنها ترسیم گشته اما صورت او اغلب مخفی یا محو و در هاله‌ای از نور ترسیم گردیده‌است.
به صورت تاریخی میان مسلمانان اختلاف نظر در مورد انجام گناه کبیره یا صغیره توسط محمد، ماهیت آن در صورت پذیرش خطاپذیری، در دوران قبل و یا بعد از تبلیغش وجود داشته‌است. به عنوان مثال حنبلیها معتقد بوده‌اند که محمد تنها عصمت در انتقال وحی داشته ولی خود از گناه مصون نبوده‌است. متکلمان شیعه هشام بن حکم، شیخ صدوق، شیخ مفید، سید مرتضی نظرات مختلفی درباره جزئیات عصمت پیامبران داشته‌اند (عصمت در تشیع را ببینید). دیدگاه رسمی شیعیان امروزی دیدگاه سید مرتضی است. پال والکر، مورخ غربی، معتقد است که «قرائت لفظی» از متن قرآن (مثلاً فتح ۲) و احادیث آزادانه به محمد گناه و خطا نسبت میدهد و همچنین معتقد است که مسلمانان اولیه نیز ظاهراً چنین برداشتی داشته‌اند. والکر معتقد است که دیدگاه خطاناپذیر بودن از محمد ابتدا توسط شیعیان به محمد منتسب شده‌است.
در دین اسلام
محمد در باورهای اسلامی مقدس‌ترین و واجب‌الاحترام‌ترین شخصیت در تاریخ اسلام به شمار می‌رود.
در سایر ادیان
محمد در نزد بهائیان یکی از پیامبران خدا، در نزد گورو نانک (بنیانگذار آئین سیک) نماینده برهمن (خدای برتر هندوها)، و نزد مورمون‌ها دریافت کننده نور خدا و حقایق اخلاقی می‌باشد.
به نوشته محمود طالقانی، روحانی شیعه، مسلمانان معتقد به ذکر نام و مشخصات محمد پیامبر اسلام در کتاب‌های پیش از خود هستند در حالی که یهودیان و مسیحیان چنین موضوعی را نمی‌پذیرند. همچنین وی سبب هجرت اقوامی از یهود را به سرزمین حجاز و سکونت در دهکدهٔ گمنام و بی‌نشان یثرب (مدینه کنونی)، همین پیش‌بینی‌ها و پیش‌گویی‌ها میداند. او قرآن بقره ۸۹ را درباره امید و انتظار اولیه و سپس کفر اهل کتاب به محمد و دین جدید وی دانسته‌است.
در فرهنگ غرب
در قرون وسطی، محمد در تصور عمومی غربیان بت یا خدایی پنداشته می‌شد که توسط مسلمانان پرستیده می‌شود. پس از اصلاحات پروتستانی تصور غرب از محمد تغییر کرد، و در نگاه عمومی آنان به شخص متقلب، مکار و خودخواهی تبدیل شد. نوشته‌های غربی از قرن ۱۸ به بعد تحلیل‌های تاریخی‌تری از محمد ارائه می‌کردند که عموماً ادعای پیامبری او را رد می‌کرد. این نوشته‌ها آغشته به فلسفه غربی و تأثیر پذیرفته از الهیاتی بود که نویسندگان این اثرها به آنها اعتقاد داشتند. بسیاری از این مطالعات بر پایه تحقیقات تاریخی زیادی بنا می‌شدند و توجه بیشتری به عوامل انسانی، تاریخی، اقتصادی و سیاسی در مقایسه با عوامل مذهبی، الهی یا روحانی داشتند. تنها در نیمه دوم قرن بیستم میلادی، نویسندگان غربی آگاهی بیشتری از اهمیت واقعیت‌های مذهبی و روحی که در زندگی بنیان‌گذاران مذاهب عمدهٔ دنیا وجود دارد به دست آوردند و موفق به ترکیب پژوهش دقیق (آنگونه که در غرب فهمیده می‌شود) به همراه یکدلی با موضوعی که آن را بررسی می‌کنند شدند. به گفتهٔ ویلیام مونتگمری وات و ریچارد بل، نویسنده‌های معاصر عموماً این نظر را که محمد عمداً پیروانش را فریب داده‌است رد می‌کنند و معتقد به صداقت کامل و حسن نیت او هستند. در نظر مونتگمری وات صداقت کامل البته لزوماً درستی را ایجاب نمی‌کند: «محمد ممکن است آنچه در ضمیر ناخودآگاهش بوده‌است را با وحی الهی اشتباه گرفته باشد». به گفتهٔ آلفورد ولش دلیل تأثیر زیاد محمد و موفقیت او اعتقاد خدشه‌ناپذیر او به مأموریتش بود. به باور ویلیام مونتگمری وات تحمل مشقت‌ها جهت رسیدن به هدفش، زمانی که هیچ توجیه عقلانی برای امیدواری وجود نداشت، صداقت محمد را نشان میدهد و فرض عدم صداقت محمد درک ظهور و توسعه اسلام را ناممکن می‌سازد.
نقد
از زمان اعلام پیامبری محمد تا امروز، وی در معرض انواع نقد در موضوعات گوناگون بوده‌است.
برخی از مسائل امروزین
مسلمانان دنیا، همواره در گفتار و نوشتار با القاب و احترام از محمد یاد می‌کنند و مخالف نمایاندن هرگونه تصویر مشخصی از چهرهٔ محمد هستند تا مبادا آن تصویر، موجب توهین و بی‌احترامی گردد. موج جدیدی از اعتراضات عمومی مسلمانان و واکنش‌های رسمی دولت‌های اسلامی، با چاپ کاریکارتورهایی از محمد در غرب آغاز گردید. خاورشناس آرتور جفری طی مقاله‌ای به این نکته اشاره میکند که متداول‌ترین رنجشی که مسیحیان — بیشتر نابخردانه — در دل مسلمانان نشانده‌اند از آن ناشی می‌شود که آنان از درک حرمت بسیار والایی که مسلمانان برای پیامبر خود قائلند، مطلقاً ناتوانند. آنه‌ماری شیمل همچنین در مقدمه کتاب خود دلیل حذف تصاویر نسخه انگلیسی نسبت به نسخه آلمانی کتاب خود را چنین شرح میدهد: «با آنکه آن تصاویر مربوط به آثار دوره میانه اسلام است، اما نمایاندن شمایل پیامبر، خاطر مسلمانان روزگار ما را رنجه می‌نماید، مگر آنکه به توصیف لفظی باشد.»
در سال ۲۰۰۵ چاپ کاریکاتورهای محمد در روزنامه غیر دولتی یولاندز پستن، که در واقع سه عدد از این کاریکاتورها در دانمارک چاپ نشده بودند، واکنش‌های تندی را در میان مسلمانان به دنبال داشت. تظاهرکنندگان در هندوستان و پاکستان پرچم دانمارک را به آتش کشیدند، چندین کلیسای مسیحیان را آتش زدند، در خیابان‌ها با قمه تعدادی از مسیحیان را مورد حمله قرار دادند و یک مسیحی را داخل تیوپ لاستیکی پر از نفت قرار داده و به آتش کشیدند. در پی این اقدامات از دولت دانمارک خواسته شد که بابت چاپ کاریکاتورها در روزنامه یولاندز پوستن عذرخواهی کند اما دولت دانمارک با اشاره به اصل آزادی بیان در دانمارک حاضر به عذرخواهی نشد. در آمریکا، نروژ، آلمان و فرانسه به نشان همبستگی با ییلاندز-پُستن کاریکاتورها را چاپ کردند. در پی آن سفارت خانه‌های دانمارک مورد حمله قرار گرفتند، کالاهای دانمارکی تحریم شدند و در پی به آتش کشیدن کنسولگری ایتالیا در بنغاری ۹ نفر کشته شدند.
علی بن ابیطالب
علی بن ابیطالب (به عربی: علي بن أبي طالب؛ ۱۳ رجب ۳۰ عام‌الفیل – ۲۱ رمضان ۴۰ هجری) امام اول تمامی شاخه‌های مذهب شیعه، خلیفهٔ چهارم از خلفای راشدین اهل سنت، و پسرعمو و داماد محمد، پیامبر اسلام، است. پدرش ابوطالب و مادرش فاطمه بنت اسد است و او همسر فاطمهٔ زهرا و پدر حسن، حسین، و زینب است. وی از سال ۳۵ تا ۴۰ هجری کمتر از پنج سال به عنوان خلیفه بر خلافت اسلامی جز شام حکومت کرد. او در میان طیف وسیعی از مسلمانان از جایگاه برجسته‌ای برخوردار است به دلیل آنکه اهل سنت او را جزء خلفای راشدین و از صحابهٔ نزدیک پیامبر اسلام می‌دانند و تمامی شاخه‌های مذهب شیعه او را امام می‌دانند.
در کودکی به دلیل بدهکارشدن پدرش، محمد سرپرستی او را بر عهده گرفت. پس از دعوت محمد، علی در سن حدوداً ۹ تا ۱۱ سالگی از اولین ایمان‌آوردندگان به اسلام گشت؛ دعوت او را در یوم الدار قبول کرد و محمد او را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید. گفته می‌شود در شب لیلة المبیت به هجرت محمد کمک کرد و محمد پس از مهاجرت به مدینه و ایجاد پیمان برادری بین مسلمانان، او را به عنوان برادر خویش انتخاب کرد او در مدینه در اغلب جنگ‌ها پرچم‌دار سپاه اسلام بود و به دلاوری مشهور گشت.
مسئلهٔ حق وی در خلافت پس از محمد منجر به شکاف اصلی میان مسلمانان و تقسیم آنان به دو گروه شیعه و سنی شد. محمد در بازگشت از حجةالوداع در غدیر خم جملهٔ «هر که من ولی او هستم، این علی ولی او است» را به زبان آورد؛ اما مقصود این عبارت مورد اختلاف شیعه و سنی قرار گرفت. شیعیان بر این اساس معتقد به نصب امامت و خلافت در خصوص علی شدند و اهل سنت آن را به معنای دوستی و محبت علی تفسیر می‌کنند. پس از مرگ محمد، زمانی که علی مشغول کفن و دفن وی بود، جمعی از مسلمانان در سقیفهٔ بنی‌ساعده گرد هم آمدند و بعد از مشورت با یکدیگر دربارهٔ انتخاب جانشین او، سرانجام با ابوبکر به عنوان خلیفه بیعت کردند. علی بن ابیطالب در ابتدا از بیعت با ابوبکر سرباز زد؛ ولی سرانجام پس از شش ماه با ابوبکر بیعت کرد. علی در دوران خلافت سه خلیفهٔ اول در جنگ‌ها شرکت نکرد و جز در مورد انتخاب خلیفهٔ سوم فعالیت سیاسی نداشت. البته هر گاه خلفای سه‌گانه می‌خواستند، در امور دینی، قضایی، و سیاسی به آنها مشورت می‌داد.
پس از کشته‌شدن عثمان، او به عنوان چهارمین خلیفهٔ مسلمانان برگزیده شد. دوران خلافت وی با جنگ‌های داخلی میان مسلمانان و شورش‌هایی نظیر شورش ایرانیان همزمان بود. علی با دو نیروی مخالف مجزا مواجه شد: گروهی به رهبری عایشه، طلحه، و زبیر در مکه که خواهان برگزاری شورا برای تعیین خلافت بودند و گروهی دیگر به رهبری معاویه در شام که انتقام خون عثمان را خواستار بودند. چهار ماه پس از خلافت، علی در جمل گروه اول را شکست داد اما سرانجام جنگ صفین با معاویه بی‌نتیجه بود و به حکمیت بر ضد علی تمام شد. سپس در سال ۳۸ هجری با خوارج که از قبول حکمیت توسط علی ناراضی بودند، در نهروان جنگید و آنان را شکست داد. او سرانجام در مسجد کوفه به ضرب شمشیر یکی از خوارج به نام ابن ملجم مرادی کشته شد، در خارج شهر کوفه دفن شد، و بعدها حرم او و شهر نجف پیرامون مدفن او ساخته شدند.
علی‌رغم تأثیر اختلاف‌های مذهبی در تاریخ‌نگاری مسلمانان، منابع توافق دارند که علی شخصیتی عمیقاً مذهبی و سرسپرده به اسلام و حکومت عادلانه مطابق با قرآن و سنت بود. وی سخت‌گیرانه وظایف مذهبی را مراعات می‌کرد و از متاع دنیوی دوری می‌جست. برخی نویسندگان وی را فاقد مهارت و انعطاف‌پذیری سیاسی می‌دانند. به نوشتهٔ مادلونگ خودداری او از مشارکت در بازی جدید فریبکاری سیاسی و فرصت‌طلبی هوشمندانه که در زمان خلافت وی در دولت اسلامی ریشه دوانده بود، هرچند وی را از کامیابی در زندگی محروم ساخت، اما سبب شد در نظر ستایشگرانش به عنوان نمونه‌ای از تقوای اسلام نخستین و فاسدنشده و همچنین فتوت عربی پیش از اسلام جلوه‌گر شود. تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده‌است و نویسندگان عرب‌زبان به فصاحت بی‌نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. چندین کتاب به احادیث، خطبه‌ها، و دعاهای روایت‌شده از وی اختصاص یافته‌است که معروف‌ترین آن نهج البلاغه می‌باشد. همچنین اشعار و نوشته‌های متعدد به زبان‌های مختلف در مدح و بیان جایگاه علی بخشی از ادبیات و فرهنگ دینی ملل مسلمان را تشکیل میدهد.
تاریخ‌نگاری
دربارهٔ زندگانی علی گزارش‌های فراوانی در متون تاریخی آمده‌است؛ چنانکه مورخان اسلامی پس از محمد، بیشترین حجم مطلب را به زندگی او اختصاص داده‌اند. از این جهت که شخصیت علی برای مسلمانان (اعم از شیعه و سنی) دارای اهمیت مذهبی، سیاسی، فقهی و روحانی است، زندگی او به طرق مختلف تحلیل و تفسیر شده و اسناد تاریخی موجود نیز تحت تأثیر ملاحظات فرقه‌ای قرار گرفته‌است.
منابع تاریخی دست اول در خصوص زندگی علی قرآن، حدیث و همچنین نوشته‌های تاریخ‌نگاری اولیهٔ مسلمانان است. منابع دست دوم شامل کتاب‌های تاریخی نوشته‌شده توسط مسلمانان سنی و شیعه و نیز مسیحیان عرب و هندوهای ساکن در خاورمیانه و آسیا و شمار اندکی از تاریخ‌نگاران نوین غربی است. هرچند بسیاری از منابع اولیهٔ اسلامی تا حدی نسبت به علی رنگ تعصب — در برخی موارد مثبت و در برخی موارد منفی — به خود گرفته‌است
دانشمندان غربی پیشین، غالباً به روایات و گزارش‌های گرد آمده در دوره‌های بعد از اسلام متمایل بودند که شیعه و سنی با توجه به مواضع مذهبی‌شان بیشتر به روایت آنها علاقه داشته‌اند. برخی محققان بر این باورند که این روایات ساختگی هستند. این دیدگاه سبب شده که بسیاری از روایات قطعی نیز به علت متواتر بودنشان در دوره‌های بعد از اسلام، جعلی تلقی شوند. لئون کائتانی گزارش‌های تاریخی منسوب به ابن‌عباس و عایشه را عمدتاً ساختگی می‌پندارد؛ در حالی که روایات بدون سند گزارش‌شده توسط تاریخ‌نویسان اولیه مانند ابن اسحاق را معتبر میداند. ویلفرد مادلونگ این دیدگاه را که تنها روایت‌شدن در «منابع اولیه» را ملاک درستی روایات بدانیم و بخش اعظمی از روایات را به بهانهٔ اینکه بعدها توسط شیعه و سنی نقل شده‌اند جعلی تلقی کنیم، رد کرده‌است. به گفتهٔ وی، این دیدگاه کائتانی بی‌اساس است. مادلونگ و برخی از مورخان، روایات نقل‌شده در دوره‌های بعد را به خودی خود رد نمی‌کنند؛ بلکه ملاک آنها برای درستی این روایات، سازگار بودن آنها با دیگر حوادث روایت شده‌است.
هنگامی که کتابت بین مسلمانان رواج یافت، جزوه و مقالات متعددی بین سال‌های ۷۵۰ و ۹۵۰ میلادی نوشته شد. به گفتهٔ رابینسون، حداقل ۲۱ گزارش مجزا دربارهٔ نبرد صفین نوشته شده‌است. ابومخنف، یکی از مورخان مشهور این دوره بود که سعی کرد تمام روایات شفاهی را جمع‌آوری کند. مورخان قرن ۹ و ۱۰ میلادی روایات در دسترس را جمع‌آوری، انتخاب و مرتب کردند. با این حال، بسیاری از این کتاب‌ها و مقالات امروز در دست نیست؛ به جز مواردی که بعداً در آثاری مانند تاریخ الرسل و الملوک محمد بن جریر طبری مورد استفاده قرار گرفته‌اند.
نام‌ها و عناوین
نام‌ها و عناوین مختلفی در سنت اسلامی به علی نسبت داده شده‌است که برخی از آنها بیانگر ویژگی‌های شخصی او و برخی مشتق‌شده از قسمت‌های خاصی از زندگی اوست. برخی از این عناوین عبارت‌اند از: ابوالحسن، ابوتراب، مرتضی، اسدالله (شیر خدا)، حیدر (شیر) و به طور خاص در میان شیعه: امیرالمؤمنین و مولی‌المتقین. به عنوان مثال، لقب ابوتراب لحظه‌ای را به یاد می‌آورد که محمد وارد مسجدی شد و دید علی در آنجا که پر از خاک است، خوابیده‌است و محمد به وی گفت ای ابوتراب، برخیز. لئورا وچا ولیری در باب لقب ابوتراب بر این باور است که احتمالاً توسط دشمنان علی به وی داده شده و روایاتی ساختگی در سده‌های بعد به وجود آمده‌است که به این لقب جلوهٔ افتخارآمیز داده شود. شیعیان دوازده‌امامی لقب امیرالمؤمنین را منحصر به علی می‌دانند. و با توجه به احادیثی، این لقب را اعطاشده از طرف خداوند به علی می‌دانند که بنابر برخی گزارش‌های تاریخی شیعی توسط پیامبر اسلام به او در غدیر خم ابلاغ‌شده و از همگان خواسته‌شده تا با لقب امیرالمومنین بر او سلام گویند.
تولد و دودمان
بر طبق منابع تاریخی قدیمی‌تر، علی در روز سیزدهم رجب و حدود سال ۶۰۰ میلادی در مکه متولد شد. پدر وی ابوطالب، رئیس قبیله بنی هاشم، و مادرش فاطمه بنت اسد است. منابع زیادی خصوصاً منابع شیعه نوشته‌اند که وی تنها کسی است که در خانهٔ کعبه به دنیا آمد. علی از طرف پدر و مادر با محمد خویشاوند است. وقتی پدر محمد درگذشت، ابوطالب که عموی محمد بود، قیم وی شد. وقتی که مادر محمد درگذشت، فاطمه بنت اسد نقش مادر را برایش داشت. روبرت گلیو مینویسد مسلمان بودن یا نبودن ابوطالب مورد بحث و مناقشه است و وی نمونهٔ خوبی در بحث‌های دین‌شناسی پیرامون وضعیت افراد پرهیزگار درگذشته قبل از رسالت محمد است. فاطمه بنت اسد آشکارا اسلام آورد و مورد توجه محمد بود و گفته می‌شود اولین کسی است که ولایت علی را به رسمیت شناخت.
حیات محمد
در مکه
کودکی
زمانی که علی ۶ ساله بود، پدرش، ابوطالب که ریاست بنی‌هاشم را بر عهده داشت، دچار مشکل مالی گردید. محمد که خود در کودکی تحت سرپرستی ابوطالب قرار گرفته بود و در این زمان سنش از ۳۰ سال گذشته بود، برای سبک‌کردن بار عائلهٔ وی به او پیشنهاد کرد که سرپرستی علی را او بر عهده بگیرد. ابوطالب پذیرفت و علی از کودکی در خانهٔ محمد، تحت نظر او قرار گرفت.
اسلام‌آوردن
هنگامی که محمد اعلام دریافت وحی الهی نمود، علی که در آن زمان ۱۰ ساله بود به او ایمان آورد و مسلمان شد.
به گفتهٔ مورخانی چون ابن اسحاق و ابن حزم و محققانی چون جان اسپوزیتو علی اولین مردی بود که اسلام آورد. دانشنامهٔ بریتانیک و جان اسپوزیتو، علی را دومین فرد مسلمان بعد از خدیجه می‌دانند. طبری روایت‌های مختلفی را که هر کدام علی، ابوبکر و زید پسر حارثه را اولین فرد مذکر اسلام‌آورنده معرفی می‌کنند نقل میکند و تصمیم نهایی در مورد هویت اولین فرد را به خواننده وا می‌گذارد. طبق برخی منابع (ابن سعد، طبقات الکبری؛ طبری، تاریخ الرسل و الملوک) ابوبکر اولین مردی بود که مسلمان شد. این در حالی است که همین ادعا برای علی و زید بن حارثه هم وجود دارد.
به گفتهٔ لئورا وچا ولیری علی جزء اولین ایمان‌آورندگان بود، چه نفر دوم (پس از خدیجه) چه نفر سوم (پس از خدیجه و ابوبکر) که مورد جدال شیعه و سنی است.
از اسلام‌آوردن تا هجرت
دعوت محمد به اسلام در مکه ۱۳ سال به طول انجامید که از این ۱۳ سال، ۳ سال به طور مخفیانه بود. در پایان این ۳ سال و در ابتدای دعوت علنی، محمد ۴۰ تن از خویشان و بستگان خود از بنی‌هاشم را به میهمانی دعوت کرد. مطابق با روایت تاریخ طبری، ابن اثیر و ابوالفداء، محمد در این میهمانی از خویشانش پرسید چه کسی حاضر است او را در این کار یاری کند و اعلام کرد هر کس او را یاری کند، برادر، وصی و جانشین او خواهد بود. اما هیچ‌یک از بستگانش پاسخ مثبت نداد مگر علی. پیامبر در پاسخ به علی سکوت کرد و برای بار دوم و سوم این درخواست را تکرار نمود که باز تنها علی پاسخ مثبت داد. پس از بار سوم، پیامبر علی را برادر، وصی و جانشین خود خواند در حالی که در آن زمان، علی نوجوانی ۱۳ یا ۱۴ ساله بیش نبود و این کار پیامبر باعث تمسخر او در میان خویشاوندانش و طعنه به ابیطالب، پدر علی، شد که در آن مجلس حضور داشت. بدین ترتیب، پیامبر وی را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید. محمدحسین طباطبایی در تفسیر المیزان در خصوص شأن نزول آیهٔ انذار (آیهٔ ۲۱۴ سورهٔ شعراء) احادیث مرتبط با این واقعه را بیان کرده‌است.
در این دوران (۶۱۰ تا ۶۲۲ میلادی) که محمد نخستین وحی‌های خود را دریافت می‌کرد، علی به همراه زید بن حارثه، پسرخواندهٔ محمد؛ ابوبکر، از بزرگان قبیله قریش؛ و خدیجه از یاران وفادار محمد بودند. او کمک کرد که هستهٔ اولین جامعهٔ اسلامی شکل بگیرد. در این سال‌ها، وی بیشتر وقت خود را صرف تأمین مایحتاج مؤمنان در مکه به‌خصوص فقرایشان از طریق تقسیم دارایی خود میانشان و کمک در امور روزمرهٔ آنها می‌کرد.
مهاجرت به مدینه
منابع شیعی و سنی تصدیق می‌کنند که حوادث رخ‌داده در سال ۶۲۲ میلادی، مهمترین بخش از زندگی محمد را تشکیل میدهد. محمد که می‌دانست دشمنانش در حال کشیدن نقشه برای قتل وی بودند، از علی خواست که به جای وی در بسترش بخوابد. شبی که محمد از مکه به مدینه هجرت کرد، علی جان خود را به خطر انداخت و در بستر محمد خوابید.محمد به همراه ابوبکر مخفیانه مکه را ترک کرد و چندین روز بعد به یثرب، که زین پس مدینه نامیده شد، رسید و این هجرت، مبدأ تقویم هجری گردید. وقتی دشمنان با خنجرهای آخته وارد خانهٔ محمد شدند، از دیدن علی بسیار شگفت‌زده شدند و به وی آسیبی نرساندند. بنا بر تفسیر سید محمدحسین طباطبایی در المیزان، آیهٔ ۲۰۷ سورهٔ بقره به این امر اشاره دارد: «از مردم کسانی هستند که جان خود را در راه جلب رضایت خداوند تقدیم می‌دارند و خداوند به بندگان خود رئوف است». علی در انتظار فرمان جدید، چند روز دیگر در کنار خانوادهٔ محمد ماند. محمد از علی خواست که اموالی را که قبلاً مردم به وی به امانت داده بودند به صاحبانش باز گرداند و علی این کار را انجام داد. پس از انجام این کار، علی مکه را به مقصد مدینه ترک کرد. به دستور محمد، علی به قبا در حومهٔ شهر مدینه رفت. طبق برخی منابع، علی یکی از اولین کسانی از مهاجرین بود که به مدینه رفت. در این زمان وی ۲۲ یا ۲۳ سال داشت.
در مدینه
ازدواج با فاطمه
مدت کمی پس از رفتن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش، فاطمهٔ زهرا، را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد. ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است. زیرا به عنوان ازدواجی میان مهمترین شخصیت‌های مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریباً هر روز به دیدار دخترش می‌رفت، با این ازدواج به علی نزدیک‌تر شد و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از مرگ فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد. خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیهٔ تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است.
مأموریت‌های مهم
علی در این دوران از سوی محمد، چندین مأموریت مهم را عهده‌دار شد. محمد وی را به عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب کرد. نقش علی در تدوین نسخهٔ مکتوب قرآن، یکی از مهمترین مشارکت‌های وی در اسلام محسوب می‌گردد. پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به عنوان برادر خویش برگزید. علی در سال ۹ هجری، نویسندهٔ متن صلح حدیبیه بود. در سال ۶۳۰ میلادی، سال قبل از فتح مکه، هنگامی که ابوبکر حج را رهبری می‌کرد، محمد سورهٔ «برائت از مشرکان (توبه)» ر توسط علی به مکیان ابلاغ کرد. یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد. علی کسی بود که برای شکستن بت‌های درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد. همچنین علی مأموریت یافت تا کشمکش‌ها را حل و فصل و شورش‌های قبائل گوناگون را سرکوب کند.
در جنگ‌ها
علی به جز جنگ تبوک در تمام غزوه‌ها شرکت داشت. او معمولاً علم‌دار سپاه محمد بود و در دو غزوه (خیبر در سال ششم هجری و یمان به سال ده هجری) فرمانده سپاه اسلام بود. شجاعت علی در سفرهای نظامی به افسانه مبدل گشت. وی به همراه حمزه، ابودجانه و زبیر به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال ۵ هجری، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیلهٔ بنی‌قریظه نظارت نمود. او قاطعانه در جنگ‌های احد مصادف با ۶۲۵ میلادی و حنین مصادف با ۶۳۰ میلادی از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر را به شجاعت وی نسبت می‌دهند. علی در آهنین و سنگین خیبر را به عنوان سپر خود به کار برد، طبق روایتی، جبرئیل به رزم علی و شمشیرش ذوالفقار که از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت «جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد». علی با جنگجوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی‌طلحه جنگید. طلحه مدام رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید شکست میدهد. وقتی طلحه از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولاً با کلمات دیگری همراه می‌شود، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.
فتح مکه
در سال ۶۳۰ میلادی مردم مکه تسلیم شدند و محمد مکه را فتح کرد. وی از علی خواست تا ضمانت کند که این پیروزی بدون خون‌ریزی خواهد بود چرا که محمد مسلمانان فاتح را از انتقام‌گیری از مکیان مغلوب منع کرده بود. محمد به وی دستور داد تا کعبه را بت‌های دوران جاهلیت پاک کند.
غدیر خم
هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ۶۳۲ میلادی باز می‌گشت، خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد (کلمهٔ مولا مرتبط است با ولایت (به کسر واو) یا وَلایت (به فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبهٔ معنوی و قدرت معنی میدهد) باید او را نیز به عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. در مقابل اهل سنت این بیان را تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و نیز اظهار خواسته‌اش که علی به عنوان پسرعمو و فرزندخوانده‌اش جانشین او در مسئولیت‌های خانوادگی‌اش پس از مرگ شود.
به گفتهٔ دکاکه در دانشنامهٔ ایرانیکا، اولین منبع تاریخی که به غدیر خم اشاره میکند یعقوبی، مورخ شیعه در نیمهٔ دوم قرن سوم هجری، است و اولین آثار ادبی قابل تاریخ‌گذاری بجامانده، مجموعهٔ اشعاری از نویسندگان شیعه در قرن دوم هجری است. نکتهٔ قابل توجه این است که در میان دلایلی که علی در کتاب نهج البلاغه برای بر حق بودنش ذکر میکند، اشاره‌ای به غدیر خم نیست. اما چنین به نظر می‌رسد که از حدود قرن دوم هجری حدیث غدیر خم به عنوان یکی از دلایل مهم برای اثبات بر حق بودن علی بر جانشینی محمد به کار رفته‌است. بنا بر پژوهش دکاکه، حدیث غدیر خم در برخی از منابع شیعه و برخی از منابع سنی آمده اما نقل یا عدم نقل آن بر مبنای دسته‌بندی مذهبی نبوده‌است. طبق بررسی وی این حدیث از سدهٔ نخست در میان مسلمانان مطرح بوده اما در زمان سه خلیفهٔ نخست در اختلافات مذهبی و یا سیاسی میان هواداران و مخالفان علی به آن چندان استناد نمی‌شده‌است. در زمان جنگ‌های میان مسلمانان در دوران خلافت علی، این حدیث دارای اهمیت مذهبی به خصوص در رابطه با موضوع ولایت شد و حامیان علی در تثبیت مشروعیت وی به آن استناد کردند. به گفتهٔ مادلونگ در همین دوران، علی در کوفه با استناد به این واقعه بر برتری جایگاه خود بر خلفای پیشین تأکید کرد. این حدیث در برخی منابع تاریخی اهل سنت نظیر سیرهٔ ابن هشام، تاریخ طبری و طبقات ابن سعد نیامده، اما در انساب الاشراف بلاذری ذکر شده‌است. بیشترین نقل این روایت به مسند احمد بن حنبل مربوط می‌شود. از مورخان و محدثان متأخر اهل سنت، ابن عساکر و ابن کثیر حدیث را نقل کرده‌اند. از منابع شیعهٔ دورهٔ امویان، هاشمیات کمیت بن زید اسدی و کتاب سلیم بن قیس هلالی حدیث را آورده‌اند. حال آنکه در منابع حدیثی شیعه که از قرن سوم به بعد گردآوری شده‌اند نظیر اصول کافی چندان به آن پرداخته نشده‌است و صرفاً برای تثبیت نظریهٔ شیعی نصب امام توسط نص آن را ذکر کرده‌اند. همچنین منابع تاریخی مایل به شیعه در سده‌های نخست چندان به غدیر نپرداخته‌اند. مسعودی در مروج الذهب اصلاً آن را ذکر نکرده و یعقوبی فقط گزارش مختصری از آن آورده‌است. بنا بر تحلیل دکاکه این واقعه بیشتر در آن دسته از منابع تاریخی آمده‌است که مربوط به دورهٔ امویان می‌شود و یا بر منابع این دوره اتکا دارد و در دوره عباسیان از توجه به آن کاسته شده‌است.
از مرگ محمد تا خلافت
جانشینی محمد
پس از مرگ محمد، در حالی که علی، عباس و دو پسرش، فضل و قثم، و دو بردهٔ آزادشدهٔ پیامبر، زید و شغران، به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابهٔ محمد، مشغول خاکسپاری‌اش بودند، گروهی از صحابه در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجهٔ این بحث و جدل‌ها، انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد بود. انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نامهای ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آنها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آنها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد.
هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سر باز زد. دانشنامهٔ بریتانیکا مینویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام‌شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد. دانشنامهٔ ایرانیکا مینویسد که علی و بنی‌هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
به گفتهٔ مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، و نیز به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، شخصاً به‌شدت معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشی‌هایی که توسط ابوبکر و عمر پایه‌ریزی شده بود، از دیدگاه علی بی‌مورد تلقی می‌شد. او به ابوبکر گفته بود که علت تأخیر در بیعت وفاداریش با ابوبکر به عنوان خلیفهٔ مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بوده‌است. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت می‌کرد نیز ترک نکرد. او که معتقد بود جانشین بر حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد همه از او روی گردانده‌اند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعهٔ مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا می‌کردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمی‌دانست، بلکه آن را «وظیفهٔ» خود قلمداد می‌کرد. هر چند عباس، عموی محمد، و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعهٔ اسلامی را در کنترل خاندان بنی‌هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد. اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعداً در نامه به معاویه نوشت که علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده‌است.
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموماً یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفته‌اند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شده‌اند. یکی از مورخانی که از این سنت رایج جدا شده‌است ویلفرد مادلونگ می‌باشد. ویلفرد مادلونگ در دانشنامهٔ اسلام اصلی‌ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی میداند زیرا به عقیدهٔ او علی خود را شایسته‌ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه می‌دانست و کل جامعهٔ مسلمانان را به دلیل روی گرداندن از خودش ملامت می‌کرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را می‌ستود و تخریب شخصیت آنها را نکوهش می‌کرد. مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم عربان آن زمان، خصوصاً رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصاً اهل بیت تأکید ورزیده‌است و اینکه انصار از خلیفه‌شدن علی حمایت می‌کردند، ابوبکر می‌دانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی می‌انجامد و به همین دلیل به شکل حساب‌شده‌ای جریان‌های سیاسی را برای خلیفه‌شدن خودش هدایت کرد. از طرف دیگر لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام این موضوع را که علی واقعاً امید داشت تا جانشین پیامبر شود، مورد تردید میداند زیرا اعراب طبق سنت، رئیس خود را از میان ریش‌سفیدان انتخاب می‌کردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. ولیری معتقد است که شیعیان با حدیث‌سازی یا تفسیر به مطلوب کلمات منتسب به محمد، بر این موضوع پای می‌فشارند که پیامبر قصد داشته تا علی را به عنوان جانشین خود برگزیند، حال آنکه جای هیچ شکی نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننمود.
ویلفرد مادلونگ مینویسد، علی نمی‌توانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه‌شدن بعد از عمر بوده باشد. زیرا قریش از جمع‌شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمی‌کردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت‌گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنی‌ساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشئت میگیرد. بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا می‌توانست باشد که توسط عمر پایه‌ریزی شده بود. ابن‌عباس روایت میکند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته‌ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابن‌عباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سؤال میکند، عمر در پاسخ به وی می‌گوید، اولی جوان بودن و دومی علاقهٔ زیاد علی به خاندان بنی‌هاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت به ناامیدی مبدل گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنی‌ساعده اشاره میکند. در این اشاره، عمر به عقیده‌اش دربارهٔ تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملاً، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح می‌نماید. بنابراین با این کار، خلافت نمی‌توانست در انحصار قبیله‌ای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.
خلافت ابوبکر
علی در این دوران زندگی منزویانه‌ای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیت‌های مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد. اولین قرآن جمع‌آوری‌شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده می‌شود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی می‌آمد. او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره می‌داد. علی در جنگ‌های رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام‌شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاست‌های خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاست‌های خلفای پیشین را می‌توان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاست‌های ابوبکر و عمر حدس زد.
خلافت عمر
دانشنامهٔ بریتانیکا مینویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش، ام کلثوم، را به ازدواج وی درآورد.
پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه را که جزء ارث فاطمه محسوب می‌شد، به پسران عباس بن عبدالمطلب بازگرداند که نمایندهٔ بنی‌هاشم بودند. ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقی ماند و به بنی‌هاشم عودت داده نشد.
به نوشتهٔ برخی مورخان مسلمان، علی از مشاوران عمر بود. مشاوره‌های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه‌اش بر قرآن و سنت بود. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را پذیرفته باشد یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی، یا سیاسی را قبول نکرد، به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ‌یک از جنگ‌های این دو خلیفه حضور نداشت.
کائتانی بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) تنها مجری توطئهٔ قتلی بوده‌است که از سوی اصحابی چون علی، طلحه، و زبیر طراحی شده بود و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه‌وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده‌است. دانشنامهٔ اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده‌اند که این دیدگاه کائتانی بی‌پایه و اساس است.
انتخاب خلیفهٔ سوم
در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخاب عثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو نامزد نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گشت. عثمان برادرزن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رأی او تکیه داشت. علی به اتکای قرابت خویشاوندی‌اش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، نامزدی خود را منفعلانه پیش می‌برد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو نامزد، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیلهٔ بنی‌امیه با وجود عثمان به عنوان نامزد خویشاوند، دیگر لزومی به حمایت از علی ندیدند که نسبت خویشاوندی دورتری به آنها داشت. قبیلهٔ بنی‌مخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنی‌مخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیله‌اش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیله‌اش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را می‌توان در خوشبینانه‌ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت می‌کرد. بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رأی به نفع عثمان داشت. او رأی خود را در مسجد و در ملأ عام و با حضور هر دو نامزد اعلام کرد. بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان جا بیعت خود با عثمان را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ مینویسد، گرچه ممکن بود عمر نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تأثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیلهٔ بنی‌هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پای‌مال‌شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشته‌است. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هر گونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی می‌نماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان نامزدهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رأیی قاطع جمع‌آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر می‌رسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین‌شدهٔ پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد، و روش خلفای پیشین را به علی عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنا بر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تأکید کرد؛ اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
خلافت عثمان
عثمان به بنی‌امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز می‌داد، به طوری که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابهٔ محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود، و عمار بن یاسر بدرفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سال‌های ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم عموزادهٔ عثمان به عنوان مشاور وی انتخاب شد، تسلط مروان بر وی باعث اعتراض بسیاری از صحابهٔ محمد به‌خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامهٔ بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی‌طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامهٔ اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بود. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که «حدود الهی» باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شرب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. در قضیهٔ تبعید ابوذر، با وجود ممنوعیت تعیین‌شده توسط عثمان، علی با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد. همچنین به نوشتهٔ پوناوالا در دانشنامهٔ ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی می‌دانست که عثمان جرئت نداشت که بر ضد وی عمل کند. در چند موقعیت، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً نسبت به ابوذر غفاری اظهار همدردی کرده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.
مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و به سوی مدینه رو آوردند. عثمان در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرد اما وقتی توسط پیک سریعی که عبدالله بن سعد فرستاده بود، از قصد شورشیان آگاه شد، چون نمی‌خواست که راه برای خشونت دیگر قشرها باز شود، تمایلی به پذیرش شورشیان نشان نداد. پس به دیدار علی رفت و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آنها را به بازگشت به شهر و دیارشان وادارد. عثمان ضمن اینکه خود را از این پس ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هر گونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این باره صحبت کرده بود، ولی عثمان ترجیح داده که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را رد کرد.
علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تأثیری بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و از جانب عثمان با مخالفانی که از دیگر استان‌ها به مدینه آمده بودند، مذاکره کرد که به نظر می‌رسد این امر سبب بروز بدگمانی بین علی و اقوام عثمان گشت. بعداً که شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش کرد تا از شدت حصر بکاهد. وقتی عثمان در معرض خطر حمله قرار گرفت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانهٔ وی روانه کرد. وقتی عثمان را شورشیان کشتند، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانهٔ عثمان مؤاخذه کرد.
خلافت
برگزیدگی به خلافت
پس از کشته‌شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه که به عنوان مشاورشان فعالیت می‌کرد و کلیدهای خزانه را در اختیار داشت، وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفت‌های علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. در این میان مالک اشتر که رهبر کوفیان بود، به نظر می‌رسد که نقش اصلی را در تأمین امنیت برای خلیفه‌شدن علی داشته‌است.
علی و پسرش، محمد حنفیه، در مسجد بودند که خبر کشته‌شدن عثمان به گوششان رسید. آنها سریعاً مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد حنفیه، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعداً گفت که هر گونه بیعت باید در ملأ عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آنها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. علی وقتی به کنار خانهٔ عمر بن محصن انصاری رسید، اولین بیعت‌ها را دریافت کرد. روایات کوفی حاکی از این است که مالک اشتر اولین کسی بود که با وی بیعت نمود.
به نظر می‌رسد که علی شخصاً از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. وقتی سعد بن ابی‌وقاص برای بیعت با علی آورده شد، گفت تا پیش از اینکه مردم با علی بیعت کنند، با وی بیعت نخواهد کرد. اما به علی اطمینان داد که دلیلی برای ترسیدن از وی وجود ندارد. علی دستور داد تا بگذارند که سعد برود. سپس عبدالله بن عمر آورده شد. وی نیز گفت که قبل از اجماع مردم بر علی، با وی بیعت نمی‌کند. علی از وی ضامنی خواست تا عبدالله پس از بیعت مردم، فرار نکند و عبدالله درخواست علی را رد کرد. مالک اشتر به علی گفت که عبدالله از شلاق و شمشیر تو در امان است؛ او را به من واگذار. علی به مالک گفت که رهایش کن که من ضامن او هستم. علی گفت که همیشه عبدالله را چه در بچگی و چه در بزرگسالی، فردی ستیزه‌جو دیده‌است. مخالفت عبدالله بن عمر، بر خلاف مخالفت سعد بن ابی‌وقاص و بر ضد علی بود. پس از برگزیدگی علی، عبدالله پیش وی آمد و گفت که ای علی از خدا بترس و بدون مشورت، زمام امور مسلمین را بر عهده مگیر. سپس عبدالله، به مکه رفته و به مخالفان علی پیوست.
انتخاب علی به عنوان خلیفهٔ جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش‌بینی می‌کردند، صورت گرفت. دانشنامهٔ اسلام معتقد است که انتخاب علی به عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده‌اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده‌است، بلکه بیشتر به این خاطر بوده که انصار که نفوذ دوبارهٔ خود در شهرشان، مدینه، را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی‌امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تأسیس مورد حملهٔ صحابیونی قرار گرفت که به آرزوهایشان نرسیده بودند و نیز مورد حملهٔ معاویه که تنها والی از بنی‌امیه بود که توانسته بود کنترل مقر امارتش، شام، را حفظ کند.
آغاز خلافت
علی پس از برگزیده‌شدن به خلافت از قاتلان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست.
هنگامی که علی به خلافت رسید، مرزهای اسلامی از غرب تا مصر و از شرق تا ارتفاعات شرقی ایران پیش رفته بود. اما اوضاع حجاز در این ایام، ناآرام بود. از اقدامات مهم علی پس از رسیدن به خلافت، عزل والیانی بود که قبلاً عثمان آنها را منصوب کرده بود. او کسانی را که از نظرش قابل اعتماد بودند، به جای برکنارشدگان گماشت. در هنگام عزل و نصب والیان، ابن‌عباس و مغیرة بن شعبه وی را به احتیاط و عملکرد مصلحت‌آمیز دعوت کردند. اما علی به حرف این دو عمل نکرد. ویلفرد مادلونگ معتقد است که علی عمیقاً از وظیفهٔ اسلامی خود آگاه بود و در راه حفظ شریعت اسلام، حاضر نبود که مصلحتی را بر حقی مقدم بشمارد؛ به طوری که حتی حاضر بود در این راه با مخالفانش پیکار کند.
علی پس از رسیدن به خلافت تمامی اموال و زمین‌ها و بخشش‌هایی را که عثمان و خلفای ماقبل در زمان خلافتشان به بعضی از اشراف داده بودند، پس گرفت. وی مخالف تمرکز کنترل خلیفه بر روی درآمدهای استانی بود. او غنائم و بیت‌المال را از انحصار اشراف درآورد و به طور مساوی بین تمامی مسلمانان تقسیم کرد. او همچنین در توزیع بیت‌المال از تعصبات قومی و قبیله‌ای خودداری می‌کرد؛ به طوری که حاضر نشد به برادرش، عقیل بن ابیطالب، بیشتر از سهمش از بیت‌المال بدهد. در حکومت وی، تمامی مسلمانان، چه آن‌هایی که سابقه‌ای طولانی در اسلام داشتند و چه آن‌هایی که به‌تازگی مسلمان شده بودند از دیدگاه توزیع بیت‌المال، یکسان نگریسته می‌شدند. ایرا لاپیدوس معتقد است علی که بر مبنای از خودگذشتی‌اش در خدمت به محمد و اسلام ادعای خلافت کرده بود، حال به خاطر اینکه قاتلان عثمان وی را در رسیدن به مسند خلافت حمایت کرده بودند، خود را به خطر انداخته بود. همچنین علی بر خلاف عمر، پیشنهاد داد که تمام درآمدهای دیوانی توزیع گردد و چیزی از آن اندوخته نشود.
پس از خلافت، بسیاری از قبیلهٔ قریش از او روی گرداندند، چون او از حقوق عشیرهٔ بنی‌هاشم که عشیرهٔ پیامبر بود دفاع می‌نمود. همچنین او به این متهم شد که از مجازات قاتلان عثمان خودداری و سمت‌های اداری را از طرفداران عثمان پاک‌سازی کرده‌است. یکی از مهمترین مخالفان علی، معاویه بود. معاویه فرماندار شام و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی قاتلان عثمان را حق خود می‌دانست.
جنگ جمل
عایشه که از مخالفان عثمان حمایت می‌کرد پس از طواف خانهٔ کعبه در راه بازگشت به مدینه، خبر قتل عثمان و به خلافت رسیدن علی را شنید. پس به مکه بازگشت و فعالانه دست به عملیاتی علیه علی زد و چهار ماه بعد به طلحه و زبیر پیوست. علاوه بر عایشه، افرادی از بنی‌امیه که از مدینه فرار کرده بودند و طبق نظر روبرت گلیو خلافت را در انحصار بنی‌امیه می‌دیدند و اهدافشان با طلحه و زبیر متفاوت بود، در مکه گرد آمدند. طلحه و زبیر که پیشتر از نیل به آرزوهای سیاسی خود ناامید شده بودند، با مخالفت علی در حفظ حکومت بصره و کوفه برای این دو، ناامیدیشان افزون‌تر گردید. این دو وقتی شنیدند که هوادارانشان در مکه جمع شده‌اند، به بهانهٔ به جا آوردن عمره، از علی اذن خواستند که مدینه را ترک گویند. پس از آن، این دو بیعت خود با علی را شکسته و مسئولیت قتل عثمان را به گردن وی انداخته و از وی خواستند که قاتلان را محاکمه کند.
دانشنامهٔ اسلام مینویسد طلحه و زبیر و عایشه اذعان داشتند که حدود باید برای همه به طور مساوی بر پا داشته شود و یک سری اصلاحات باید انجام گیرد. از آنجایی که این سه تن در سرنوشت عثمان به نوبهٔ خود مسئول بودند، علت شورششان در راستای درخواست برای خونخواهی از عثمان و مقصودی که از اصلاحات مد نظر داشتند، مبهم به نظر می‌رسد. مادلونگ بر این باور است که این چند تن کشته‌شدن عثمان را بهانه‌ای برای مخالفت با علی و جاه‌طلبی خود قرار دادند زیرا آنها خلافت علی را با منافع خود سازگار نمی‌دیدند. از سوی دیگر، شورشیان مدعی بودند که خون عثمان نیازی به قصاص ندارد زیرا وی به خاطر عمل‌نکردن به قرآن و سنت محمد کشته شده‌است. لئورا وچا ولیری معتقد است علت واقعی این شورش‌ها، رویکرد بخشایشگر علی نسبت به مقصران قتل عثمان (به گونه‌ای که این طور می‌نمود که مسببان امر مجازات نخواهند شد)، عدم برخورد قاطع علی با معاندانی که تکبر و خطرآفرینی‌شان بسیاری را فراری داده بود، و سیاست عوام‌گرای علی ضد اشرافی‌گری قریش بوده‌است.
پس از آنکه طلحه و زبیر در جمع‌آوری حامیان در حجاز ناکام ماندند، به امید پیداکردن نیرو و منابع لازم برای بسیج‌کردن حامیان عراقی، با چند صد سرباز عزم بصره کردند. ویلفرد مادلونگ تخمین می‌زند که این سه تن، تقریباً چهار ماه پس از خلافت علی در ربیع‌الثانی ۳۶ هجری به همراه حامیانشان، مکه را به سمت عراق ترک کردند. وقتی علی از این موضوع مطلع شد، در معیت سپاهی، رد پایشان را گرفت و تعقیبشان کرد اما به آنها نرسید. علی چاره‌ای نداشت جز آنکه از تصرف عراق به دست این گروه ممانعت کند، چرا که شام فقط از معاویه اطاعت می‌کرد. در مصر نیز هرج و مرج حکمفرما بود. بنابراین با از کف رفتن عراق، عملاً استان‌های شرقی وابسته به آن، شامل ایران، نیز از دست می‌رفت.
شورشیان بصره را تصرف کرده و بسیاری از مردم را کشتند. علی از کوفیان درخواست یاری کرد و به خیانت‌هایی در عراق پی برد. در بصره سپاه عایشه به بیت‌المال حمله برده، محافظانش را کشتند و نیز عثمان بن حنیف، والی منصوب علی، را مجبور کردند که قصر حکومتی را ترک کند و موی سر و ریشش را کندند. علی ترجیح داد به جای اینکه به بصره لشکر کشد، حمایت کوفه را جلب کند. ابوموسی اشعری، والی کوفه، پیش از جنگ جمل با علی بیعت نمود. اما وقتی که جنگ بین طلحه و زبیر و عایشه با علی بالا گرفت، ابوموسی موضعی بیطرف اتخاذ کرد و با وجود تحت فشار گذاشتنش، از تصمیمش منصرف نشد. وی مردم کوفه را به بی‌طرفی در جنگ داخلی بین مسلمانان فرا خواند. سرانجام حامیان علی وی را از کوفه بیرون راندند و علی نامهای شدیدالحن به او نوشت و عزلش کرد. نمایندگان علی (مالک اشتر، ابن‌عباس، فرزندش حسن، و عمار بن یاسر) تلاش بسیاری برای جلب حامی برای سپاه علی کردند تا بالاخره ۶ یا ۷ یا ۱۲ هزار نفر را به سپاه علی ملحق کردند. مادلونگ مینویسد حسن توانست لشکر شش یا هفت هزار نفره فراهم آورد و آنان را به ذی قار آورد و به علی ملحق شد.
علی به بصره نزدیک شد و باب مذاکرات با طلحه و زبیر و عایشه را باز کرد. همه در آن زمان فکر می‌کردند توافق بین طرفین حاصل شده‌است، اما جنگ بین دو سپاه ناگهان آغاز شد. در منابع دربارهٔ آغازگر جنگ روایات گوناگونی آمده‌است . طبق برخی روایات، علی به لشکریانش دستور داد که جنگی را آغاز نکنند، اما پس از آنکه برخی از حامیان علی کشته شدند، وی خود را مستحق دانست که جنگ را علیه برخی مخالفانش از اهل قبله آغاز کند. آنچه از این روایات بر می‌آید این است که بنا به سنت عرب، جنگ بیشتر شامل نبردهای دو نفره و دوئل‌وار بوده و درگیری گروهی و گسترده در آن به چشم نمی‌خورد. مهمترین بخش جنگ، حول هودج عایشه و شترش در جریان بود. وجه تسمیهٔ این جنگ این است که عایشه در مرکز میدان جنگ و بر روی شتری سوار بود. در اثر جنگیدن محافظان عایشه، شتر او به خون آنها آغشته شده بود. عایشه در این جنگ آسیبی ندید اما جنگ حول شترش بسیار شدید بود. سپاه علی پیروز شد و یاران علی زانوی شتر را قطع کردند و شتر به همراه عایشه به زمین نشست. اما عملاً پیش از این هم جنگ به پایان رسیده بود، چرا که طلحه توسط تیری که بسیاری از منابع آن را کار مروان بن حکم می‌دانند، زخمی شده و پس از آنکه او را به خانه‌ای بردند، درگذشت. روبرت گلیو مینویسد انگیزهٔ مروان از این عمل، این بود که وی هیچگاه طلحه را در قتل عثمان بی‌تقصیر نمی‌دانست. زبیر نیز پس از اینکه با علی دیدار کرد و علی وی را به یاد سخنی از محمد در مورد خودش انداخت، در مشروعیت جنبشی که به راه انداخته بود، دچار تردید شد و میدان جنگ را ترک کرد. کسانی از قبیله بنی‌تمیم او را تعقیب کردند و در جای خلوتی به نام وادی السباع به طرز توطئه‌آمیزی کشتندش. احنف بن قیس را از محرکان قتل زبیر دانسته‌اند. روبرت گلیو معتقد است که گرچه در مورد فرار و خیانت و حقارت در این جنگ در منابع اغراق شده، اما این دلایل به خوبی نشان‌دهندهٔ بی‌ثباتی مخالفان علی و حاکی از علت پیروزی آسان علی در این جنگ است. محاسبهٔ آمار دقیق رزمندگان در این جنگ و کشته‌شدگان غیر ممکن است. چرا که منابع در مورد تلفات جنگ، اعدادی بین ۶٬۰۰۰ تا ۳۰٬۰۰۰ تن گزارش می‌دهند. ولیری مینویسد عدد ۳۰٬۰۰۰ اغراق است، زیرا شمار افرادی که از مدینه به همراه علی آمدند و افرادی که بعداً به وی پیوستند سر جمع به‌سختی به ۱۵٬۰۰۰ تن می‌رسد.
عایشه بازداشت شد اما با احترام با وی رفتار شد و علی وی را تحت مراقبت به مدینه فرستاد و در این تصمیم سرسخت بود. او به سپاه عایشه امان داد و با برخی از افراد مخالف همچون مروان بن حکم صلح نمود و وی به معاویه در شام پیوست. این عمل علی، باعث بروز ناآرامی‌هایی در سپاهش گردید. مطلبی مهم‌تر که باعث شد تندروان سپاه علی، وی را به خروج از دین متهم کنند، این بود که علی مانع از به کنیزی‌گرفتن زنان و فرزندان و گرفتن اموال کشته‌شدگان جنگ در سپاه عایشه شد و تنها اموالی را که در میدان جنگ به دست می‌آمد، مجاز به گرفتن دانست. آنان از علی پرسیدند که چطور ریختن خون این افراد حلال بوده اما اموالشان حرام است و بعداً خوارج این مسئله را یکی از اتهامات وارده بر علی مبنی بر خروج از دین به حساب می‌آوردند.
از جنگ جمل تا جنگ صفین
علی وارد بصره شد و پول‌هایی را که در بیت‌المال یافت، به طور مساوی میان حامیانش تقسیم کرد. این امر احتمالاً نشانهٔ این است که وی به کهنه‌مسلمانانی که از روزهای اول به اسلام خدمت کرده بودند و تازه‌مسلمانانی که در فتوحات نقش داشتند، یکسان مواجب می‌داد و سپس برای جلب حمایت کوفیان علیه معاویه، به آن شهر رفت. مردم بصره با علی بیعت کردند. علی، ابن‌عباس را والی بصره نمود و زیاد بن ابیه را به دستیاری ابن‌عباس گماشت. به نوشتهٔ ولیری، مالک اشتر به خاطر این موضوع خشمگین شد چرا که پسران عباس، یکی والی بصره، یکی والی مکه، و دیگری والی یمن شده بودند. علی موفق به تشکیل ائتلافی گسترده شد که دو گروه جدید را به حامیانش افزود. اولی قاریان که آخرین امیدشان در بازیابی نفوذ خود را در علی می‌دیدند و دومی رهبران قبائل سنتی که مجذوب مساوات وی در تقسیم غنائم شده بودند. شکل‌گیری موفقیت‌آمیز این ائتلاف را که افراد گوناگونی چون عمار بن یاسر (مهاجر)، قیس بن سعد عباده (انصار)، مالک اشتر (قاریان)، و اشعث بن قیس (رهبر سابق جنگ‌های رده و از رؤسای قبائل کوفی) را در بر می‌گرفت، می‌توان به پای شخصیت فرهمند علی گذاشت.
پس از نبرد جمل، چون علی همچنان به سیاست برابری و عدالت در توزیع مالیات و غنائم پایبند بود، توانست حمایت اصحاب محمد به‌خصوص انصار، رهبران قبائل، و قاریان قرآن را که خواهان داشتن رهبری پیرو احکام اسلام بودند، از آن خود کند.
از جمله تغییراتی که علی در زمان خلافتش انجام داد این بود که جنگجویان مسلمان را از غارت و اخذ غنیمت و تقسیم آن میان خود پس از فتوحات منع کرد. بجای آن مالیات اخذشده از شهرها را به عنوان حقوق و نه غنیمت جنگی و به میزان ثابتی میان جنگجویان توزیع می‌کرد. گزارش شده‌است که این اولین مورد اختلافی بود که میان علی و گروهی که بعداً خوارج را تشکیل دادند، پیش آمد.
جنگ صفین
علی بی‌درنگ پس از کامیابی در ساکت‌کردن شورش طلحه و زبیر، به شام در شمال سرزمین‌های اسلامی روی آورد. معاویه حاکم سرزمین شام بود. او در زمان عمر به فرمانداری این منطقه گماشته و در زمان عثمان در آنجا تثبیت شده بود. میان شورش‌های طلحه و زبیر با شورش معاویه یک تفاوت اصلی بود که در مورد نخست، طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفهٔ دیگر بودند ولی معاویه ادعا می‌کرد که به خونخواهی عثمان برخاسته‌است و درخواست مجازات قاتلان وی را دارد. دانشنامهٔ ایرانیکا مینویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم به خاطر اعمال مستبدانهٔ وی تحت ظلم بودند. بنابراین آنها مشمول مجازات نمی‌شوند. علی نامهای برای معاویه نوشت و آن را به دست جریر بن عبدالله بجلّی، فرماندار پیشین همدان که از سوی عثمان برگزیده شده بود، داد تا به دست معاویه برساند و از او بیعت بگیرد ولی معاویه به بهانه‌های گوناگون جریر را در آن سرزمین نگه داشت و در این مدت دمشق را آمادهٔ نبرد با علی کرد. علی در این نامه اشاره میکند که:
مردمی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت کردند، هم بدان سان بیعت مرا پذیرفتند، پس کسی که حاضر است نتواند دیگری را خلیفه گیرد و آنکه غایب است نتواند کردهٔ دیگران را نپذیرد . . .
همچنین او در این نامه به معاویه هشدار داد که در صورت زیر پا گذاشتن خواستهٔ عموم مردم و بدعت گذاشتن، با او پیکار خواهد کرد. معاویه به خودمختار بودن شام به رهبری خودش اصرار می‌ورزید ولی علی مدعی بود که تمامی استان‌های حکومت اسلامی، باید به طور مساوی با مشکلات جامعهٔ مسلمانان روبرو شوند. معاویه به بهانهٔ مشارکت نداشتن در انتخاب علی، حامیان شامی خود را بسیج کرده و از بیعت با علی سرباز زد. میان علی و معاویه چندین بار نامه‌نگاری شد و علی از حق قانونی‌اش به عنوان حاکم دفاع کرد. معاویه نامهٔ علی را با دیرکرد پاسخ داد و در این میان خود را آمادهٔ نبرد با او کرد. سپس نامهای به علی فرستاد و به او پیشنهاد کرد که حکومتش را به شرطی می‌پذیرد که در جایگاه خود باقی بماند و فرمانداری مصر را هم در دست بگیرد. چون علی این درخواست را نپذیرفت، معاویه نامهٔ اعلام جنگ و درخواست قصاص قاتلان عثمان را به جریر داد تا به دست علی رساند.
علی با وجود سختی‌های بسیار که در داخل برایش پیش آمده بود توانست در ذیحجهٔ ۳۶ هجری سپاهی در عراق فراهم آورد و آن را روانهٔ صفین کند. چند زد و خورد میان دو سپاه صورت گرفت تا آغاز ماه محرم که جنگ متوقف شد. یک ماه میان دو سپاه گفتگو صورت گرفت ولی هنگامی که کاملاً روشن شد که گفتگو بی‌نتیجه است، در صفر ۶۵۷ میلادی، جنگ دوباره از سر گرفته شد. در مجموع این جنگ سه ماه طول کشید که بیشتر آن به گفتگو میان دو سپاه سپری می‌شد. جنگ برای هر دو گروه بسیار آسیب داشت و نتیجهٔ آن نامشخص بود تا آنجا که پس از یک هفته کارزار سخت، هنگامی که به نظر می‌رسید سحرگاه فردا علی پیروز خواهد شد در شب آخر به نام لیله الهریر (شب ناله)، عمرو عاص به معاویه پیشنهاد کرد که تا سربازانش قرآن‌ها را بر سر نیزه بلند کنند تا در سپاه علی اختلاف و چنددستگی افتد. معاویه که از اختلاف نظرها در سپاه علی آگاه بود از این وضعیت بهره برد و این پیشنهاد را پذیرفت. سپاهیان او قرآن به سرنیزه‌ها آویختند و درخواست کردند تا جنگ ادامه پیدا نکند و در مقابل کار به داوری بر اساس قرآن گذاشته شود. بیشتر سپاهیان علی با دیدن قرآن‌های آویخته شده، دست از جنگ کشیدند. علی به علت اصرار سربازانش، به‌ناچار به حکمیت تن داد.
خاتمهٔ جنگ و حکمیت
دانشنامهٔ ایرانیکا در این باره مینویسد، کاملاً روشن بود که درخواست صلح، نه برای علی که برای اهل عراق بود که بیشتر سپاه علی را تشکیل می‌دادند تا از این رهگذر، با دستاویز قرار دادن تعصب مردم در اعتقادات مذهبی، علی را از هوادارانش جدا کند. فریب جنگی این کار برای علی روشن بود اما شمار اندکی از سربازان او می‌خواستند جنگ را ادامه دهند. اشعث بن قیس که قدرتمندترین رهبر قبیله‌ای کوفه بود، به قبول دعوت معاویه اصرار داشت. بر پایهٔ روایت‌ها، وی به علی گفت که «اگر پیشنهاد صلح را نپذیری، یک نفر هم از قبیلهٔ من برای تو نخواهد جنگید». سرباز زدن تودهٔ سپاه علی از ادامه جنگ، عامل تعیین‌کننده‌ای در پذیرش حکمیت از سوی او بود. بیشتر قاریان هم می‌خواستند صلح کنند. علی جنگ را متوقف کرد و اشعث را فرستاد تا از هدف معاویه آگاه شود. معاویه پیشنهاد کرد که هر دو طرف، داوری را برگزینند تا با هم به تصمیمی بر پایهٔ قرآن برسند و این تصمیم برای هر دو بی‌درنگ اجرا شود.
در حالی که در میان سربازان علی بسیاری پذیرفتند که نتیجهٔ جنگ به حکمیت کشیده شود، برخی به این موضوع اعتراض کردند. این گروه بر این باور پابرجا بودند که علی با پذیرش داوری انسان‌ها در میان خودشان، در حالی که داوری از آن خداست، حق خود در فرمانروایی را از دست داده‌است. مادلونگ چنین می‌اندیشند که معاویه با این کار برای خود زمان خرید. در نتیجهٔ این حرکت معاویه، سربازان علی در برابر او برخاستند و علی مجبور شد تا با سربازان خودش هم پیکار کند. او ناچار بود هنگامی که در برابر بزرگترین تهدید حکومت قرار داشت، با رفتارهای دیوانه‌کنندهٔ سربازان خودش ستیز کند. علاوه بر همهٔ این‌ها، آن نشست حکمیت که قرار بود میان دو سپاه صورت گیرد از آغاز به نظر نمی‌رسید که به سود علی تمام شود چرا که به اصرار مردم کوفه، ابوموسی اشعری از سوی سپاه علی به عنوان نماینده برگزیده شده بود، کسی که خود در گذشته با علی مخالفت کرده بود و از سوی دیگر معاویه، عمرو عاص را برگزیده بود. برخی معتقدند که این، ترفندی حساب‌شده از سوی معاویه بود.
دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است که به نظر می‌رسد در این زمان، معاویه هیچ‌گونه توجهی به مسائلی که قبلاً بر روی آنها پافشاری می‌کرد، نشان نمی‌داد؛ مسائلی از قبیل خونخواهی از عثمان یا بازگشت به شورا. اکثر سربازان علی به حکمیت راضی شده بودند و به دنبال حَکَمی بودند که باید با عمرو عاص نمایندهٔ شامیان روبرو می‌شد. این مهم که حکم، نمایندهٔ علی باشد یا نماینده عراقی‌ها که عمدتاً کوفی بودند، شکاف بیشتری در سپاه علی به وجود آورد. اشعث بن قیس و قاریان، ابن‌عباس و مالک اشتر را که انتخاب علی بودند، رد کرده و بر ابوموسی اشعری اصرار داشتند که پیشتر مردم کوفه را از یاری علی باز داشته بود. ترجیح قاریان بر ابوموسی بود چرا که وی حامی خودمختاری استان‌ها بود؛ حال آنکه اشعث بن قیس امید داشت که بتواند بلاتکلیفی بین علی و معاویه را طولانی‌تر کند تا از قدرت‌گرفتن علی جلوگیری کرده و نفوذ گذشتهٔ خویش را باز یابد. علی سرانجام به انتخاب ابوموسی رضایت داد.
تهیهٔ پیش‌نویس توافق تنها زمانی میسر شد که علی پذیرفت از او با عنوان «امیرالمؤمنین» در متن قرارداد یاد نشود. معاویه به این معترض بود که اگر علی به‌واقع خلیفه بود، معاویه هرگز به جنگش نمی‌رفت. بندهای اصلی توافق‌نامه به شرح زیر بودند:
قرآن بین طرفین تصمیم خواهد گرفت.
وظیفهٔ داوران است که به یک توافق لازم‌الاجرا برسند.
داوران باید از قرآن راهنمایی بگیرند و اگر ممکن نبود باید به السنة العادلة الجامعه غیر المفرقه متوسل شوند.
پیدایش گروه خوارج و نبرد نهروان
با شکل‌گیری پیش‌نویس موافقت‌نامه، ائتلاف علی شروع به از هم پاشیدن کرد. به نظر می‌رسد مسئلهٔ توسل به سنت، اصلی‌ترین دلیل واکنش قاریان بوده باشد. آنها با حکمیت مواقفت کردند چرا که آن را دعوت به صلح و بکارگیری قرآن یافته بودند. در آن زمان بندهای توافق‌نامه هنوز تعیین نشده بود و از امیرالمؤمنین نخواندن علی خبری نبود. از آن مهم‌تر، گسترش اختیارات داوران از قرآن به سنت مبهم، به اعتبار قرآن خدشه وارد می‌ساخت و به نحوی معادل تحکیم الرجال فی الدین به حساب می‌آمد. از این رو، بانگ لا حکم الا الله سر دادند. در این زمان، شامیان ادعا کردند که این توافق‌نامه، تأییدی است بر اینکه قرآن در مورد عادلانه بودن یا نبودن کشته‌شدن عثمان، حکم کند؛ ولی قاریان شکی نداشتند که او عادلانه کشته شده‌است. دانشنامهٔ ایرانیکا بر این باور است که پیش‌کشیدن مسئله قتل عثمان توسط معاویه در این مقطع حساس را باید با طفره‌رفتن قبلی وی از این موضوع قیاس کرد. به نظر می‌رسد کل ماجرا یک تلاش سازمان‌یافته برای تخریب ائتلاف علی بوده باشد. قاریان به علی گفتند که اگر همانند آنان به خاطر پذیرش حکمیت توبه نکند، از وی اعلان برائت خواهند کرد. در هنگام بازگشت لشکر علی به کوفه، بعضی از قاریان در حرورا توقف نمودند.
علی که گرفتار نافرمانی جمعی از سپاهش شده بود که بعداً خوارج نامیده شدند، ابتدا پسرعمویش، عبدالله بن عباس، را به عنوان نماینده خود برای مذاکره به حرورا فرستاد و سپس خود شخصاً برای بحث به آنجا رفت. علی توانست آنان را قانع کند که از نافرمانی دست بردارند که چگونگی این امر چندان روشن نیست. پس از اینکه علی به کوفه بازگشت به‌صراحت اعلام کرد که به شرایط منعقدشده در عهدنامهٔ صفین وفادار خواهد ماند. حروریان که همراه علی به کوفه بازگشته بودند، با شنیدن این سخن خشمگین شدند. در نتیجهٔ این سخن علی، خوارج با یکدیگر پنهانی ملاقات کرده و از خود پرسیدند که آیا ماندن در سرزمینی که بی‌عدالتی بر آن حکمفرماست، با تکالیفی که بر ذمهٔ بندگان خداست، سازگار می‌باشد. کسانی که ترک آن سرزمین را بایسته دانستند، پنهانی گریختند و از هم‌فکران خود در بصره خواستند که آنان نیز چنین کنند و در نهروان گرد هم آمدند. به باور فرد دونر ممکن است علت مخالفت برخی از خوارج ترس از آن بوده باشد که علی با معاویه سازش کرده و در پی آن، آنان برای حساب پس دادن در مورد شورش خود علیه عثمان فرا خوانده شوند.
حکمیت اول
به نظر می‌رسد اولین دیدار داوران در رمضان ۳۷ هجری در دومةالجندل برگزار شد. نتیجه این شد که اعمالی که عثمان به آنها متهم شده بود، خودسرانه نبوده‌است. و این بر ناعادلانه کشته‌شدن عثمان و حق معاویه برای خونخواهی از وی دلالت داشت. هنوز حکم را به عموم اعلام نکرده بودند، اما طرفین از آن بو برده بودند. علی به مخالفت برخاست و آن را خلاف قرآن و سنت دانست و لازم‌الاجرا ندانست. سپس سعی کرد سپاه تازه‌ای را سامان دهد اما فقط انصار، باقی‌ماندگان قاریان به رهبری مالک اشتر، و تعداد کمی از مردان قبائلشان، به علی وفادار ماندند. علی در معیت سپاهش کوفه را به قصد برانداختن معاویه ترک کرد اما در ابتدا به نهروان رفت تا به موضوع خوارج رسیدگی کند. در ابتدا سعی کرد با علنی‌کردن قصدش مبنی بر جنگ علیه معاویه حمایتشان را جلب کند. اما آنان پافشاری کردند که علی نخست باید به گناهش در پذیرش حکمیت اقرار کند. علی عهد کرد که آنانی را که به سپاه او بپیوند و علیه معاویه بجنگند، امان خواهد داد و سپس به سایرین حمله کرد. کشتار منتجه از سوی بسیاری از افراد تقبیح شد و فرار کردن سربازان از سپاه علی، وی را مجبور کرد تا به کوفه باز گردد و نتواند به سمت معاویه لشکر بکشد.
حکمیت دوم
به گفتهٔ پوناوالا، در این شرایط نه علی دیگر خلیفه بود و نه معاویه حاکمی شورشی، بلکه هر دو رقبایی برای رسیدن به خلافت در نظر گرفته می‌شدند. به نظر می‌رسد که داوران و دیگر افراد نامدار، به استثنای نمایندگان علی، شعبان ۳۸ هجری در اذروح با یکدیگر ملاقات کردند تا دربارهٔ انتخاب خلیفهٔ جدید به بحث بنشینند. عمرو عاص از معاویه حمایت کرد، حال آنکه ابوموسی اشعری دامادش، عبدالله بن عمر، را ترجیح می‌داد. اما عبدالله به خاطر فقدان اجماع بر روی خلیفه‌شدنش، این پیشنهاد را رد کرد. سپس ابوموسی اشعری پیشنهاد کرد که علی و معاویه هر دو از خلافت عزل شده و کار تعیین خلیفه به شورا محول شود که عمرو عاص پیشنهادش را پذیرفت. ابوموسی در ملأ عام توافقش با عمرو عاص را علنی کرد اما عمرو عاص بیان داشت که علی را عزل کرده و معاویه را به خلافت رسانده‌اند.
شورش‌ها
در دوران خلافت علی جنگ‌های داخلی بین مسلمانان و شورش ایرانیان به راه افتاد. شورش ایرانیان در آخرین سال خلافت علی اتفاق افتاد که توسط سپاهیان ارسالی خلیفه سرکوب شد. مثلاً شورشیان در شرق ایران، مالیات خود را به قبائل کوفی و بصری پرداخت نکردند.
در حالی که در سال‌های ۴۱–۳۵ هجری، مسلمانان مشغول جنگ‌های داخلی بودند، اکثر مناطق ایران از کنترل خلافت اسلامی خارج شد. حتی بازماندگان سلسلهٔ ساسانی به تلاش‌هایی برای بازیابی حکومتشان در شهرهای طخارستان و نیشابور دست زدند. مسلمانان با تکیه بر خراج و مالیات موفق شدند دوباره کنترل مناطق آشوب‌زده را در دست گرفته و شورش‌ها علیه والیان و افراد تحت حمایتشان را بخوابانند. هپتالیان شهرهای بادغیس، هرات، و فوشنج همانند اهالی نیشابور از دادن مالیات به حاکمان عرب سر باز زدند. مردم شهر زرنگ هم مقر حکومتی حاکم خود را سرنگون کردند. از طرفی دیگر بدویان عرب نیز به شهرهای سیستان حمله برده، آنجا را تصرف کردند. در سال ۳۶ هجری، فرمان‌های علی به اشخاص برجستهٔ محلی مبنی بر دادن خراج به ماهویه، مرزبان مرو، باعث بروز شورش‌هایی در شرق خراسان علیه حکومت علی گردید که تا مرگ علی ادامه داشت.
بعد از جنگ صفین، هنگامی که علی مشغول سرکوب شورش‌های خوارج در عراق و فارس بود، مردمان مناطق جبال، فارس، و کرمان در سال ۳۹ هجری از دادن مالیات سر باز زده و شروع به شورش کردند که روز به روز شدت می‌یافت و مردم این مناطق مأمورین جمع‌آوری مالیات را از شهرهای خود بیرون راندند.
سال آخر خلافت
پس از قضیهٔ حکمیت، هر چند علی حکم برکناری را نپذیرفت و خود را کماکان خلیفهٔ مسلمانان می‌نامید اما هر روز از وفاداران به او کاسته می‌شد. وقتی علی مشغول رفع شورش خوارج بود، معاویه کنترل مصر را در دست گرفت. دانشنامهٔ ایرانیکا مینویسد وی در اواخر سال ۳۹ هجری، سپاهیان علی را در مصر شکست داد و عمرو عاص را حاکم آنجا نمود. در همین زمان، علی کنترل حجاز را نیز از دست داد. در سال ۴۰ هجری علی حتی کنترلی بر شهرهای مکه و مدینه نیز نداشت. علی عملاً به شهر کوفه محدود شده بود و در موضعی تدافعی قرار داشت تا آنجایی که اقدامی در برابر لشکرکشی‌های معاویه به قلب عراق، یمن و عربستان نکرد. افکار عمومی عرب به جانشینی معاویه تمایل داشت، چرا که وی توسط نیروهای منظمی پشتیبانی می‌شد و می‌توانست قدرت را در میان نخبگان عرب حفظ و خلافت اسلامی را کنترل کند.
در سال آخر خلافت علی، مردم کوفه و بصره پس از حملات لشکریان معاویه به شهرهای عراق، ماهیت واقعی معاویه را شناختند و دوباره با علی بر ضد معاویه متحد شدند. با این حال نگرش مردم نسبت به علی در این مقطع زمانی، به شدت متفاوت بود. فقط اقلیت کوچکی از آنها معتقد بودند که علی بهترین شخص پس از محمد برای خلافت است؛ در حالی که اکثریت مردم او را به علت دشمنی با معاویه مورد حمایت قرار دادند.
تیره‌شدن روابط با ابن عباس
روابط بین ابن عباس و علی ناگهان رو به تیرگی نهاد. ابن عباس بصره را ترک گفته، به مکه رفت و امارت آنجا را پس داد. سال وقوع این واقعه در منابع به سال‌های ۳۸، ۳۹، یا ۴۰ هجری گزارش شده‌است. دانشنامهٔ اسلام سال ۳۸ هجری را به عنوان سال وقوع این حادثه پذیرفته‌است، چرا که ابن عباس را از آن هنگام فاقد فعالیت سیاسی مهمی میداند. این دانشنامه روایاتی را که در آنها ابن‌عباس تا زمان کشته‌شدن علی به حکومتش وفادار مانده‌است، رد میکند. برخی منابع علت تیرگی رابطهٔ علی با ابن عباس را چنین گزارش کرده‌اند که علی، ابن عباس را به اتهام اختلاس مالیات بصره مؤاخذه کرد؛ ابن عباس رنجید، اتهام اختلاس را رد کرد و بیان داشت که تنها وظیفهٔ دولتی‌اش را انجام داده‌است.
دانشنامهٔ اسلام بر این باور است که ترک منصب از سوی ابن عباس همزمان با روی گرداندن بسیاری از طرفداران علی از وی بود و باید دلیل‌های موجه‌تری داشته باشد؛ دلایلی چون کشتار خوارج در نهروان که بر طبق روایات معتبر، ابن عباس این کار را نادرست شمرده بود، یا اعتقاد وی مبنی بر «موضع‌گیری‌های نادرست علی» و اصرارش بر ماندن بر مسند خلافت، با اینکه در ماجرای حکمیت رأی بر عزل علی بود.
به گفتهٔ دانشنامهٔ اسلام، پس از این دوران عملی از سوی ابن عباس روایت شده که ممکن است قضاوت بسیار بدی از وی به دست دهد. جزئیات این واقعه هنوز معلوم نیست. او مدتی پس از رفتن به مکه دوباره به بصره بازگشت و اموال مالیاتی بصره را با خود برد. غصب اموال از سوی او جای بحث و بررسی دارد. دانشنامهٔ اسلام بر این باور است که می‌توان برای این عمل، توجیهی منطقی آورد و دیدگاه کسانی را که این عمل را دون شأن ابن عباس در بین امت نمی‌بینند، منطقی میداند.
کشته‌شدن
تعدادی از خوارج تصمیم به قتل علی، معاویه، و عمرو عاص به صورت همزمان گرفتند تا به عقیدهٔ خود اسلام را از دست این سه تن که مسئول جنگ‌های داخلی بودند، خلاص کنند که تنها موفق به کشتن علی شدند و معاویه و عمرو عاص جان سالم به در بردند.
در منابع روز ضربت خوردن علی ۱۷، ۱۹، و ۲۱ رمضان گزارش شده‌است. اما شیخ مفید روز ۱۹ را صحیح‌تر میداند و ابن ابی الحدید نیز مینویسد چون این سه تن کارشان را عبادت می‌دانستند بنابراین آن را در شب قدر ۱۹ رمضان قرار دادند تا ثواب بیشتری برده باشند. روز مرگ علی هم در منابع از ۱۱ تا ۲۱ رمضان گزارش شده‌است و مدت تحمل ضربت را دو یا سه روز دانسته‌اند.
علی هنگامی که مشغول خواندن نماز صبح در مسجد کوفه بود و به روایتی دیگر در کنار در مسجد توسط عبدالرحمن بن ملجم و با یک شمشیر مسموم از ناحیهٔ سر ضربت خورد. عبدالرحمن این عمل را به قصد انتقام‌گیری از وی در قبال کشتار نهروان انجام داد. دو روز بعد در ۱۹ یا ۲۱ رمضان ۴۰ هجری، علی در سن ۶۲ یا ۶۳ سالگی درگذشت.
علی از مدت‌ها قبل می‌دانست که کشته می‌شود، حال یا محمد به وی گفته بود یا خودش این مطلب را حس کرده بود. روایات زیادی وجود دارد که در آن محمد یا علی خبر می‌دهند که ریش علی از خون فرق سرش رنگین می‌شود. عمدتاً در منابع شیعی بر روی این مطلب تأکید شده‌است که علی با وجود آگاه‌بودن از سرنوشتش، کس دیگری را به جای خود به امامت نماز جماعت نگذاشت و با وجود اینکه دیگران به وی در مورد احتمال کشته‌شدنش هشدار داده بودند، با خواندن ابیاتی هراس از مرگ را نفی کرده بود. علی حتی پیش‌بینی کرده بود که ابن ملجم قاتلش خواهد بود. رابطهٔ بین علی و ابن ملجم تنش‌برانگیز بود. با این همه، علی در مقام خلیفه هیچ اقدامی علیه ابن ملجم انجام نداد. به روایت ابن سعد، علی گفته بود «چگونه کسی را بکشم که هنوز مرا نکشته‌است»؟ حتی وقتی کسی از قبیلهٔ مراد یا کسی که از زبان خود ابن ملجم نقشهٔ قتل را شنیده بود، در این باره به علی هشدار داد، علی پاسخ داد که هر انسانی را دو فرشته که بر روی شانه‌هایش قرار دارند، تا لحظهٔ مرگ حافظ‌اند و آن لحظه را تقدیر معین میکند.
شب قبل از واقعه، ابن ملجم به همراه وَردان و شَبیب بن بَجَره شمشیرهایشان را به زهر آغشتند و کنار در مسجد منتظر ماندند تا علی به منظور اقامهٔ نماز صبح به مسجد وارد شود. به محض ظاهرشدن علی، شبیب به وی حمله برد اما شمشیرش به لغاز در اصابت کرد و خطا رفت. شبیب فرار کرد و در میان جمعیت گم شد. وردان نیز بی‌سروصدا گریخت، به خانه رفت و حریر از سینه باز کرد. چون پسرعمویش او را در این حالت دید، مشکوک شد و وی را کشت. تنها ابن ملجم باقی مانده بود. او در حالی که فریاد می‌کشید «ای علی، حکمیت خاص خداست، نه تو و یارانت» ضربتی به فرق سر علی وارد آورد و خواست بگریزد که ابو اَدماء همدانی وی را به زمین افکند. علی به خانه‌اش بازگشت و ابن ملجم را پیش وی آوردند. ابن مجلم به علی گفت که ۴۰ روز شمشیرش را تیز می‌کرده و از خدا خواسته‌است که با آن شرورترین مردان را بکشد. علی در پاسخ گفت خود ابن ملجم با همین شمشیر کشته خواهد شد و وی را شرورترین مردان نامید.
علی همیشه در اجرای شرع اسلامی دقیق و سختگیر بود. در مورد مجازات قاتلش نیز منابع تقریباً متفق‌القول‌اند که حکم قصاص داد گرچه برخی منابع بر بخشایش او تأکید کرده‌اند. دانشنامهٔ اسلام چهار روایت گوناگون از درخواست علی دربارهٔ چگونگی رفتار با ابن ملجم ذکر کرده‌است. پس از مرگ علی، دو روایت مختلف از مرگ ابن ملجم آمده‌است: اول آنکه ابن ملجم از حسن خواست تا او را رها کند تا به شام رود و معاویه را بکشد و سپس خود را به حسن تحویل دهد اما حسن نپذیرفت، او را کشت و جسدش را سوزاند؛ دوم آنکه حسین، ابن حنفیه، و عبدالله بن جعفر از حسن فرصت خواستند تا از ابن ملجم انتقام بگیرند و چون حسن رخصت داد، عبدالله بن جعفر شروع به مثله و شکنجه‌کردن ابن ملجم کرد. ابن ملجم سختی‌ها را با شجاعت مثال‌زدنی طاقت آورد و تنها زمانی دم برآورد که خواستند زبانش را ببرند چرا که بیچاره از گفتن ذکر خدا عاجز می‌گشت.
آرامگاه
بدن بی‌جان علی را پسرانش غسل دادند و در نزدیکی کوفه دفن کردند اما مزارش از ترس نبش قبر و بی‌حرمتی به آن پنهان نگه داشته شد. تا آنکه در زمان هارون‌الرشید، خلیفهٔ عباسی، در سال ۷۹۱ میلادی در فاصلهٔ چند کیلومتری از کوفه محل مزارش مشخص و آرامگاهی در آنجا ساخته شد. پس از آن این منطقه تبدیل به شهر نجف شد.
همسران و فرزندان
علی ۹ زن و چندین کنیز داشت و دارای ۱۴ پسر و ۱۹ دختر بود که از میان آنان حسن، حسین، و محمد حنفیه مشهورترند. طبق منابع شیعی تعداد کل فرزندان علی ۲۷ یا ۲۸ بود. مادر محمد حنفیه، کنیزی آزادشده به نام خوله دختر جعفر حنفیه بود. از میان فرزندان علی، ۵ نفر صاحب نسل شدند.
فاطمهٔ زهرا، دختر محمد و خدیجه، همسر علی بن ابیطالب، مادر حسن و حسین، و یکی از پنج عضو آل عباست. نسل علی از فاطمهٔ زهرا به عنوان شریف یا سید شناخته می‌شوند. آنها به عنوان تنها نسل بازمانده از محمد، مورد احترام شیعه و سنی‌اند.
حسن بزرگترین پسر علی و فاطمهٔ زهرا و دومین امام شیعه است که طبق روایات در ۶۲۵ میلادی در مدینه به دنیا آمد. بعد از درگذشت علی، برای مدت کوتاهی در کوفه بر بخشی از سرزمین‌های مسلمانان خلافت کرد و سپس طبق عهدنامهٔ صلح با معاویه از قدرت کناره گرفت. او در ۶۷۰ میلادی در مدینه مسموم شد و درگذشت. حسین دومین پسر علی و فاطمه زهرا و سومین امام شیعه است که طبق بیشتر روایات در ۶۲۶ میلادی در مدینه به دنیا آمد. وی در سال ۶۸۰ میلادی علیه یزید قیام کرد و در نبرد کربلا به همراه یارانش کشته شد. در این نبرد علاوه بر حسین، شش تن دیگر از فرزندان علی نیز کشته شدند که چهار نفر آنها پسران فاطمهٔ کلابیه معروف به ام‌البنین بودند. همچنین سه پسر حسن و دو فرزند حسین در نبرد کشته شدند.
خاندان علی رهبری مسلمانان را منحصر به اهل البیت می‌دانستند و در دوران‌های مختلف قیام‌های متعددی بر ضد حاکمان وقت انجام دادند. از مهمترین این قیام‌ها می‌توان نبرد کربلا، قیام مختار ثقفی از طرف محمد حنفیه، قیام زید بن علی و قیام یحیی بن زید بر ضد امویان را نام برد. بعدها خاندان علی بر ضد عباسیان نیز قیام کردند که از مهمترین آنان می‌توان به قیام صاحب فخ و قیام محمد ابن عبدالله نفس زکیه اشاره کرد. در حالی که هیچ‌یک از این قیام‌ها موفق نبود، سرانجام ادریسیان، فاطمیان، و علویان طبرستان توانستند اولین حکومت‌ها از خاندان علی را تشکیل دهند.
جایگاه در تفکر اسلامی
تمام مسلمانان شیعه و سنی برای علی جایگاه سیاسی، فقهی، و معنوی والایی قائل هستند. تنها در دوره‌ای پس از جنگ صفین، خوارج برای او احترام کمتری قائل بودند. شیعیان افرادی را که با علی یا دیگر اهل البیت آشکارا دشمنی می‌کنند ناصبی می‌نامند.
اهل سنت
از آنجایی که علی یکی از خلفای راشدین و از صحابهٔ نزدیک محمد بود، جایگاه بلندی در اندیشهٔ اهل سنت دارد. هرچند این جایگاه از ابتدا به این صورت نبود و عنوان خلیفهٔ راشد برای علی تنها پس از آنکه احمد بن حنبل، علی را در زمرهٔ خلفای راشدین آورد، از جانب اهل سنت مشروع تلقی شد. بعدها مؤلفان سنی به‌وفور نظرات فقهی، قضایی، و تاریخی علی را گزارش کردند و برخی تلاش کردند از سخنان علی علیه تشیع استفاده کرده و دکترین اهل سنت را پشتیبانی کنند. در میان اهل سنت، علی جایگاهی همانند سه خلیفهٔ دیگر دارد و بر مبنای نظریهٔ سابقون، در جایگاهی پایین‌تر از آنان است. بزرگترین مشکل اهل سنت، ترفیع مقام علی توسط محمد در احادیثی مانند «من کنت مولاه فهذا علی مولاه» است که برای حل این مشکل به تفسیر این حدیث پرداخته‌اند. همچنین، اکثر نویسندگان سنی به برتری دانش علی در شریعت و روایت حدیث از پیامبر اذعان دارند ولی این موارد را دلیلی بر تعیین جایگاه سیاسی او توسط محمد نمی‌دانند.
شیعیان
در اعتقادات شیعه، علی جایگاه والایی دارد و اعتقاد به حقانیت او در رهبری مسلمانان، باور تعیین‌کنندهٔ شیعیان است. سخنان او مرجعی برای فقه شیعیان است و از همه مهم‌تر، شیعیان باور دارند که علی بر بقیهٔ صحابه برتری داشته و توسط محمد به جانشینی‌اش منصوب شده بود. تقوا و اخلاق علی آغازگر نوعی عرفان در میان شیعیان بوده که آنان را به صوفیان سنی مذهب نزدیک میکند. در میان شیعیان دوازده‌امامی، باور به امامت علی از اصول دین است. عبارت «علی ولی الله» در اذان شیعیان گنجانده شده‌است. مستعلیه مقام علی را برتر از امام می‌دانند. هر دوی این مذاهب به عصمت، علم غیب، و شفاعت علی اعتقاد دارند. حجم گسترده‌ای از ادبیات مذهبی شیعه به زبان‌های مختلف نظیر عربی، فارسی، اردو و ترکی به علی اختصاص یافته‌است.
غالیان، شیعیان تندرو، اعتقاد داشتند که علی دسترسی به ارادهٔ خدا داشته‌است. مثلاً نصیریه اعتقاد داشتند که خداوند در علی حلول کرده‌است یا خطابیه مقام علی را بالاتر از محمد می‌دانستند. در زمان فعلی، شیعیان و سنیان به علویان و بکتاشیه با دید شک‌آلود به قائل‌شدن الوهیت برای علی نگاه می‌کنند. کردهای اهل حق نیز اعتقادات مشابهی آمیخته با تناسخ در مورد علی دارند.
صوفیان
علی دارای جایگاهی محوری در میان اسطوره‌های طریقت‌های مختلف گشت و تقریباً همه طریقت‌های تصوف، سلسلهٔ معنوی خود را از طریق علی به محمد می‌رسانند. یکی از باورهای اصلی صوفیه این است که مقام معنوی ولایت، که از محمد به علی به ارث رسیده‌است، فرد صوفی را قادر به پیمودن راه به سوی خدا میکند. جایگاه علی به عنوان راوی برجستهٔ سخنان محمد، او را رهبر معنوی بسیاری از حرکت‌های تصوف در قرن‌های بعدی کرد. تصور علی به عنوان پیرو زاهد محمد، در میان صوفیان همانند سنیان و شیعیان وجود دارد. صوفیان معتقدند محمد علوم خفیه شامل جفر را به علی آموخت.
فلسفه و عرفان اسلامی
به نوشتهٔ دانشنامه بریتانیکا در فلسفهٔ اسلامی متأخر به‌خصوص آموزه‌های ملاصدرا، موسوم به حکمت متعالیه، خطبه‌ها و احادیث علی به عنوان مرجع اصلی دانش فلسفی یا حکمت الهی تلقی می‌شود و وی را نخستین فردی می‌دانند که از اصطلاحات عربی برای بیان آرای فلسفی بهره جسته‌است. همچنین گفتهٔ وی «به آنچه گفته شده‌است بنگر؛ نه آنکه آن را گفته» ویژگی اصلی اندیشهٔ اسلامی را بیان میکند که طبق آن مکتب‌ها بر اشخاص ارجح‌اند و افکار بر مبنای ارزش درونمایهٔ آن داوری می‌شود؛ نه بر مبنای مراجع تاریخی آنها.
آثار
تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده‌است و به عنوان ضرب‌المثل و کلمات قصار در زندگی روزمره نقل می‌شوند. همچنین، این سخنان اساس آثار ادبی گردیده و به صورت اشعار در زبان‌های گوناگون وارد شده‌اند. در قرن ۸ میلادی، نویسندگان ادبی همچون عبدالحمید یحیی امیری، به فصاحت بی‌نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. جاحظ، ادیب عرب در قرن سوم هجری، نیز بر همین عقیده‌است.
نهج‌البلاغه
در قرن ۱۰ میلادی، یکی از محققان برجستهٔ شیعی به نام سید شریف رضی تعداد زیادی از خطبه‌ها، نامه‌ها، و سخنان کوتاه علی با موضوعات گوناگون را در کتابی به نام نهج‌البلاغه جمع‌آوری کرد که به یکی از پرطرفدارترین و تأثیرگذارترین کتب جهان اسلام مبدل گشت. با این حال، این کتاب تقریباً به طور کامل تا قرن ۲۰ میلادی در تحقیقات غربی نادیده گرفته شد. با وجود اینکه برخی محققین غربی در صحت آن تردید دارند، اما صحتش هیچگاه نزد اکثر مسلمانان جای سؤال نداشته‌است. نهج‌البلاغه کماکان به عنوان منبعی مذهبی و مرجعی الهام‌بخش و ادبی در میان شیعه و سنی مطرح است. در میان گفته‌های منسوب به علی، نامهٔ او به مالک اشتر دربارهٔ حکومت صالحانه مورد توجه زیادی قرار گرفته‌است. سید حسین مدرسی طباطبایی به کتاب مدارک نهج‌البلاغه، اثر رضا استادی، اشاره میکند که در آن اسنادی ارائه شده‌است که سخنان موجود در نهج‌البلاغه را به علی می‌رساند.
غرر الحکم و درر الکلم
غرر الحکم و درر الکلم مجموعه‌ای از کلمات قصار علی بن ابیطالب است که توسط ابوالفتح عبدالواحد بن محمد بن عبدالواحد تمیمی آمدی، از علمای امامی قرن پنجم هجری، گردآوری شده‌است.
مصحف علی
مُصحَف علی به نسخه‌ای از قرآن گفته می‌شود که توسط علی بن ابیطالب گردآوری شده‌است. علی یکی از اولین گردآورندگان قرآن بود و سوره‌های قرآن را به ترتیب تاریخ نزول چیده بود. همچنین روایت شده‌است که این مصحف شامل مطالب تفسیری مانند نسخ آیات نیز بود. منابع شیعی می‌نویسند که پس از درگذشت محمد، علی مصحفش را به گروه حکومتی جمع‌آوری قرآن عرضه کرد ولی با مخالفت صحابه روبرو و مجبور شد قرآن را به خانه‌اش برگرداند. گرچه وجود تاریخی مصحف علی مسلم است، اما به مانند دیگر مصحف صحابه چیزی به عنوان واقعیت خارجی در دسترس نیست. گروه‌هایی از شیعیان در طول تاریخ به تفاوت‌های عمدهٔ این مصحف با قرآن فعلی اعتقاد داشتند ولی با مخالفت جمع کثیری از روحانیون و قرآن‌پژوهان شیعه مواجه شده‌اند. علی از قاریان اصلی قرآن هم بود و قرائتی از او بر جای مانده که، به گفتهٔ برخی نویسندگان کتاب‌های قرائات قرآن، با قرائت حفص از عاصم یکی است.
کتاب علی
بر اساس روایات فراوانی از قرن دوم هجری، کتاب علی مجموعه‌ای از سخنان محمد است که علی گردآوری کرده‌است. در نقل است که علی در پیشگاه محمد مطالبی را بر روی ورقی از پوست می‌نوشت که از او می‌شنید. روایتی دیگر می‌گوید که فقیه مکه در اوایل قرن دوم از این کتاب آگاه بود و مطمئن بود که نوشتهٔ علی است. در مورد محتوای کتاب گفته شده‌است که کتاب شامل همهٔ چیزهایی که مردم به آن نیاز دارند بود؛ مانند مواردی در احکام حلال و حرام و حتی دیهٔ خراش‌ها. وجود مطالبی در مورد جفر نیز روایت شده‌است.
آثار دیگر
آثار دیگری نیز به علی نسبت داده شده‌است. از آن جمله می‌توان به موارد زیر اشاره کرد: دعای کمیل که علی آن را به شاگردش کمیل بن زیاد آموخت و در حقیقت دعایی طولانی است که هنوز هم توسط شیعیان خوانده می‌شود. کتاب الدیات که دستورالعملی در مورد نحوهٔ محاسبهٔ دیه‌هاست و در کتاب‌هایی مانند من لایحضره الفقیه به صورت کامل آمده‌است. مسند علی به مجموعه احادیثی از پیامبر اسلام گفته می‌شود که راوی اول آنها علی است و در مسندهای روایی اهل سنت مانند مسند احمد حنبل آمده‌اند. بعدها افرادی احادیث علی را گردآوری کرده و آن را یک‌جا مسند علی نامیدند. در منابع قدیمی، گزارش‌های مختلفی دربارهٔ اینکه آیا علی شعر می‌سروده‌است یا نه وجود دارد. مؤلفان متعددی دیوان اشعاری را به علی نسبت داده‌اند ولی بسیاری از این اشعار سرودهٔ دیگران است. روش قضاوت علی نیز مورد توجه اصحابش بوده و توسط آنان گردآوری شده‌است.
ویژگی‌های ظاهری و اخلاقی
علی مردی با سر طاس و بدنی چاق و تنومند بود و پاهای کوتاه و کتفی فراخ داشت. چشم‌هایش دچار التهاب و بیماری بود. بدنی پر موی و ریشی بلند و سفید داشت که تا نزدیک سینه‌اش می‌رسید. لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام مینویسد که علی خشن و گوشه‌گیر بود. علی به خاطر دانش عمیقش از قرآن مشهور بود و بهترین قاریان قرآن به حساب می‌آمد. در مقابل گفته شده‌است که علی تنها در جنگ خیبر دچار چشم درد شد و بر طبق روایتی توسط محمد شفا یافت. همچنین گزارهٔ دانشنامهٔ اسلام در مورد خشن و گوشه‌گیر بودن علی مورد انتقاد قرار گرفته‌است.
دیدگاه‌ها در مورد علی
در احادیث
نبیل حسین مینویسد سنی‌های حامی علی بر این باورند که نوعی علی‌ستیزی را می‌توان در روایات تاریخی و احادیث اسلام مشاهده کرد و همسوبودن سنی‌ها با سلسلهٔ بنی‌امیه باعث شده‌است که محدثان اولیه با گرایش شیعی، فاقد اعتبار و از سوی دیگر، راویان حدیث با گرایش ضد علی معتبر دانسته شوند.
ایگناز گلدزیهر ضمن مقایسهٔ دو نسخه از سخنان محمد دربارهٔ علی که در جنگ خیبر پس از دادن پرچم به او بر زبان آورده‌است، اذعان می‌دارد که در روایات، اضافاتی به نفع علی وجود دارد. اما از طرف دیگر برای اثبات دیدگاه خود دربارهٔ وجود علی‌ستیزی در روایات، دو نسخهٔ متفاوت از حدیث «مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، زنا نمی‌کند و مؤمن در حالی که نور ایمان در قلبش است، دزدی نمی‌کند» را بررسی کرده، نتیجه میگیرد که در برخی کتب، به حدیث مزبور جملهٔ «مؤمن غلو نمی‌کند» اضافه شده‌است تا شیعیان «کافر» قلمداد شوند و این جملات اضافی در لوای حدیث موجه و معتبر اصلی، به مرور زمان در اذهان مسلمانان جای بگیرد.
مایکل کوپرسن در کتاب تاریخ‌نگاری سنتی عربی مینویسد عباسیان پس از آنکه پایه‌های قدرت خود را مستحکم کردند، به ساخت احادیث جعلی برای بنی‌امیه و نیز علویان مبادرت ورزیدند. آنان در روایات خود خلافت بنی‌امیه را خلافت فرزندان دشمنان محمد دانستند و دربارهٔ خلافت فرزندان علی نیز سعی داشتند تأکید کنند که خلافت بیشتر از آنکه به فرزندان دختر محمد تعلق داشته باشد، به فرزندان عموی محمد تعلق داشته‌است و مدعی بودند که فرزندان علی خلافت را از شجرهٔ خود به شجرهٔ عباس انتقال داده‌اند.
پل کوب مینویسد در شام، احادیث راجع به تقوای علی تا زمان اسماعیل بن عیاش حمصی (درگذشته به سال ۱۸۱ یا ۱۸۲ هجری) ناشناخته بودند و حتی تا قرن سوم هجری هر کسی در مسجد امویان، مخفیانه در بحث‌های مربوط به «فضائل علی» شرکت می‌جست، به احتمال زیاد مورد هجمه قرار می‌گرفت.
11:43 am
آزمایشگاه
آزمایشگاه مکانی است که برای انجام آزمایش علمی از جمله آزمایش هایی بر روی
مواد شیمیایی ساخته می‌شود. در آزمایشگاه وسایل و مواد آزمایشگاهی ویژه‌ای قرار
داده می‌شود که با آنها می‌توان برخی آزمایش‌ها را انجام داد. برای مثال در
آزمایشگاه برق، از تجهیزات، قطعات و ابزارهای برقی برای انجام آزمایش هایی بر
روی سیستم های برقی استفاده می شود. آزمایشگاه‌ها را می‌توان در مدرسه‌ها و
دانشگاه‌ها، صنایع، تأسیسات دولتی و ارتشی و حتی بر روی کشتی‌ها و هواگردها نیز
یافت.
در دانشگاه‌ها زمانی که آموزش فراگیر در یک آزمایشگاه و با آموزش انجام یک
فعالیت عملی باشد آن را «آموزش آزمایشگاهی» می‌نامند.
معمولا ازمایشگاه ها به دسته های زیر تقسیم می شوند: ازمایشگاه های
فیزیک،ازمایشگاه شیمی،ازمایشگاه های کامپیوتر،ازمایشگاه های بهداشت،ازمایشگاه
های پزشکی و تشخیص طبی
شیمی
شیمی (به انگلیسی: Chemistry) یکی از دانش‌های بنیادین است که به مطالعه و
بررسی ساختار، خواص، ترکیبات، و دگرگونی ماده می‌پردازد. گسترۀ زیاد این دانش
باعث شده است تا تعریف یکپارچه برای آن مشکل گردد.
واژه‌شناسی
برخلاف پندار عمومی، واژه شیمی برگرفته از زبان پارسی میانه یا باستان نیست.
بلکه دارای ریشه‌ای هند و اروپایی است.
تاریخچه
کوشش های نخستین بشر برای فهمیدن طبیعت مواد و بیان چگونگی دگرگونی آنها
ناموفق بود. اندک اندک کوشش ها برای تبدیل مواد کم ارزش، به مواد ارزشمندی چون
زر و سیم، منجر به پیدایی دانش کیمیا گردید. هر چند در ظاهر دانش کیمیا به
خواست اصلی خود نرسید، اما دستاوردهای کیمیاگران در این راه به اندوخته
گرانبهایی تبدیل شد که پایه گذار شیمی مدرن گردید.
نگاه گذرا
نظریه اتمی پایه و اساس علم شیمی است. این تئوری بیان می‌دارد که تمام مواد از
واحدهای بسیار کوچکی به نام اتم تشکیل شده‌اند. یکی از اصول و قوانینی که در
مطرح شدن شیمی به عنوان یک علم تأثیر به‌سزایی داشته، اصل بقای جرم است. این
قانون بیان میکند که در طول انجام یک واکنش شیمیایی معمولی، مقدار ماده تغییر
نمی‌کند. (امروزه فیزیک مدرن ثابت کرده که در واقع این انرژی است که بدون تغییر
می‌ماند و همچنین انرژی و جرم با یکدیگر رابطه دارند.)
این مطلب به طور ساده به این معنی است که اگر ده‌هزار اتم داشته باشیم و مقدار
زیادی واکنش شیمیایی انجام پذیرد، در پایان ما همچنان بطور دقیق ده‌هزار اتم
خواهیم داشت. اگر انرژی از دست رفته یا به‌دست‌آمده را مد نظر قرار دهیم، مقدار
جرم نیز تغییر نمی‌کند. شیمی کنش و واکنش میان اتم‌ها را به تنهایی یا در بیشتر
موارد به‌همراه دیگر اتم‌ها و به‌صورت یون یا مولکول (ترکیب) بررسی میکند.
این اتم‌ها اغلب با اتم‌های دیگر واکنش‌هایی را انجام می‌دهند. (برای نمونه
زمانی‌که آتش چوب را می‌سوزاند واکنشی است بین اتم‌های اکسیژن موجود در هوا و
مواد آلی چوب. که نور بر روی مواد شیمیایی فیلم عکاسی ایجاد میکند شکل
میگیرد.)
یکی از یافته‌های بنیادین و جالب دانش شیمی این بوده‌است که اتم‌ها روی‌هم‌رفته
همیشه به نسبت برابر با یکدیگر ترکیب می‌شوند. سیلیس دارای ساختمانی است که
نسبت اتم‌های سیلیسیوم به اکسیژن در آن یک به دو است. امروزه ثابت شده‌است که
استثناهایی در زمینهٔ قانون نسبت‌های معین وجود دارد(مواد غیر استوکیومتری).
یکی دیگر از یافته‌های کلیدی شیمی این بود که زمانی که یک واکنش شیمیایی مشخص
رخ میدهد، مقدار انرژی که بدست می‌آید یا از دست می‌رود همواره یکسان است. این
امر ما را به مفاهیم مهمی مانند تعادل، ترمودینامیک می‌رساند.
شیمی فیزیک بر پایهٔ فیزیک پیشرفته (مدرن) بنا شده‌است. اصولاً می‌توان تمام
سیستم‌های شیمیایی را با استفاده از تئوری مکانیک کوانتوم شرح داد. این تئوری
از لحاظ ریاضی پیچیده بوده و عمیقاً شهودی است. به هر حال در عمل و بطور واقعی
تنها بررسی سیستم‌های سادهٔ شیمیایی قابل بررسی با مفاهیم مکانیکی کوانتوم
امکان‌پذیر است و در اکثر مواقع باید از تقریب استفاده کرد(مانند تئوری کاری
دانسیته). بنابراین درک کامل مکانیک کوانتوم برای تمامی مباحث شیمی کاربرد
ندارد؛ زیرا نتایج مهم این تئوری (بخصوص اربیتال اتمی) با استفاده از مفاهیم
ساده‌تری قابل درک و به‌کارگیری هستند.
با اینکه در بسیاری موارد ممکن است مکانیک کوانتوم نادیده گرفته شود، اما از
مفهوم اساسی آن، یعنی کوانتومی کردن انرژی، نمی‌توان صرف نظر کرد. شیمی‌دان‌ها
برای بکارگیری کلیه روش‌های طیف نمایی به آثار و نتایج کوانتوم وابسته‌اند. علم
فیزیک هم ممکن است مورد بی توجهی واقع شود، اما به هر حال برآیند نهایی آن
(مانند رزونانس مغناطیسی هسته‌ای) پژوهیده و مطالعه می‌شود.
یکی دیگر از تئوری‌های اصلی فیزیک مدرن که نباید نادیده گرفته شود نظریه نسبیت
است. این نظریه که از دیدگاه ریاضی پیچیده‌است، شرح کامل فیزیکی علم شیمی است.
مفاهیم نسبیتی تنها در برخی از محاسبات خیلی دقیق ساختمان هسته، به‌ویژه در
عناصر سنگین‌تر، کاربرد دارند و در عمل تقریباً با شیمی پیوند ندارند.
بخش‌های اصلی دانش شیمی عبارت‌اند از:
شیمی تجزیه، که به تعیین ترکیبات مواد و اجزای تشکیل دهنده آنها می‌پردازد.
شیمی آلی، که به مطالعهٔ ترکیبات کربن‌دار، غیر از ترکیباتی چون دو اکسید کربن
(دی اکسید کربن) می‌پردازد.
شیمی معدنی، که به اکثریت عناصری که در شیمی آلی روی آنها تاکید نشده و برخی
خواص مولکولها می‌پردازد.
شیمی فیزیک، که پایه و اساس کلیهٔ شاخه‌های دیگر را تشکیل میدهد، و شامل
ویژگی‌های فیزیکی مواد و ابزار تئوری بررسی آنهاست.
دیگر رشته‌های مطالعاتی و شاخه‌های تخصصی که با شیمی پیوند دارند عبارت‌اند از:
علم مواد، مهندسی شیمی، شیمی بسپار، شیمی محیط زیست و داروسازی.
شیمی‌دان
شیمی‌دان کسی است که بر دانش شیمی اشراف دارد و یا روی آن مطالعه
میکند.شیمی‌دان‌ها معمولا بر روی ترکیب مواد و خواص آنها کار می‌کنند.
تاریخ
نخستین فرآیند شیمیایی که بشر آن را آموخت ، سوختن است. آتش می‌توانست همه مواد
را از نظر ماهیت تغییر دهد.کشف آهن و مس زندگی انسان‌ها را تغییر داد و پس از
کشف طلا به عنوان یک فلز قیمتی ، بسیاری بر آن شدند تا راهی بیابند که مس را به
آن تبدیل کنند.تبدیل مس به طلا را کیمیا و کسانی که بر آن اهتمام می‌ورزیدند را
کیمیاگر نامیدند. بدین ترتیب کیمیاگران ، نخستین شیمی‌دان‌ها بودند.پس از
لاوازیه ، دانش شیمی وارد دانشگاه‌ها شد و از آن پس به یک مطالعه تجربی دنبال
می‌شد و اندازه‌گیری‌ها و ارزیابی‌های کیفی و کمی آن به ثبت رسید.
آموزش
آموزش در شیمی تقربیا در همه کشورهای دنیا در دوران مدرسه آغاز می‌شود؛ اما
آموزش تخصصی آن در دانشگاه آغاز می‌شود.برای شیمی‌دان‌ها ،کاردانی ، کارشناسی ،
کارشناسی ارشد ، دکتری و پسادکتری در همه جهان قابل پی‌گیری است.
جایزه‌ها
جایزه نوبل مهمترین و معتبرترین جایزه در شیمی به شمار می‌رود. نشان پریسلی ،
جایزه ولف ، جایزه عبدالسلام و جایزه پاولینگ از مهمترین جوایزی هستند که به
شیمی‌دان‌ها اعطا می‌شود.
شیمیدانان معروف تاریخ
دمیتری مندلیف،سوانت آرنیوس ،آمادئو آووگادرو ،ویلهلم اسوالد،هرمن اشتودینگر
،هانس کریستین اورستد ،یونس یاکوب برزلیوس ،هانری بکرل،ادوارد بوخنر ،نیلز بور
،رابرت بویل ،سرگی میخائیلوویچ پروکودین گورسکی ،جوزف پریستلی ،لینوس پاولینگ
،جابر بن حیان ،جان دالتون ،پیتر دبای،هامفری دیوی ،ارنست رادرفورد ،محمد
زکریای رازی ،کارل زیگلر ،گلن سیبورگ
تاریخ شیمی
تاریخ شیمی به سلسله اتفاقاتی اطلاق می‌شود که از زمان باستان تاکنون برای دانش
شیمی اتفاق افتاده‌است. تا ۱۰۰۰ سال پیش از میلاد، تمدن‌های باستان از
ابزارهایی استفاده می‌کردند که سرانجام اساس تنوع شاخه‌های شیمی شدند. برای
نمونه استخراج فلزها از سنگ معدن، سفالگری با استفاده از لعاب،تخمیر آبجو و
شراب، تهیهٔ رنگدانه برای لوازم آرایشی و نقاشی، استخراج مواد شیمیایی از
گیاهان برای دارو و عطر، تهیهٔ پنیر، ریسندگی، دباغی کردن چرم، تهیهٔ صابون از
چربی، ساخت شیشه و ساخت آلیاژهایی مانند برنج.
در گذشته تلاش برای بیان طبیعت مواد و چگونگی دگرگونی آنها ناموفق بود. دانش
پیشرفته‌تر کیمیاگری نیز در این مورد ناتوان بود. به هرحال دانش کیمیا به کمک
انجام تحقیقات اولیه و ثبت نتیجه‌ها، پایه‌گذار شیمی مدرن بود. تغییر نگرش در
شناخت مواد، زمانی شروع شد که رابرت بویل در سال ۱۶۶۱ در کتاب شیمی‌دان شکاک
میان شیمی و کیمیا تفاوت قائل شد. پس از آن شیمی با تلاش‌های آنتوان لاووازیه و
ارائه قانون پایستگی جرم، به یک دانش تکامل‌یافته تبدیل شد. دغدغهٔ هر دو دانش
کیمیا و شیمی شناخت طبیعت مواد و چگونگی دگرگونی آنها بود، اما تنها شیمی از
شیوه‌های علمی قوی بهره‌مند شد. با کوشش‌های ویژهٔ جوسایا ویلارد گیبز تاریخ
شیمی با ترمودینامیک رابطهٔ عمیقی پیدا کرد.
تاریخ شیمی از آغاز تاکنون با صنعت رابطه‌ای مستقیم داشته‌است. در ابتدای دوران
مدرن در اروپا، شیمی از ترکیب دانسته‌های باستان با فعالیت‌های دانشمندان
مسلمان در قرون وسطی توسعه یافت. سپس شیمی در کنار فیزیک توانست ماهیت درونی
مواد را شرح دهد. امروزه شیمی دانشی بسیار پیچیده‌است که بخش‌های زیادی با
اهداف متنوع در زمینه‌های مختلف فناوری دارد.
دوران باستان (۴۰۰۰–۳۰۰ پ. م)
مسلماً نخستین واکنش شیمیایی که بشر توانست آن را کنترل و مهار کند، سوختن و
آتش بود. آتش برای مردم باستان، یک نیروی عرفانی بود که می‌توانست یک ماده را
به یک مادهٔ دیگر تبدیل کند در حالی که نور و گرما نیز می‌بخشد. آتش بر بسیاری
از جوامع تأثیر گذاشت. به طوری که فعالیت‌های روزمره‌ای مانند آشپزی و تهیه نور
و گرما تا فناوری‌هایی مانند سفالگری، تهیهٔ آجر و ذوب فلزها همگی وابسته به
آتش بودند. آتش سبب کشف شیشه و نحوهٔ پالایش فلزها شد و همین امر پایه‌گذار
دانش متالوژی یا شناخت مواد شد. در اوایل نیاز زیادی به دانستن شیوه‌های پالایش
فلزها بود به ویژه در مصر باستان (۲۶۰۰ پ. م) که طلا فلزی گرانبها به شمار
می‌آمد. کشف آلیاژها باعث شروع عصر برنز شد. نخستین شواهدی که نشان میدهد
انسان‌های باستان در زمینهٔ دانش متالوژی فعالیت داشتند، مربوط به هزاره‌های
پنجم و ششم پیش از میلاد است. پس از آن دانش متالوژی برای یافتن چگونگی ساخت
سلاح‌های جنگی برتر به کار گرفته‌شد.
مصر باستان
مصریان باستان در زمان پیش از پادشاهی قدیمی توانستند نوعی سفال براق بسازند که
به سفال مصری معروف است. در آن زمان این صنعت گرانبها تلقی می‌شد چراکه این
سفال‌ها از خاک رس تهیه نمی‌شدند و از سیلیس و مقادیر کمی آهک و جوش شیرین به
دست می‌آمدند. مصریان باستان در زمینهٔ متالوژی نیز توانا بودند و نوشته‌هایی
به خط هیروگلیف مصری مربوط به ۲۶۰۰ سال پیش از میلاد موجود است که طلا را توصیف
می‌کنند. کیمیا در میان مصریان باستان نیز رواج داشت. کیمیای مصری را بیشتر از
طریق نوشته‌های فیلسوفان یونانی می‌توان شناخت. دیوکلتیان، امپراطور روم هنگام
حمله به مصر دستور سوزاندن اسنادی که مربوط به کیمیا باشد را داد و به همین
دلیل نوشته‌های مصری کمی دربارهٔ کیمیا باقی مانده‌اند که مهمترین آنها
پاپیروس استکهلم و پاپیروس لیدن هستند. مصریان عقیده داشتند که علم کیمیا توسط
تحوت، خدای دانش و خرد پدید آمده‌است.
ایران باستان
سفالینه‌های خاکستری با لعاب سیاه در ۲۰۰۰ سال پیش از میلاد در تپه حصار و تپه
سیلک به وجود آمدند. این سفال‌ها نخستین نوع سفال‌های لعاب‌داری هستند که
شناخته‌شده‌اند. ایرانیان باستان برای خودآرایی از موادی مانند سرخاب، وسمه و
سرمه استفاده می‌کردند که این مواد را از چربی حیوانات یا خاکستر به دست
می‌آوردند و به آنها رنگدانههای طبیعی می‌افزودند. در آن دوران فیروزه به خاطر
رنگ زیبایش مورد توجه بود و ایران تنها کشوری بود که این سنگ گرانبها را
استخراج می‌کرد.
یونان باستان
فیلسوفان تلاش می‌کردند تا بدانند چرا مواد مختلف خاصیت‌های متفاوت (رنگ، بو و
غلظت) و حالت‌های متفاوت (جامد، مایع و گاز) دارند و با شیوه‌های متفاوت با
یکدیگر واکنش می‌دهند. در این زمان فیلسوفان یونانی نخستین نظریه‌ها را دربارهٔ
شیمی و طبیعت ارائه کردند که تاحدودی این نظریه‌ها متأثر از فرهنگ و تمدن‌های
زمان خود بود. برای مثال، تالس تصور می‌کرد آب عنصر اصلی سازندهٔ جهان است.
دویست سال پس از او ارسطو از «عناصر چهارگانه» سخن گفت و اعتقاد داشت که جهان
از چهار عنصر آب، هوا، خاک و آتش ساخته‌شده‌است.
ارائهٔ نظریهٔ اتمی به دوران یونان باستان بازمی‌گردد. نظریهٔ اتمی مربوط به
۴۴۰ سال پیش از میلاد است. لوکرتیوس (۵۰ پ. م) در کتابی به نام «طبیعت چیزها»
(به یونانی: De Rerum Natura) به اندیشه‌های دموکریت و لئوکیپوس اشاره میکند.
دموکریت ادعا می‌کرد که همهٔ مواد از ذره‌های تجزیه‌ناپذیری به نام اتم تشکیل
شده‌اند.
ساعت : 11:43 am | نویسنده : admin
|
مطلب بعدی